Retrouvez tous vos contenus sur mobile avec l'application du Point Vétérinaire.
Téléchargez gratuitement l'application !
Retrouvez tous vos contenus sur mobile avec l'application du Point Vétérinaire.
Téléchargez gratuitement l'application !
Bactériologie
Dossier
Lutte contre l’antibiorésistance
Auteur(s) : Albertine Léon*, Sophie Castagnet**, Fanny Gallienne***, Nathalie Ménard****, Béatrice Labonne*****, Pierre-Hugues Pitel******
Fonctions :
*Labéo
1, route de Rosel
14280 Saint-Contest
Alors que le plan ÉcoAntibio 2 est toujours en cours, un point sur l’antibiorésistance observée ces dernières années paraît indispensable. Les bactéries multirésistantes exigent une surveillance particulière.
Les infections bactériennes sont la conséquence de la multiplication des bactéries responsables. Leur contrôle passe aujourd’hui par l’emploi raisonné des antibiotiques, définis comme des substances chimiques produites par des microorganismes (ou de synthèse) qui, à faible concentration, ont le pouvoir d’inhiber la croissance voire, dans certains cas, de détruire des bactéries et d’autres microorganismes. En effet, depuis la découverte de la pénicilline en 1929 par Alexander Fleming, puis d’autres molécules dès 1950, de nombreuses bactéries sont devenues résistantes aux antibiotiques en raison de leur utilisation massive et souvent inappropriée, aussi bien en médecine humaine que vétérinaire. Ainsi, depuis le début du xxie siècle, l’émergence de bactéries multirésistantes, conduisant à des échecs thérapeutiques toujours plus nombreux, est devenue une question mondiale de santé publique.
En conséquence, les institutions internationales, telles que les Organisations mondiales de la santé (OMS) et de la santé animale (OIE), et l’Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO), travaillent ensemble depuis le début des années 2000 pour proposer des recommandations d’utilisation des antibiotiques concertées [10, 16, 17]. En France, des plans pluriannuels ont été mis en place pour lutter contre l’antibiorésistance en médecine vétérinaire (encadré 1).
Les agents pathogènes équins avec un fort potentiel zoonotique doivent être pris en compte avec attention [3, 6].
Il s’agit notamment des entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre élargi (BLSE), de Pseudomonas aeruginosa et de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (Sarm). Le cheval est en effet considéré comme un réservoir potentiel des résistances de ces bactéries [1, 3, 6, 9, 15].
L’objectif de cet article est de montrer l’évolution de l’antibiorésistance des principales espèces bactériennes isolées chez le cheval, entre janvier 2016 et décembre 2019, à travers l’analyse des résultats des 7 806 antibiogrammes réalisés [11].
Depuis leur découverte, différentes familles d’antibiotiques ont été développées selon plusieurs modes d’action (encadré 2 et figure 1). En laboratoire, l’efficacité in vitro de ces antibiotiques vis-à-vis d’une souche bactérienne est évaluée par la réalisation d’un antibiogramme (encadré 3, figure 2 et photo 1).
Les principales espèces bactériennes isolées pour lesquelles un antibiogramme a été réalisé sont les streptocoques du groupe C, incluant Streptococcus equi subsp. zooepidemicus, Streptococcus equi subsp. equi et Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (27 %), Escherichia coli (18 %), Staphylococcus aureus (6,2 %), Pseudomonas aeruginosa (3,4 %), Klebsiella pneumoniae (2,3 %) et Enterobacter spp. (2,1 %) (figures 3 et 4).
