Les biopsies chirurgicales de l’intestin permettent d’obtenir des prélèvements de la totalité de la paroi, augmentant les chances d’obtenir un diagnostic. Elles peuvent être réalisées par laparotomie traditionnelle ou être vidéo-assistées. Après inspection complète de la cavité abdominale et des autres organes, toutes lésions repérées doivent être biopsiées. Trois techniques sont décrites : la côte de melon, le biopsy punch et le fil. Ces trois techniques sont assez simples mais nécessitent une réalisation parfaite. Une biopsie chirurgicale est un geste invasif dont la réalisation technique et les complications observées sont identiques à celles d’une entérotomie (infection, cicatrisation).