Mesures de lutte contre la salmonellose en élevage bovin - Le Point Vétérinaire expert rural n° 405 du 01/05/2020
Le Point Vétérinaire expert rural n° 405 du 01/05/2020

ZOONOSES

Article original

Auteur(s) : Arnaud Delafosse

Fonctions : Groupement de défense sanitaire
de l’Orne
76, chemin de Maures
61000 Alençon

La mise en place de mesures de lutte contre la salmonellose en élevage bovin est possible et dépend du contexte épidémiologique.

Les salmonelloses bovines ne sont pas des maladies réglementées. Néanmoins, en raison de leur impact clinique et zoonotique, les formes digestives de ces maladies ont fait l’objet d’une surveillance jusqu’en 2007, au travers du Réseau d’épidémiosurveillance des salmonelloses bovines (Ressab). Jusqu’à la fin des années 1990, l’épidémiologie des salmonelloses en France a été marquée par une incidence élevée des infections par Salmonella Typhimurium et S. Dublin, avec un fort impact clinique. Après une période d’accalmie d’une dizaine d’années, une nouvelle augmentation de l’incidence est observée ces derniers temps, avec l’émergence de nouveaux sérovars, par exemple S. Montevideo et S. Mbandaka en Touraine et en Normandie [18]. La virulence de ces souches est plus faible, mais les répercussions des formes subcliniques ne sont pas bien évaluées. Par ailleurs, le préjudice économique pour les laiteries et les producteurs livrant leur lait sous une appellation fromagère d’origine protégée (AOP) est lourd, car le lait cru, dépisté par réaction de polymérisation en chaîne (PCR) avant sa transformation, est déclassé en cas de résultat positif. Le lait est généralement contaminé par les bouses et l’environnement, l’excrétion mammaire apparaissant beaucoup plus exceptionnelle [7, 18].

La dose infectieuse nécessaire pour induire un épisode clinique serait de 109 à 1011 bactéries pour les vaches adultes et de 106 bactéries pour les veaux [12, 15]. Le tableau clinique le plus fréquent est celui d’une gastro-entérite aiguë, avec des symptômes généraux, mais il peut varier selon le sérotype impliqué, notamment avec S. Dublin qui provoque en priorité des avortements.

La plupart des infections à salmonelles n’entraînent qu’une atteinte subclinique chez les bovins, voire un portage asymptomatique, sans que l’éleveur en soit préalablement alerté. L’excrétion fécale est très fréquente et pourrait même se poursuivre pendant toute la vie de l’animal en cas d’infection à S. Dublin [9]. Lors d’une étude réalisée en Normandie en 2016, 67 % des 630 échantillons, prélevés sur 196 bovins issus de 30 cheptels laitiers, étaient positifs en culture, dont 41 % avec plus de 10 000 unités formant colonie (UFC) par gramme de fèces [18].

Si la maladie est généralement introduite via l’achat d’animaux ou d’aliments contaminés, elle diffuse ensuite par la voie oro-fécale, après la contamination de l’environnement par les bouses des animaux infectés, et est favorisée par de mauvaises pratiques d’élevage (figure 1). Le réservoir environnemental se maintient durablement, car ces bactéries peuvent se multiplier dans le milieu extérieur, même sur des surfaces mal nettoyées et désinfectées, et survivre quatre à cinq ans lorsqu’elles sont protégées de la lumière et dans un état transitoire, qualifié de viable non cultivable [12, 15, 18].

Cet article aborde l’intérêt des méthodes de diagnostic, à l’échelle des bovins et des troupeaux, puis détaille les mesures de contrôle de l’infection qui peuvent être mises en œuvre sur le terrain.

MÉTHODES DE DIAGNOSTIC

Selon le contexte épidémiologique et/ou l’hypothèse diagnostique, plusieurs méthodes sont disponibles (tableau).

1. À l’échelle du bovin

Méthodes directes

Elles peuvent être effectuées sur des prélèvements de fèces, d’avortement ou sur des organes.

La culture est la méthode de référence, avec une spécificité considérée comme proche de 100 %, mais avec une faible sensibilité qui dépend de l’état de l’animal prélevé (malade ou porteur asymptomatique) et des conditions de recherche (avec ou sans enrichissement) [16]. C’est la seule méthode qui permet d’isoler la souche, de la typer et d’effectuer un antibiogramme, mais sans possibilité de quantifier la charge bactérienne dans le prélèvement. Certains laboratoires proposent un dénombrement par la méthode du nombre le plus probable (NPP), exprimé en UFC par gramme de prélèvement, mais la méthode est difficile à mettre en œuvre et coûteuse.