Les streptocoques du groupe C sont les bactéries les plus souvent isolées, notamment à partir des prélèvements génitaux (56,4 % des souches). En 2019, ces souches ne présentaient pas de résistance vis-à-vis des β-lactamines (pénicillines et céphalosporines) et des aminoglycosides (streptomycine, kanamycine et gentamicine) à haute concentration. En effet, une résistance naturelle intrinsèque des streptocoques est établie pour de faibles concentrations d’aminoglycosides. Alors qu’une augmentation significative de la résistance de ces souches aux macrolides, à la rifampicine(1) et aux sulfamides avait été observée entre 2016 et 2017, ces niveaux de résistance ont considérablement diminué jusqu’à atteindre respectivement 2,1 %, 16,6 % et 0 % en 2019. Concernant la résistance aux tétracyclines, plus de 82 % des isolats étaient résistants en 2016 et 2017. En 2019, malgré une baisse significative, le taux de souches résistantes est tout de même de 60 %.
Les streptocoques du groupe C multirésistants ont diminué de 10 % (tableau 1). Les pénicillines restent efficaces pour la plupart des infections dues à des streptocoques en première intention. En cas d’échec thérapeutique et après la réalisation d’un antibiogramme, d’autres molécules peuvent être utilisées.
S. aureus est majoritairement isolé des échantillons cutanés (48,8 %) et génitaux (23,9 %). Une augmentation de la résistance des souches isolées à tous les antibiotiques est observée entre 2016 et 2019. Le niveau de résistance à l’oxacilline et à la céfoxitine, utilisé comme un marqueur de la résistance à la méthicilline et étendu aux autres β-lactames, passe de 17,3 à 28 % (tableau 2).
Le traitement des infections impliquant S. aureus doit être mis en place de manière raisonnée après la réalisation d’un antibiogramme. En effet, entre 2016 et 2019, la multirésistance (au moins à trois classes d’antibiotiques) de cette bactérie a augmenté de presque 13 %.
La majorité des souches d’E. coli analysées proviennent des prélèvements génitaux (68,9 %) (photo 2). En 2019, le pourcentage de souches résistantes s’est accru pour l’amoxicilline (32,8 %), la streptomycine (43,4 %) et le triméthoprime-sulfaméthoxazole (32,6 %). Si le niveau de résistance aux céphalosporines et quinolones est inférieur à 4 %, celui relatif aux aminoglycosides est compris entre 6,7 % (pour la gentamicine) et 11,1 % (pour la kanamycine). Enfin, la résistance aux tétracyclines est légèrement supérieure à 20 %. Le nombre de souches multirésistantes reste relativement stable, autour de 20 %. Le caractère pathogène de la bactérie doit être déterminé par la mise en évidence de ses toxines(2). La réalisation d’un antibiogramme permet d’orienter le praticien quant à l’activité in vitro des molécules.
P. aeruginosa a principalement été isolée de prélèvements génitaux (46,6 %) et respiratoires (33,6 %). En raison de sa résistance naturelle à de nombreux antibiotiques, seuls le cefquinome (C4G), la gentamicine et la marbofloxacine sont pertinents pour lutter contre P. aeruginosa en médecine vétérinaire. Le pourcentage d’isolats résistants à ces molécules est inférieur à 12,5 % en 2019.
Concernant les souches de K. pneumoniae, en majorité isolées de prélèvements génitaux (63,9 %), les niveaux de résistance les plus élevés observés en 2019 sont ceux de la streptomycine (13,3 %), des tétracyclines (13,3 %) et du triméthoprime-sulfaméthoxazole (15,5 %).
Les souches multirésistantes de K. pneumoniae ont diminué de 27 %. Avant tout traitement, un typage capsulaire (K1, K2 et K5) permet de déterminer si la souche isolée est sexuellement transmissible ou pas. Une antibiothérapie n’est pertinente que dans le premier cas.
Concernant les souches d’Enterobacter spp., leur taux de résistance à la streptomycine progresse audelà de 50 % en 2019. Une évolution similaire est observée pour la kanamycine et la gentamicine. La fréquence des souches résistantes aux céphalosporines est en augmentation de plus de 10 points pour le ceftiofur, mais régresse légèrement d’environ 3 % pour le cefquinome. Les souches résistantes aux tétracyclines et aux sulphonamides ont progressé respectivement de 17 % et 27 %.
