Le point sur la tuberculose bovine à fin 2019 - Le Point Vétérinaire expert rural n° 405 du 01/05/2020
Le Point Vétérinaire expert rural n° 405 du 01/05/2020

ZOONOSES

Article original

Auteur(s) : Barbara Dufour*, Maria-Laura Boschiroli**

Fonctions :
*Unité de recherche EpiMAI
**Anses, LNR tuberculose, Laboratoire
de santé animale
ENV d’Alfort
7, avenue du Général de Gaulle
94700 Maisons-Alfort

En élevage comme dans la faune sauvage, la lutte contre la tuberculose continue d’évoluer pour s’adapter à une situation épidémiologique en constante évolution.

La tuberculose bovine est la première maladie contre laquelle le monde de l’élevage s’est collectivement mobilisé, dans les années 1950, pour tenter d’atteindre son éradication. Cette maladie zoonotique impactait alors, de manière significative, la santé publique. Après 70 ans d’une lutte qui a mis fortement à contribution les éleveurs, les vétérinaires et l’État, la victoire n’est pas encore atteinte et la lutte doit se poursuivre partout et s’intensifier dans certaines zones. Cet article fait le point sur les nouveautés en matière de tuberculose bovine, tant sur la situation épidémiologique – qui conditionne l’évolution des stratégies de lutte – que sur les nouveautés en termes de vaccination de la faune sauvage et des améliorations techniques au laboratoire, afin d’obtenir une meilleure caractérisation de l’agent pathogène Mycobacterium bovis, et une meilleure confirmation ou infirmation des cas.

ACTUALITÉ ÉPIDÉMIOLOGIQUE

1. Dans les élevages bovins

Depuis plus de dix ans, sur les quelque 190 000 troupeaux de bovins présents en France, il y a chaque année une centaine de foyers incidents de tuberculose bovine (figure 1).

En 2018, ce chiffre a légèrement augmenté, puisqu’il est passé à 123. Cependant, la répartition épidémiologique des foyers s’est modifiée dans l’espace au cours des cinq dernières années. Alors que le département de la Côted’Or et, dans une moindre mesure, celui des Ardennes, fortement impactés il y a encore quelques années, voient leur situation s’améliorer grâce aux efforts consentis, la région Nouvelle-Aquitaine, a contrario, regroupe 80 % des foyers identifiés (figure 2).

L’évolution positive en Côte-d’Or, département longtemps considéré comme le “point noir” français, montre que la mobilisation des acteurs de terrain, associée à l’adaptation des stratégies de lutte (recours à l’intradermoturberculination comparative effectuée et interprétée rigoureusement en première intention, usage raisonné de l’interféron gamma, abattage d’un grand nombre d’animaux pour diagnostic et gestion, etc.) sont nécessaires et permettent une amélioration notable de la situation épidémiologique. Des méthodes similaires sont actuellement mises en œuvre dans le grand Sud-Ouest pour tenter de maîtriser l’infection.

2. Dans la faune sauvage

Découverte en 2001 en Haute-Normandie chez des cerfs élaphes, M. bovis affecte essentiellement des sangliers, des blaireaux et, dans une moindre mesure, des cerfs dans toutes les zones où la tuberculose bovine est encore présente. Le dispositif national de surveillance Sylvatub, qui comprend plusieurs modalités de surveillance complémentaires et modulables selon les zones, a donc vu le jour fin 2011 (tableau) [10]. Le classement d’un département dans l’un des trois niveaux de surveillance repose sur la présence de foyers chez les bovins, la dynamique de l’infection chez ces animaux (augmentation de l’incidence notamment), la présence de cas dans la faune sauvage et/ou la proximité géographique avec une zone infectée considérée comme à haut risque(1).

Le programme de surveillance Sylvatub a permis d’autopsier 1 975 blaireaux en 2018 et, pendant la saison de chasse 2018-2019, 1 743 sangliers et 28 cerfs [3]. Parmi les blaireaux analysés, 94 se sont révélés infectés par M. bovis (soit 5 % environ). De même, 22 sangliers ont été infectés par M. bovis en 2018 (soit 1,3 %). Aucun cerf n’a présenté l’infection (ce qui était déjà le cas en 2017 chez les 159 cerfs analysés). Comme les années précédentes, tous les animaux touchés l’ont été dans des zones d’infection bovine et à proximité de foyers ou d’anciens foyers bovins correspondant aux cas de blaireaux trouvés infectés entre 2015 et 2017 (figure 3) [3].