La PCR est réputée sensible, mais souffre parfois des effets des substances inhibitrices dans les fèces. Le test peut manquer de spécificité dans l’objectif de dépister des bactéries vivantes, issues d’une multiplication dans le tube digestif du bovin, puisqu’il amplifie également l’ADN de bactéries mortes ou simplement en transit. Les kits commerciaux usuels détectent Salmonella spp., ce qui ne permet pas d’identifier le sérovar impliqué, et rendent un résultat qualitatif, sans quantification de la charge bactérienne. Enfin, la méthode reste coûteuse.

Méthodes indirectes

Pour le dosage de l’immunoabsorption enzymatique (Elisa), plusieurs kits ont été développés dans des pays à faible prévalence du nord de l’Europe, notamment pour la détection d’anticorps présents dans le sérum ou le lait et dirigés contre S. Dublin et S. Typhimurium [8]. Dans ce contexte, ces kits Elisa se révélaient suffisamment spécifiques et sensibles pour être utilisés en diagnostic de première intention, avec une confirmation par la bactériologie. Des analyses sérologiques répétées ne permettaient cependant pas de détecter avec fiabilité des bovins excréteurs persistants de S. Dublin [14].

L’interprétation de la sérologie est beaucoup plus délicate dans les pays plus fortement infectés, avec divers sérotypes circulant dans les élevages. Ainsi, lors d’une enquête réalisée en 2016 en Normandie, des prélèvements de bouses et de lait individuels ont été réalisés simultanément sur 186 bovins issus de 30 cheptels et aucune corrélation n’a pu être mise en évidence, quel que soit le sérotype présent, entre le taux d’anticorps et l’intensité de l’excrétion fécale [18]. Dans ce contexte, la sérologie ne peut donc pas être utilisée pour identifier les bovins infectés et cibler, parmi ces derniers, les plus contagieux à isoler.

À l’inverse, la sérologie sur le lait individuel semble pouvoir détecter l’excrétion mammaire de salmonelles, un phénomène rare, mais qui a un fort impact sur la contamination du lait de tank. Ainsi, dans une étude conduite entre 1997 et 1999 dans trois régions laitières françaises, seules 7 vaches sur 1 280 (0,55 %), issues de cheptels livrant du lait contaminé, se sont révélées excrétrices dans le lait et étaient toutes fortement séropositives [7].

2. À l’échelle du cheptel

Les méthodes décrites plus haut sont applicables sur des matrices de mélange, si possible représentatives de l’ensemble du cheptel. Les deux matrices les plus usuelles sont les prélèvements d’environnement et de lait de tank.

Prélèvements d’environnement

Cette méthode consiste à prélever des échantillons de fèces mélangées à de la terre au niveau de plusieurs points stratégiques de l’exploitation, car fortement fréquentés par les animaux. En élevage laitier, ces points sont généralement l’aire de raclage, le box de vêlage, le parc d’attente de la salle de traite et la fumière. En élevage allaitant, il s’agit de l’aire de couchage, du couloir d’alimentation, du box de vêlage et de la fumière. Le prélèvement peut être réalisé à l’aide de pédichiffonnettes, par exemple avec deux paires, chacune permettant de prélever la moitié de la surface à échantillonner. Les pédichiffonnettes peuvent également être passées sur les barrières, à l’entrée ou à la sortie de la salle de traite [9].

Le laboratoire réalise ensuite un mélange et entreprend un diagnostic direct, par culture ou par PCR.

La culture avec dénombrement permet d’identifier le(s) sérotype(s) qui circule(nt) dans l’élevage et de quantifier la charge environnementale, cette dernière étant fortement corrélée à la prévalence de l’excrétion individuelle [18].

La PCR permet d’identifier la présence d’ADN de salmonelles dans l’élevage. Une estimation de la charge environnementale en bactéries peut être réalisée à partir du nombre de cycles d’amplification nécessaires pour atteindre le seuil du kit (ou Ct pour cycle threshold), que les laboratoires sont néanmoins parfois réticents à fournir. Ainsi, une comparaison entre un dénombrement NPP et une PCR a été réalisée en 2016 sur des prélèvements d’environnement de 49 cheptels normands reconnus infectés. Les résultats montrent une forte corrélation entre les deux méthodes : pour 29 cheptels sur 32 (91 %) avec plus de 10 000 UFC/g, la valeur de Ct est inférieure à 35, alors que cette proportion n’est que de 12 % (2 sur 17) pour les cheptels avec moins de 10 000 UFC/g [18].

