Résistance des colibacilles isolés de diarrhées de veaux dans l’Allier de 2011 à 2013

L’étude de la résistance des colibacilles isolés de diarrhées chez des veaux nouveau-nés menée dans l’Allier entre 2011 et 2013⁽¹⁾ a permis d’aboutir à plusieurs conclusions qui doivent nous amener à repenser nos pratiques thérapeutiques et zootechniques en élevage bovin. Ces changements concernent deux axes principaux : le choix du traitement face à un veau nouveau-né diarrhéique et les mesures préventives à mettre en place dans les élevages présentant une forte prévalence de colibacillose.

FACE À UN VEAU MALADE : CHOIX DU TRAITEMENT À METTRE EN PLACE

En élevage allaitant, le veau est la source principale de revenu de l’éleveur. Devant un cas de diarrhée néonatale, il est donc essentiel de mettre en place toutes les mesures nécessaires pour garantir la survie du veau et permettre sa guérison le plus rapidement possible afin de prévenir un retard de croissance et les pertes économiques qui y sont associées.

Dans ce cadre, le recours aux antibiotiques, en particulier ceux des dernières générations, est très tentant, en raison de leur grande efficacité. Cependant, face à l’augmentation alarmante des taux de résistance à ces molécules tant chez l’animal que chez l’homme, cette pratique est controversée. L’utilisation de ces substances d’importance critique s’est vue réglementée par le décret n° 2016-317 du 16 mars 2016, en vigueur depuis le 1^er avril 2016.

1. Recours aux antibiotiques

Est-ce automatique ?

Si au moins une souche d’Escherichia coli (E. coli) a pu être isolée chez tous les veaux prélevés à l’exception d’un seul, l’implication de cette bactérie dans les cas de diarrhée n’est pas aussi simple, puisqu’elle est l’un des agents microbiens naturels de la flore commensale [⁴].

Pour objectiver son pouvoir pathogène, il est courant de rechercher parmi ses antigènes des facteurs de virulence, tels que les Fimbriæ F5 (anciennement appelés K99), F17, F41 et CS31A, comme dans notre étude. Ainsi, les facteurs CS31A et F5 sont plus souvent identifiés dans les souches issues de veaux malades (M), avec, à l’inverse, aucun E. coli F5 chez les témoins (T). En revanche, d’autres facteurs sont présents de façon équivalente chez les veaux M et T, comme F17. Enfin, le facteur CS31A reste assez fréquent dans les souches des veaux T (environ 20 % des souches isolées chez ces animaux).

De plus, chez les veaux M, E. coli est associé à au moins un autre agent pathogène, parasitaire (Cryptosporidium parvum) ou viral (coronavirus, rotavirus), dans près d’un cas sur deux (contre moins de 7 % des veaux T). Ainsi, la question du rôle que joue le colibacille au sein de l’association dans la pathogénie de la diarrhée peut se poser. Face à un veau diarrhéique, il semble donc intéressant de réaliser un test pour identifier les agents présents dans ses selles ou, à défaut, de connaître la prévalence des principaux agents dans le cheptel. En l’absence d’une bactérie identifiée, l’usage d’un antibiotique est déconseillé. Si une souche est mise en évidence, son implication dans la pathogénie doit être discutée.

En cas de suspicion ou de risque de septicémie, le recours à une antibiothérapie est justifié. Cette suspicion peut reposer sur :

– des signes cliniques évocateurs : congestion et hémorragies conjonctivales, liseré gingival, atteinte générale (décubitus/faiblesse, déshydratation, hyperthermie), présence d’une diarrhée profuse, contenant du sang, de la fibrine ou des débris de muqueuses [⁵, ⁸]. L’établissement d’un score septique clinique présente une sensibilité et une spécificité respectives de 76 et 75 % pour la détection d’une bactériémie [⁵] ;

– des analyses sur le sang (culture en laboratoire) ou l’urine. Le test Uriscreen(r) (Savyon Diagnostics) permet, par exemple, d’objectiver une bactériurie, donc une bactériémie associée avec une sensibilité et une spécificité de 80 et 92,8 % [¹¹].

Chez les très jeunes veaux (jusqu’à 4 à 7?jours), la mise en œuvre d’une antibiothérapie peut être recommandée malgré une absence de suspicion de septicémie [¹²]. Leur fragilité augmente le risque de dégradation rapide de leur état et d’apparition ultérieure de cette généralisation de l’infection, quel que soit l’agent causal initial.