Quant aux quinolones, les souches isolées en 2019 ont montré des résistances à la fluméquine, à l’enrofloxacine et à la marbofloxacine (tableau 3).
De son côté, la multirésistance a augmenté de plus de 25 %. Cette évolution doit faire l’objet d’une surveillance particulière, et l’emploi des molécules est à adapter selon les résultats d’un antibiogramme.
Les deux plans ÉcoAntibio ont permis de réduire considérablement l’usage des antibiotiques. Leur vente a ainsi chuté de 45,3 % (passant de 910 tonnes vendues en 2011 à 422 t en 2019). Cette baisse concerne les polypeptides (colistine) et les antibiotiques critiques (céphalosporines de 3e et 4e générations, fluoroquinolones). Les vétérinaires équins ont contribué à cette réduction à travers des recommandations concertées. Malgré cela, les bactéries multirésistantes sont en augmentation pour certaines espèces et le cheval est alors à considérer comme un réservoir potentiel de la résistance de certaines bactéries transmissibles à d’autres animaux et à l’homme (E. coli, P. aeruginosa, K. pneumoniae, S. aureus, par exemple). Ainsi, la perte d’efficacité des antibiotiques sur ces bactéries a un impact sur la santé humaine, la santé animale et celle des écosystèmes, ces trois santés étant interconnectées et formant un tout. C’est pourquoi la lutte contre l’antibiorésistance est un défi majeur à relever sous une approche “One health” (Une seule santé).
(1) Antibiotique critique faisant partie de la liste des substances essentielles aux équidés et dont l’emploi est autorisé dans la seule indication de la rhodococcose.
(2) Voir l’article “Prise en charge des principales infections bactériennes chez le cheval” dans ce dossier
CONFLIT D’INTÉRÊTS : AUCUN
En France, les plans ÉcoAntibio 1 (2012-2016) et 2 (2017-2021) ont déjà permis de réduire l’emploi des antibiotiques en médecine vétérinaire. Le premier plan avait à la fois un objectif quantitatif, celui de diminuer de 25 % l’exposition des animaux aux antibiotiques en 5 ans, et qualitatif, afin de réduire l’utilisation des antibiotiques critiques en médecine vétérinaire incluant les fluoroquinolones et les céphalosporines de dernières générations [7]. Le second plan a une dimension plus incitative et ses objectifs globaux sont d’évaluer les impacts du premier plan, d’en valoriser les résultats et de poursuivre les actions précédemment engagées [8].
→ Afin de limiter l’apparition de bactéries multirésistantes, la réalisation d’un antibiogramme est un préalable à tout traitement antibiotique, même si ce test reste une évaluation in vitro de la sensibilité des antibiotiques vis-à-vis de la souche testée.
→ Le cheval est reconnu comme un potentiel réservoir de bactéries multirésistantes transmissibles aux autres animaux et à l’homme.
→ Les efforts réalisés par les praticiens équins depuis 2012 pour lutter contre l’antibiorésistance doivent être poursuivis, en priorité vis-à-vis des agents pathogènes zoonotiques.
Une souche bactérienne est dite résistante à un antibiotique quand elle est capable de se développer en présence d’une concentration élevée de ce dernier.
Les antibiotiques sont schématiquement regroupés autour de trois mécanismes d’action principaux : les inhibiteurs de la synthèse des enveloppes bactériennes (β-lactamines), les inhibiteurs de la synthèse des protéines (macrolides, aminosides, chloramphénicol, tétracyclines) et les inhibiteurs de la synthèse des acides nucléiques (quinolones/ fluoroquinolones, rifampicine).
La résistance naturelle doit être distinguée de la résistance acquise définie par l’apparition d’une résistance à un ou plusieurs antibiotiques chez une bactérie auparavant sensible. Cette résistance est consécutive à des modifications de l’équipement génétique chromosomique ou plasmidique, qui surviennent par mutation ou par acquisition de matériel génétique étranger (plasmide, transposon) porteur d’un ou de plusieurs gènes de résistance en provenance d’une autre bactérie.