Lait de tank

Le lait est prélevé dans le tank, après agitation (photo 1). Le diagnostic direct n’est pas très intéressant sur cette matrice, puisqu’il n’apporte pas d’information sur la prévalence individuelle dans le troupeau, un cheptel fortement infecté pouvant se révéler négatif si l’hygiène de la traite est irréprochable.

À l’opposé, le dosage des anticorps sur le lait de mélange permet d’estimer la prévalence sérologique individuelle, la proportion de vaches séropositives sur le lait individuel étant fortement corrélée avec la valeur quantitative du test obtenue sur le lait de tank (analyse conduite sur 30 cheptels) [18].

MÉTHODES DE LUTTE

1. Mesures de biosécurité et de gestion sanitaire

Elles visent à éviter l’introduction des salmonelles, puis à limiter leur diffusion au sein du troupeau.

Dépistage des matières premières alimentaires

Les données de la surveillance des matières premières pour l’alimentation des animaux montrent un taux de contamination par Salmonella spp. dans celles d’origine végétale généralement compris entre 1 et 2 %, le tourteau de soja étant la matrice la plus contaminée (3 à 4 %), avec une prépondérance de S. Mbandaka dans la filière bovine.

Cette contamination pourrait être sous-estimée par l’effet masquant de certains traitements des aliments, ainsi qu’en raison de la difficulté de réaliser un diagnostic sur des matières à faible teneur en eau [2]. En outre, il est difficile d’échantillonner dans des arrivages de centaines de tonnes de tourteaux par bateau.

Dès lors, les éleveurs pourraient être encouragés à dépister les intrants alimentaires par la méthode la plus sensible, en l’occurrence la PCR, lors de la livraison à la ferme. Cette surveillance n’existe pas aujourd’hui et resterait donc à organiser, notamment pour les filières les plus à risque (lait cru).

Dépistage des bovins à l’introduction

Au regard de la fréquence des salmonelloses en France, la probabilité d’introduction d’un bovin excréteur, ou infecté latent, est élevée. L’idéal serait de conditionner l’achat du bovin à un contrôle négatif par PCR sur les fèces prélevées quinze jours avant le mouvement, même si un résultat négatif n’est pas une garantie absolue. En effet, certains porteurs latents ne sont pas excréteurs, mais peuvent le redevenir.

Gestion sanitaire

Les mesures sanitaires visent à limiter la dissémination des bactéries à l’intérieur de l’élevage, via différents vecteurs passifs (bottes, tracteurs, épandeuse à fumier/lisier, etc.) ou actifs (animaux nuisibles) et les pratiques d’élevage à risque.

Les épandages de lisiers sur les pâtures sont une pratique particulièrement à risque, surtout lorsque le délai de vide nécessaire à l’assainissement, d’un à deux mois au moins selon l’ensoleillement, n’est pas respecté (photo 2).

L’eau d’abreuvement est un vecteur privilégié de la contamination, lié à la forte consommation des bovins, jusqu’à près de 100 litres par jour pour une vache laitière. L’eau peut être contaminée par ruissellement vers des eaux de surface ou par infiltration lorsque les ouvrages de captage ne sont pas suffisamment protégés. Les abreuvoirs sales et mal entretenus, fréquemment contaminés par les fèces des bovins, sont également impliqués (photo 3).

Une synthèse bibliographie récente recense les mesures qui peuvent être instaurées [18]. Il apparaît qu’elles sont rarement mises en œuvre par les éleveurs si elles sont trop contraignantes pour leur pratique quotidienne.

Il est donc préférable de se limiter à quelques actions qui bénéficient du meilleur rapport efficacité/faisabilité, parmi lesquelles :

– protéger les aliments stockés de toute contamination fécale ou par des nuisibles ;

– nettoyer et désinfecter régulièrement les cellules de stockage, notamment lorsqu’elles contiennent des aliments à risque (tourteaux de soja, etc.) ;

– éviter la contamination de la table d’alimentation par des fèces via les bottes, les roues des tracteurs ;

– vérifier la qualité bactériologique de l’eau de puits ou de forage distribuée grâce à des analyses bactériologiques, et prendre des mesures adaptées en cas de non-conformité ;

– s’assurer de la propreté des abreuvoirs, dans les bâtiments et les pâtures, en procédant à une vidange et à un nettoyage réguliers ;

– ne pas faire pâturer après un épandage de fumier/lisier sans respecter un vide sanitaire d’au moins un mois ;

– mettre en place un plan de contrôle des nuisibles dans les bâtiments (rongeurs, oiseaux) et limiter l’accès aux animaux domestiques des autres espèces (chiens, chats, etc.). Pour être efficace, la désinfection doit s’appliquer sur des surfaces propres, après un décapage, et doit être effectuée avec des préparations à base d’hydroxyde de sodium à 3 % ou d’hypochlorite de sodium à 2 % de chlore, pour une durée d’application d’une heure au minimum [6].

