Les marques épigénétiques (la dynamique de la chromatine, le code des histones et la méthylation de l’ADN, notamment) induisent des changements de l’expression des gènes sans mutation, stables, héritables et modifiables à certaines périodes du développement de l’individu ou en fonction de l’environnement. Une meilleure caractérisation de ces marques épigénétiques offre la possibilité d’améliorer notre compréhension de la construction des phénotypes et de réunir les conditions environnementales adéquates à l’expression d’un caractère phénotypique d’intérêt pour l’éleveur à partir du génotype sélectionné. L’épigénome permettrait également de tenir compte des facteurs environnementaux dans un schéma de sélection pour obtenir des animaux pouvant pleinement exprimer leur potentiel génétique en fonction du système d’élevage.