L’évaluation réelle des potentiels de risque de transmission d’agents infectieux par le transfert d’embryons et plus encore par les techniques de manipulation des ovocytes est, pour l’espèce équine, limitée actuellement à quelques études, alors que, chez les ruminants et les porcins, certains agents infectieux ont été identifiés comme nécessitant des précautions particulières lors du recours à ces techniques de reproduction artificielle. Vis-à-vis de ces potentiels de risques sanitaires, la réglementation pour les échanges inter- et intracommunautaires d’ovocytes ou d’embryons a établi des contraintes quant à la manipulation des embryons entre la récolte et le transfert similaires à celles qui sont imposées aux embryons bovins et porcins. De la même manière, l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) et la Société internationale de transfert d’embryons (IETS, International Embryo Transfer Society) émettent des recommandations identiques, alors qu’il n’est pas certain que ces recommandations soient pleinement efficaces vis-à-vis des différents agents pathogènes, comme les essais sur l’herpèsvirus équin 1 (EHV-1) et le virus de l’artérite virale l’ont montré.