2. Moyens de contrôle de l’excrétion de salmonelles

Ils visent à limiter la contamination du milieu, donc à aider au tarissement du réservoir environnemental à l’origine du maintien de l’infection dans le troupeau.

Antibiothérapie

Elle est réservée au traitement de la salmonellose clinique, les antibiotiques n’ayant qu’un effet transitoire sur l’excrétion bactérienne [18]. L’antibiorésistance limite encore leur utilisation, notamment avec S. Typhimurium lysotype DT 104 qui peut présenter une penta-résistance (amoxicilline- ampicilline, chloramphénicol-florfénicol, streptomycine- spectinomycine, sulfamides et tétracycline) [1]. Le choix de la molécule devra être adapté au caractère entéro-invasif des salmonelles et l’usage limité aux cas sévères. Les céphalosporines, les quinolones ou le triméthoprime- sulfamide sont recommandés [3].

Vaccination

La vaccination contre les salmonelles est généralement utilisée pour prévenir les signes cliniques dans un contexte à risque.

Une évaluation de l’impact économique de la vaccination de troupeaux laitiers exposés à S. Typhimurium (avec Bovivac S®, vaccin bivalent contre S. Typhimurium et S. Dublin) décrit un bénéfice, la différence de production laitière entre un troupeau vacciné et un troupeau non vacciné étant de 316 kg de lait/vache/305 jours de lactation, ce qui correspond à un gain moyen de 85 € par vache [17].

L’efficacité du vaccin sur l’excrétion n’apparaît pas dans l’autorisation de mise sur le marché (AMM) du seul vaccin disponible en France, Salmopast®, qui ne contient lui aussi que des antigènes issus de S. Typhimurium et de S. Dublin. L’AMM du Bovivac S®, disponible au Royaume-Uni, mentionne une diminution de la contamination du milieu, lors d’infection à S. Typhimurium.

Dans une étude menée en Angleterre sur vingt cheptels infectés par S. Typhimurium, une forte réduction de la contamination du milieu est observée dans six cheptels largement vaccinés [4]. L’auteur constate un effet transitoire, deux élevages dans lesquels la vaccination n’a pas été suivie d’injections de rappel étant rapidement redevenus positifs avec le même sérotype. Il recommande de vacciner pendant au minimum deux ans après l’observation du dernier cas clinique [4].

Une observation similaire a été réalisée en Normandie entre 2016 et 2017 dans 30 cheptels laitiers, majoritairement infectés par S. Montevideo et S. Mbandaka. Les élevages sont répartis aléatoirement dans trois groupes homogènes : le premier applique la vaccination de reproductrices (Salmopast®), le deuxième distribue une complémentation alimentaire en prébiotiques/probiotiques et le dernier sert de groupe témoin. Tous ces élevages ont mis en place, en parallèle, des mesures de gestion sanitaire. Dans chaque exploitation, la contamination environnementale est mesurée tous les trois mois pendant un an, par dénombrement et PCR. En complément, un échantillon de bouses issues de six vaches aléatoirement choisies dans chaque troupeau est analysé, selon le même protocole. La vaccination n’apporte pas d’amélioration significative au niveau de la contamination environnementale, bien qu’une tendance favorable soit observée. En revanche, une réduction significative de l’excrétion fécale individuelle est montrée, alors que les troupeaux sont infectés par d’autres sérotypes que ceux utilisés pour la fabrication du vaccin. L’efficacité vaccinale est cependant relative, car elle n’empêche pas complètement l’excrétion et varie selon la nature du sérotype impliqué [5]. La protection croisée est limitée et concerne en priorité les souches des mêmes “sérogroupes” soit, avec Salmopast ®, les groupes B (S. Typhimurium) et D (S. Dublin) [13].