Les quelques éléments présentés sur la situation épidémiologique de la tuberculose en France, tant dans la faune sauvage qu’en élevage, montrent l’hétérogénéité géographique de la répartition des foyers. Il convient désormais, dans les zones où la tuberculose persiste, d’intensifier la découverte des foyers en améliorant les stratégies de dépistage, d’assainir ces élevages et de les protéger contre les recontaminations possibles, tant par les autres élevages infectés que par la faune sauvage de proximité. Cela passe par des mesures de biosécurité renforcées.

ÉVOLUTION DES STRATÉGIES DE DÉPISTAGE

La surveillance ante mortem de la tuberculose bovine à l’aide des intradermoréactions est fondée, depuis de nombreuses années, sur le trépied constitué par le dépistage périodique, dont le rythme est variable selon la situation épidémiologique de chaque département (annuel, biennal, triennal, quadriennal), les contrôles à l’introduction, et le dépistage ciblé dans les zones de forte prévalence ainsi que dans les élevages “à risque”, c’est-à-dire en lien épidémiologique avec des foyers.

Au cours des dernières années, des évolutions sont apparues et elles s’affirment plus nettement depuis un an ou deux.

→ Le dépistage par intradermotuberculination comparative (IDC) tend à se généraliser, au détriment de l’intradermotuberculination simple (IDS). Ainsi, en 2017, le nombre d’IDS réalisées était environ deux fois supérieur à celui des IDC, alors qu’en 2018, cette proportion s’est inversée (73 % d’IDC et 27 % d’IDS). En effet, après avoir été utilisée avec succès en Côte-d’Or, l’IDC est devenue la règle sur le terrain, dans toute la zone de la Nouvelle-Aquitaine. Dans cette situation de très faible prévalence, l’emploi de l’IDC présente plusieurs avantages : en améliorant la spécificité du dépistage, elle permet d’améliorer corrélativement sa valeur prédictive positive. Par exemple, l’IDC permet de distinguer les infections à M. bovis de celles à M. paratuberculosis, une mycobactérie non tuberculeuse très répandue en élevage. Par ailleurs, la nécessité d’une lecture objective systématique conduit de fait à une meilleure contention des animaux, donc à une meilleure réalisation du test sur le terrain. Sa valorisation financière, à hauteur d’environ 8 € l’unité (au lieu d’environ 3,5 € pour une IDS) est également plus en lien avec les efforts requis.

→ Le renforcement du dépistage ciblé est la règle dans toutes les zones (parties d’un département plus ou moins étendues) où des foyers subsistent dans les élevages et dans la faune sauvage. Ainsi, au sein des zones à risque (zones dites à prophylaxie renforcée, ZPR), un dépistage renforcé annuel est instauré. Le dépistage ciblé est également la règle pour tous les troupeaux ayant un lien épidémiologique (achat d’animaux, voisinage de pâtures, matériel commun, etc.) avec un foyer. Ces élevages, dits “susceptibles”, sont identifiés via des enquêtes épidémiologiques conduites dans tous les foyers sur une période rétroactive moyenne de six ans et maximale de neuf ans.

→ Les contrôles à l’introduction, en revanche, sont en forte diminution, en raison des dérogations possibles si la durée du mouvement est de moins de sept jours. Ainsi, le dépistage par intradermotuberculination (IDS ou IDC) lors de mouvements d’animaux a concerné, en 2018, 95 851 têtes versus 683 921 en 2017. L’efficacité du contrôle à l’introduction semble en effet limitée : ce dispositif n’a permis d’identifier aucun foyer de tuberculose en 2017, et seulement deux en 2018 sur les 123 identifiés.

→ L’abandon du dépistage périodique est à envisager. En 2018, 18 départements supplémentaires sont passés dans la catégorie “sans rythme de dépistage”. Un rythme de dépistage systématique subsistait dans seulement 23 départements (figure 4). Dans les autres, il était purement et simplement arrêté. Des analyses de sensibilité du dispositif ont révélé que la sensibilité du dépistage non ciblé est limitée et d’un mauvais rapport coût/efficacité [9]. La valeur prédictive positive de ce dépistage est en effet très faible, en raison de la prévalence résiduelle très basse. Il est donc logique de remplacer ce type de dépistage par une détection ciblée sur les élevages à risque, dont l’efficacité est nettement meilleure.

Au bilan, la surveillance ante mortem de la tuberculose évolue pour s’adapter au nouveau paysage de l’infection, plus localisée dans certaines zones où elle semble implantée et difficile à éradiquer. Cette évolution des mesures de dépistage illustre également la volonté de mieux maîtriser la détection précoce des cheptels infectés.