En conclusion, face à un veau diarrhéique, avant d’avoir recours à un antibiotique, il convient d’évaluer :

– son âge ;

– la probabilité d’implication d’une bactérie (test rapide ou en laboratoire pour rechercher les différents agents pathogènes présents) ;

– la suspicion (clinique ou de laboratoire) de septicémie.

Comment choisir la molécule à utiliser ?

L’objectif est de choisir une molécule efficace sur la bactérie ciblée, et qui ne présente pas ou peu de risque de toxicité pour le veau.

Ainsi, les familles antibactériennes pour lesquelles une résistance naturelle existe pour la bactérie considérée sont proscrites, le plus souvent parce qu’elle ne possède pas la cible de l’antibiotique ou que cette cible n’est pas accessible. Par exemple, de nombreuses bactéries à Gram négatif sont peu ou pas sensibles aux macrolides grâce à l’existence d’une pompe d’efflux. Or les macrolides agissant par fixation sur le ribosome bactérien, leur action requiert une concentration cytoplasmique suffisante [²]. Le praticien doit donc connaître ces familles de molécules inefficaces sur la bactérie ciblée.

Dans ces conditions, le risque d’échec du traitement antibactérien est potentiellement lié à des résistances acquises, dont les taux sont très variables d’une molécule à une autre chez E. coli. Dans notre étude, ils vont de 1 % pour la colistine à plus de 70 % pour la streptomycine (voire 77,6 % si seules les souches issues de veaux malades sont considérées). Ainsi, lorsque de l’amoxicilline ou de la streptomycine sont utilisées chez des veaux en diarrhée, le risque d’échec thérapeutique avoisine les 75 % . À l’inverse, ce risque chute sous les 20 % pour plusieurs molécules : l’ensemble des céphalosporines testées, la gentamicine, la colistine et les fluoroquinolones.

Néanmoins, le résultat d’un antibiogramme réalisé in vitro ne reflète pas parfaitement la situation in vivo. L’efficacité d’un antimicrobien sur une bactérie dépend également de la mise en œuvre du traitement (respect de l’observance et des doses recommandées) et de l’état du veau (la diffusion de la molécule et la réponse clinique varient selon son degré d’atteinte).

Rappel concernant le décret AIC

Face au risque de transmission de l’antibiorésistance sélectionnée chez l’animal aux bactéries humaines, le ministère de l’Agriculture a, après avoir lancé le plan ­ÉcoAntibio?2017, rédigé un décret visant à limiter l’usage vétérinaire des substances antibiotiques d’importance critique (AIC) (mentionnées à l’article L. 5144-1-1 du Code de la santé publique). En effet, ces molécules sont définies comme des substances dont « L’efficacité doit être prioritairement préservée dans L’intérêt de la santé humaine et animale » (décret n° 2016-317 du 16 mars 2016) (^{tableaux 1} à ⁴).

Quelle voie privilégier ?

L’usage des antibiotiques dans les cas de diarrhée néonatale vise à prévenir ou à traiter l’apparition d’une septicémie, la plupart du temps due à E. coli. Pour cela, l’antibiotique utilisé doit diffuser et être actif dans la circulation sanguine. La voie parentérale semble donc la plus logique (^{photo 1}).

Cependant, pour des raisons parfois pratiques, le recours à des formulations orales reste fréquent. Ces usages sont pourtant très néfastes pour la flore commensale. Cette flore est importante sur le plan biologique. En effet, elle masque les sites d’attachement des bactéries sur les entérocytes, concurrence les bactéries pathogènes dans l’écosystème et fournit nombre de métabolites essentiels à l’organisme qui les héberge. Ainsi, le contact de cette flore avec un antibiotique risque de détruire cette population, donc d’aggraver les symptômes digestifs, ralentissant la récupération clinique du veau [⁴].

De plus, bien que cette population bactérienne soit non pathogène, la présence d’antibiorésistances y représente une difficulté majeure. En effet, exposer cette flore à des antibiotiques entraîne la sélection de bactéries résistantes (^figure). Celles-ci risquent ensuite de transmettre cette caractéristique génétique aux autres microbes environnants, commensaux ou pathogènes. Or la flore commensale comptant souvent plus de 10¹¹ unités formant colonie (UFC) par gramme de fèces représente un réservoir gigantesque de gènes de résistance [⁴].

Enfin, il convient aussi de bannir les antibiotiques subissant un cycle entéro-hépatique. En effet, malgré une administration parentérale, certaines molécules sont ensuite excrétées sous forme active par voie biliaire vers la lumière du tube digestif. L’effet sur la flore digestive est alors le même que lors d’une administration orale. C’est, par exemple, le cas des fluoroquinolones, qui sont donc pour cette raison encore une fois à proscrire, en dépit de leurs qualités.