Les bactéries mettent en place des mécanismes de défense contre l’action des antibiotiques en se rendant imperméables à leur pénétration (pompes d’efflux, porines), en produisant des enzymes capables de les inactiver (pénicillinase, etc.) et en modifiant la structure de leurs cibles (par exemple, Sarm, Staphylococcus aureus résistant à la méticilline, par mutation de la cible PLP2a).
Par addition de ces mécanismes de résistance, certaines bactéries sont devenues de plus en plus résistantes, d’où l’appellation de bactéries multirésistantes (BMR), et le traitement des infections qu’elles provoquent est de plus en plus difficile. Face à ce phénomène et pour pallier l’absence de développement de nouveaux antibiotiques, certaines molécules sont classées comme d’importance critique, les céphalosporines de 3e et 4e générations et les fluoroquinolones [2, 5]. Ces antibiotiques ne peuvent être utilisés que si la démonstration a été faite de l’inactivité de toutes les autres molécules, notamment par la réalisation d’un antibiogramme.
L’antibiogramme est un examen de laboratoire utilisé pour évaluer la résistance aux antibiotiques in vitro. Il permet de déterminer la sensibilité d’une souche bactérienne vis-à-vis des antibiotiques testés et d’évaluer une concentration minimale inhibitrice (CMI). Pour être significatif, le prélèvement à analyser doit être réalisé avant tout traitement antibiotique.
Deux méthodes sont actuellement autorisées en médecine vétérinaire : par dilution en milieu liquide ou gélosé, et par diffusion en milieu gélosé, aussi appelée “méthode des disques”, la plus couramment utilisée en routine [13, 14].
Le préalable à la réalisation d’un antibiogramme est l’isolement à partir d’un prélèvement d’une souche pure correctement identifiée, puisque c’est ce qui permet de déterminer les antibiotiques à tester.
En pratique, la méthode des disques consiste à mettre en contact sur une gélose spécifique (Mueller Hinton et/ou sang ou sérum), qui aura été préalablement ensemencée par écouvillonnage/inondation avec la souche à étudier (inoculum standardisé à 0,5 McFarland dilué au 1/10e), des disques contenant des doses connues des antibiotiques d’intérêt pour cette souche. Après une incubation à 37 °C sous atmosphère contrôlée pendant 24 heures, si les antibiotiques testés sont efficaces, des zones d’inhibition, où la croissance bactérienne a été inhibée, sont visibles à la surface de la gélose et des diamètres d’inhibition peuvent être mesurés, manuellement (de moins en moins utilisée) ou de façon automatisée, grâce à des systèmes dits experts.
En utilisant la relation entre la CMI et le diamètre d’inhibition – pour une bactérie et un antibiotique donnés, le diamètre mesuré sera comparé aux diamètres critiques disponibles dans les référentiels tels que celui du Comité de l’antibiogramme de la Société française de microbiologie –, trois catégories sont définies pour l’interprétation de ce test de sensibilité in vitro (sensible, intermédiaire et résistant), dont la signification repose sur des critères d’efficacité thérapeutique [4].
Les systèmes experts permettent la prise de vue, un archivage des données, une standardisation de la lecture et un export vers des bases nationales de surveillance comme le Réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales* (Resapath). L’antibiogramme devient ainsi un outil de surveillance de l’évolution des résistances bactériennes pour les autorités de santé qui peuvent alors faire évoluer leurs recommandations.
L’antibiogramme est réalisé in vitro, tandis qu’une infection a plusieurs composantes : sa localisation, l’animal, la ou les bactéries responsables, les antibiotiques utilisables (selon leurs critères pharmacocinétiques, pharmacodynamiques et toxicologiques). Le résultat de l’antibiogramme ne garantit pas une efficacité in vivo, mais s’intègre dans la démarche thérapeutique du praticien.