VACCINATION DANS LA FAUNE SAUVAGE

Les éléments présentés ici sont largement fondés sur le rapport de l’Agence nationale de sécurité sanitaire (Anses) récemment paru [1].

Pour lutter contre la tuberculose bovine dans la faune sauvage, la vaccination des blaireaux est apparue comme une mesure de gestion envisageable. Les travaux sur le développement d’une stratégie vaccinale ont débuté en République d’Irlande au début des années 2000, puis se sont poursuivis en Angleterre, en France et en Espagne [4].

La vaccination par voie injectable, avec le BCG, a d’abord été testée en laboratoire pour mesurer l’efficacité du vaccin selon la souche employée (souche danoise, Pasteur ou espagnole, préparée avec une souche isolée chez un sanglier infecté) ou la dose utilisée. La tuberculose étant une maladie chronique, pour réduire la durée des expérimentations, les épreuves virulentes sur les blaireaux vaccinés sont réalisées avec des doses infectantes élevées, éloignées des doses infectantes dans des conditions naturelles. L’efficacité mesurée au laboratoire correspond alors à une réduction du nombre de lésions, de leur taille et de l’excrétion bactérienne entre le lot vacciné et celui qui ne l’est pas.

Les mesures d’efficacité et d’innocuité au laboratoire doivent donc être complétées par des mesures sur le terrain. L’expérimentation de la vaccination par voie injectable in natura nécessite de capturer les blaireaux par des collets ou des cages (photo). La souche BCG danoise est celle utilisée dans le seul vaccin qui a obtenu une autorisation de mise sur le marché (AMM) au Royaume-Uni en 2010. Seuls des vaccins injectables par voie intramusculaire sont autorisés outre-Manche et peuvent être administrés sans anesthésie. Testés à large échelle en République d’Irlande, ils ont fait l’objet d’essais de terrain plus réduits au pays de Galles, en Irlande du Nord et en Angleterre. La vaccination d’individus infectés n’apporte pas de protection, mais n’est pas considérée comme un facteur d’aggravation.

La vaccination par voie orale nécessite le développement de souches vaccinales efficaces par cette voie. L’ingestion doit induire une stimulation immunitaire efficace. Le vaccin doit être stable dans l’environnement et dans les appâts dans lesquels il est conditionné. Enfin, il doit être absorbé efficacement par la muqueuse lors de sa consommation.

Actuellement, des appâts pour la vaccination orale des blaireaux sont en cours d’étude, en France notamment. Ces appâts doivent être résistants dans le milieu extérieur, attractifs et appétents pour l’espèce cible. Ils doivent également être spécifiques, de manière à limiter leur consommation par des espèces non visées (les bovins, par exemple). Ils doivent enfin présenter une bonne innocuité à la fois vis-à-vis des individus qui consommeraient plusieurs appâts et des espèces non ciblées.

Enfin, les modalités précises d’utilisation du vaccin sont importantes. La prise des appâts fait l’objet d’études de terrain pour déterminer les conditions optimales de distribution (densité d’appâts et saison optimale, lieux et modes de distribution, etc.) et les modalités de mesure de la proportion d’appâts consommés.

Tous ces éléments sont actuellement en cours d’étude tant en France (appâts pour blaireaux) qu’en Espagne (vaccination des sangliers) ou, bien entendu, en Grande-Bretagne et en Irlande (pour les blaireaux). Les perspectives d’un déploiement à grande échelle d’un vaccin par voie orale contre M. bovis dans la faune sauvage sont donc encore relativement lointaines, même si les travaux progressent.

Enfin, rappelons que jusqu’ici, toutes les politiques de vaccination dans la faune sauvage à visée éradicative ont été accompagnées ou précédées de campagnes de régulation des populations concernées. Le maintien d’une densité raisonnable est en effet un préalable nécessaire à l’éradication des maladies contagieuses chez les animaux sauvages.