Complémentation alimentaire en prébiotiques/probiotiques

L’utilisation de probiotiques, tels que les produits issus de la fermentation de Saccharomyces cerevisiae, montre des effets bénéfiques chez les bovins. Une réduction des signes cliniques, associée à une diminution du portage et de l’excrétion fécale, a ainsi été observée chez des veaux laitiers à la suite de l’ajout de produits de fermentation de S. cerevisiae dans leur alimentation, avant et après un challenge à S. Typhimurium. Cette diminution quantitative et qualitative de l’excrétion fécale est associée à une réduction du nombre de salmonelles adhérentes à l’épithélium iléal [11]. D’autres auteurs ont testé l’efficacité de probiotiques sur les salmonelles, mais chez des espèces différentes (rongeurs, porcs). Généralement, ces travaux concluent à un effet bénéfique (diminution des symptômes et de la mortalité, baisse de l’excrétion, gain zootechnique) [18].

Dans l’étude réalisée en Normandie entre 2016 et 2017, un mélange de levures probiotiques et de fractions pariétales de levures S. cerevisiae a été distribué aux vaches en lactation et aux génisses et vaches en préparation au vêlage pendant un an. L’adjonction de produits de levures semble avoir eu une action bénéfique sur l’excrétion individuelle, bien que l’analyse statistique menée sur l’ensemble des points de contrôle n’ait pas permis de conclure à un effet significatif [5].

Conclusion

La lutte contre la salmonellose doit être réfléchie selon la virulence de la souche impliquée, le type de production (lait cru versus autres) et la situation épidémiologique à l’échelle du troupeau (figure 2). L’enjeu économique de la maîtrise de la maladie est majeur si la souche impliquée est virulente et à l’origine de nombreux cas cliniques, par exemple avec des sérotypes tels que S. Typhimurium ou S. Dublin, ou si la gestion du risque zoonotique par les industriels entraîne une décote du produit, comme dans le cas du lait cru.

La vaccination est pertinente lors de conséquences cliniques importantes, en urgence et pour réduire l’excrétion, donc la contamination des produits, ainsi que la durée de contamination du cheptel, surtout si ce dernier est en début d’infection. Dans ce cas, la proportion de bovins séropositifs est faible, ce que le dépistage des anticorps sur le lait de tank permet d’évaluer pour un coût modique.

Un programme de contrôle des salmonelles à plus long terme doit s’appuyer sur des mesures générales de biosécurité et de gestion sanitaire, suffisamment adaptées et simples pour que les éleveurs puissent les appliquer durablement. Elles sont également efficaces pour réduire l’incidence des autres infections.

La vaccination et l’adjonction de prébiotiques ou probiotiques dans l’alimentation sont des mesures d’appoint qui accélèrent l’assainissement, en limitant l’excrétion et les nouvelles infections. L’efficacité du programme s’évalue par la mesure régulière de la charge bactérienne dans l’environnement du troupeau.

Après l’assainissement, le contrôle régulier de la qualité bactériologique de l’eau d’abreuvement, le dépistage par la PCR des animaux achetés et des matières premières à risque limitent le risque de réinfection.

Références

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  • 2. Anses, rapport d’expertise collective. Salmonella spp. en alimentation animale. 2018:180p.
  • 3. Buret Y. Suspicion et contrôle pratique d’une salmonellose. Actualités en pathologie digestive des bovins. Point Vét. 2004;35:30-33.
  • 4. Davies RH. A two year study of Salmonella Typhimurium DT 104 infection and contamination on cattle farms. Cattle Pract. 1997;5:189-194.
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  • 18. Poupée B. Maîtrise de la salmonellose en élevage bovin laitier : évaluation de mesures de gestion sanitaire, d’une vaccination et de l’ajout de prébiotiques et probiotiques dans la ration. Thèse de doctorat vétérinaire, Nantes. 2016:148p.

Conflit d’intérêts

Aucun.

Points forts

→ Les élevages s’infectent généralement via l’achat de bovins infectés ou la distribution d’aliments contaminés.

→ Les salmonelloses bovines sont majoritairement subcliniques, l’excrétion fécale est très fréquente et durable.

→ Le diagnostic individuel n’est pas prédictif de la contagiosité future du bovin. Le diagnostic de groupe est réalisé sur des matrices de mélange, du lait de tank et des prélèvements d’environnement.

→ La lutte contre les salmonelles s’appuie sur des mesures sanitaires, qui doivent être adaptées à la pratique quotidienne des éleveurs, mais aussi sur des outils (vaccination, complémentation prébiotiques/ probiotiques) qui permettent de stimuler l’immunité de troupeau, de réduire l’excrétion et de tarir ainsi le réservoir environnemental.

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