Les causes d’avortement non infectieux sont classées en anomalies des annexes fœtales, anomalies de la gestation, anomalies fœtales et origines maternelles. Les anomalies du cordon ombilical et les hypoplasies des villosités choriales représentent les cas les plus fréquents depuis l’usage répandu de l’échographie. Comme pour la plupart des espèces de mammifères, plusieurs malformations congénitales du fœtus équin peuvent être responsables d’un avortement entre 3 mois de gestation et le terme. Certaines situations engendrent un stress maternel et peuvent être suivies d’avortements, comme un transport prolongé, des épisodes de coliques aiguës, l’anesthésie générale et des maladies systémiques.