NOUVEAUX OUTILS DE DÉPISTAGE ET DE DIAGNOSTIC

1. Épidémiologie génomique

Depuis quelques temps, l’épidémiologie génomique (séquençage complet des souches) apporte des éléments nouveaux permettant de mieux appréhender les dynamiques d’infection locales. Ainsi, une première étude, menée dans une zone à forte incidence en Côte-d’Or, a permis de montrer que certaines souches isolées des bovins à un moment donné peuvent être identifiées par la suite dans la faune sauvage et être retrouvées de nouveau, plus tard, chez des bovins [6]. Des souches différenciées peuvent également être détectées chez les bovins d’un cheptel infecté (avec un même arrêté préfectoral de déclaration d’infection, APDI), ce qui conduit à suspecter des sources multiples d’infection (voisinage dû à un parcellaire très morcelé, relais intercheptel via la faune sauvage, etc.). Ces techniques mettent également en évidence que, lors de réinfections de cheptels reconstitués, à la suite des abattages totaux (après plusieurs APDI pour le même cheptel), la source infectieuse peut être différente (par introduction) ou semblable à la précédente (par résurgence, probablement via un relais dans la faune sauvage).

En règle générale, ces outils apportent des éléments sur l’origine des foyers et aident ainsi la gestion sanitaire [5]. Récemment, ce type d’approche a permis de déceler un réseau de transmission d’une souche de M. bovis circulant exclusivement chez des animaux d’enclos de chasse et de parcs zoologiques, véhiculée notamment par des cervidés [8]. La persistance de cas sporadiques dus à ce type de souche, pendant presque trente ans dans ces contextes, souligne les manquements dans la surveillance de la faune sauvage captive, et la nécessité d’introduire un protocole de surveillance préalable aux mouvements d’animaux.

Vu l’augmentation de la disponibilité des plateformes et le coût acceptable du séquençage génomique, il est possible de prédire que la génomique deviendra, à court terme, un pilier de la traçabilité des foyers de tuberculose animale.

2. Éléments d’amélioration du diagnostic par la biologie moléculaire

Le Laboratoire national de référence (LNR) a réussi à développer une stratégie de diagnostic moléculaire (PCR et séquençage) pour les lésions histologiques faussement positives en tuberculose. Un nombre croissant d’expertises ont été réalisées au LNR après des résultats non concordants entre l’histopathologie et la PCR de primo-intention. Un bilan de toutes les expertises effectuées au LNR avec des analyses moléculaires supplémentaires de 2013 à 2016, sur des échantillons appartenant à des animaux issus de 276 cheptels, a mis en évidence la présence de bactéries qui pourraient être à l’origine de ces lésions histologiques non spécifiques. Ainsi, des mycobactéries non tuberculeuses (24 %) ou actinomycétales (56 %), telles que Rhodococcus equi (53 %), ont été détectées, tandis que 24 % des analyses n’ont donné aucun résultat. Aucun de ces échantillons n’a conduit à l’isolement de M. bovis, même au bout de trois mois de culture. Ces résultats confirment le manque de spécificité de l’histologie et l’utilité d’inclure la PCR comme test officiel afin d’améliorer la surveillance de la tuberculose bovine en Europe. Par ailleurs, ils confortent la démarche de diagnostic moléculaire pratiquée au LNR, qui permet d’infirmer rapidement un nombre important de suspicions de tuberculose à l’abattoir, réduisant ainsi les périodes de blocage des cheptels indemnes [7].

3. Méthodes classiques pour la faune sauvage

Depuis quelques années, les méthodes sérologiques peuvent être utilisées pour le dépistage de la tuberculose chez les suidés sauvages. Récemment, le LNR a démontré, en utilisant une méthode d’analyse bayésienne, que la sérologie par l’Elisa sur des sérums d’animaux collectés dans le cadre de Sylvatub possède des caractéristiques de spécificité et de sensibilité supérieures à celles de la bactériologie, et même à celles de la PCR. Ces résultats suggèrent que ce type d’Elisa peut être utilisé pour détecter et surveiller l’exposition des sangliers, dans des conditions de terrain en France [11]. Une validation de la méthode sur buvard a également été réalisée. La simplicité d’obtention des prélèvements, ainsi que le coût réduit de l’analyse ont donc conduit à l’emploi de ce test pour la campagne Sylvatub 2019-2020. Le test Elisa est désormais utilisable également pour le contrôle des mouvements d’animaux de gibier d’élevage des régions infectées en France, ainsi que pour ceux des parcs et enclos de chasse. Il est également envisageable de recourir à ce test pour le dépistage des porcs des élevages extensifs, dans des régions atteintes par l’infection chez cette espèce, en Corse par exemple. Un nouveau réseau de laboratoires agréés, lancé au début de l’année, est en cours de construction.

