Les ectoparasites et dermatophytoses des rongeurs sont très nombreux. Les principales dermatoses parasitaires et mycosiques rencontrées en clientèle sont la teigne chez le cochon d’Inde, la phtiriose du cochon d’Inde (Gliricola porcelli, Gyropus ovalis et plus rarement Trimenopon hispidum), du rat (Polyplax spinulosa) et de la souris (Polyplax serrata), la pseudogale du cochon d’Inde (Chirodiscoides caviae) et de la souris (Myocoptes musculinus et Myobia musculi), la gale du cochon d’Inde (Trixacarus caviae) et du rat (Notoedres muris) et la démodécie du hamster (Demodex criceti et aurati). En raison de la densité de son pelage, le chinchilla est rarement sujet aux ectoparasites.