Conclusion

L’éradication d’une maladie aussi insidieuse et persistante que la tuberculose bovine est complexe, d’autant que certaines espèces d’animaux sauvages sont infectées dans plusieurs régions encore impactées par l’infection chez les bovins. Le risque de création d’un réservoir multihôte, qui inclurait la faune sauvage et entraverait certainement les efforts conduits en élevage, n’est donc pas à exclure. Cela doit inciter à intensifier rapidement les efforts dans les zones ou l’infection sévit encore. La lassitude des acteurs et les faibles valeurs prédictives positives des méthodes de diagnostic sur le terrain sont autant de freins à la poursuite de cette éradication. C’est pourquoi l’évolution des stratégies et des méthodes est nécessaire et doit permettre de retrouver un nouveau souffle pour gagner la bataille.

  • (1) Note de service sur la surveillance épidémiologique de la tuberculose dans la faune sauvage en France (dispositif Sylvatub), instruction DGAL/ SDSPA/2018-708 du 24 septembre 2017.

Références

  • 1. Anses. Avis de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail relatif à « la gestion de la tuberculose bovine et des blaireaux ». 2019:165p.
  • 2. Delavenne C, Pandolfi F, Girard S et coll. Tuberculose bovine : bilan et évolution de la situation épidémiologique entre 2015 et 2017 en France métropolitaine. Bull. Épidémiol. 2018. https:// be.anses.fr/sites/default/ files/O-034_2019-06-05_Tub-Bilan_Delavenne_VF_par-ant.pdf
  • 3. Desvaux S, Jabert P, Jachacz J. Bilan synthétique des données Sylvatub. Plateforme ESA. 2019. https://www.plateforme-esa.fr/sites/default/files/bilan_synthetique_2017_2018_2019_nov19_rv_mars2020.pdf
  • 4. Gormley E, Collins JD. The development of wildlife control strategies for eradication of tuberculosis in cattle in Ireland. Tuber. Lung. Dis. 2000;80 (4-5): 229-236.
  • 5. Hauer A, Michelet L, Cochard T et coll. Accurate phylogenetic relationships among Mycobacterium bovis strains circulating in France based on whole genome sequencing and single nucleotide polymorphism analysis. Front. Microbiol. 2019;10:955.
  • 6. Michelet L, Courcoul A, Durand B et coll. Reconstitution des scénarios de transmission de Mycobacterium bovis entre animaux domestiques et sauvages. Épidémiologie et santé animale AEEMA. 2018;74:81-90.
  • 7. Michelet L, de Cruz K, Karoui C et coll. Second line molecular diagnosis for bovine tuberculosis to improve diagnostic schemes. PLoS One. 2018;13 (11):e0207614.
  • 8. Michelet L, Conde C, Branger M et coll. Transmission network of deer-borne Mycobacterium bovis infection revealed by a WGS approach. Microorganisms. 2019;7 (12):E687.
  • 9. Poirier V, Rivière J, Bouveret A et coll. Cost-effectiveness assessment of three components of the bovine tuberculosis surveillance system by intradermal tuberculin testing in French cattle farms by a scenario tree approach. Prev. Vet. Med. 2019;166:93-109.
  • 10. Réveillaud É, Desvaux S, Boschiroli ML et coll. Infection of wildlife by Mycobacterium bovis in France assessment through a national surveillance system, Sylvatub. Front. Vet. Sci. 2018;5:262.
  • 11. Richomme C, Courcoul A, Moyen JL et coll. Tuberculosis in the wild boar: frequentist and bayesian estimations of diagnostic test parameters when Mycobacterium bovis is present in wild boars but at low prevalence. PLoS One. 2019;14 (9):e0222661.

Conflit d’intérêts

Aucun.

Points forts

→ La détection par intradermotuberculination comparative va se généraliser progressivement en France pour mieux distinguer les infections à M. bovis de celles par d’autres mycobactéries, non réglementées, et améliorer ainsi la qualité du dépistage.

→ L’abandon progressif du dépistage généralisé au profit du ciblage dans les zones et élevages à risque devrait permettre de mieux détecter les foyers résiduels dans l’avenir.

→ Les outils de biologie moléculaire, comme le séquençage, permettent d’apporter des réponses sur l’origine de la contamination de certains troupeaux.

→ La lutte contre la tuberculose dans la faune sauvage passe par des mesures de biosécurité dans les élevages. Mais si les études vaccinales en cours, notamment des blaireaux, aboutissent, la vaccination de certains animaux dans certaines zones contribuera significativement à la disparition de l’infection au sein de la faune sauvage.

Abonné au Point Vétérinaire, retrouvez votre revue dans l'application Le Point Vétérinaire.fr