2. Autres éléments principaux du?traitement

Fluidothérapie

La réhydratation est la première mesure à mettre en place face à un veau en diarrhée (^{photo 2}). Une fluidothérapie adaptée doit être la plus précoce possible, afin de rétablir les équilibres hydriques et acido-basiques. En effet, la diarrhée entraîne une acidose métabolique, qui engendre une hyperkaliémie malgré des pertes fécales augmentées, tout comme pour le sodium. Les troubles cardiaques associés sont souvent la cause de la mort du veau, d’où l’importance de ces mesures thérapeutiques.

Il existe différentes tables de scores cliniques permettant d’estimer le degré de déshydratation et de déséquilibre acido-basique [¹³]. Une fois ces déséquilibres quantifiés, le vétérinaire peut choisir le soluté, la voie, la dose et le rythme d’administration.

Ainsi, le volume nécessaire pour rétablir le niveau d’hydratation du veau correspond à son besoin de base auquel s’ajoute un volume suffisant pour couvrir les pertes fécales et rectifier la déshydratation si elle est déjà présente.

Le soluté utilisé doit apporter suffisamment de sodium pour remplacer les pertes. Concernant le potassium, qui se trouve en excès dans le sang lors de diarrhée, le raisonnement est plus complexe. En effet, cette hyperkaliémie est due à une sortie du potassium des cellules, dont le cytoplasme est alors trop pauvre en cet élément. Il convient donc que le soluté en contienne, mais la vitesse d’administration ne doit pas être trop élevée pour ne pas aggraver l’hyperkaliémie et les troubles cardiaques associés [¹]. Enfin, du bicarbonate peut aussi être administré pour lutter contre l’acidose, ainsi que du glucose pour contrer l’hypoglycémie fréquente.

Le choix de la voie dépend principalement de l’état clinique du veau, donc de son degré d’atteinte pour ce qui est de ces différents déséquilibres. Ainsi, il est logique de privilégier la voie parentérale si la déshydratation ou l’acidose est trop importante, et que le veau n’a plus de réflexe de succion ou ne se tient pas debout. Il en va de même si la diarrhée est très profuse ou si des signes cardiaques (bradycardie, arythmie) liés à l’hyperkaliémie sont déjà présents. À l’inverse, pour un veau moins gravement atteint (déshydratation inférieure à 8 % et station debout conservée), le recours à des réhydratants oraux est généralement possible. Dans ce cas de figure, il convient d’être prudent avec les solutés contenant du glucose ou du lactose, qui fermentent dans le rumen et entraînent une acidose ruminale [¹³].

Nursing

Le veau malade étant affaibli, le vétérinaire doit s’assurer que les conditions environnementales dans lesquelles il vit sont idéales, ou tout au moins de bonne qualité. En particulier, l’animal est réchauffé si son état le demande, et l’hygrométrie et la ventilation du bâtiment où il se trouve sont contrôlées. Sa litière doit rester propre et sèche. Ces mesures semblent évidentes, mais, sur le terrain, elles requièrent une attention particulière.

Autres traitements

Plusieurs autres thérapeutiques sont envisageables pour limiter les conséquences de la diarrhée. Par exemple, l’usage de protecteurs des muqueuses digestives permet de limiter l’absorption des toxines bactériennes, mais n’a pas d’effet sur les pertes hydro-électriques au niveau de l’intestin, d’où un intérêt modéré. L’emploi de molécules diminuant le péristaltisme pour limiter la diarrhée est aussi tentant, mais cela est contre-indiqué en raison du risque d’augmenter la prolifération bactérienne dans le tube digestif et de favoriser l’absorption des toxines [¹]. Le recours à des molécules anti-inflammatoires est également discutable. Si elles réduisent les sécrétions digestives et augmentent la prise alimentaire et le gain quotidien, en revanche, elles présentent plusieurs effets secondaires [⁷]. Bien que le risque d’apparition d’ulcères digestifs est faible chez le bovin, une toxicité rénale est possible en cas de déshydratation ou d’hypovolémie sévère [⁶, ¹⁴].

PRINCIPAUX MOYENS DE PRÉVENTION IDENTIFIÉS

1. Gestion du transfert d’immunité passive

Dans notre étude⁽¹⁾, un défaut de transfert d’immunité passive a été observé chez presque 50 % des veaux M, avec un seuil de taux sérique d’immunoglobulines G1 de 10 g/l (contre un peu plus de 15 % des veaux T, p = 1,9 × 10^-5). Au seuil de 15 g/l, près des deux tiers des veaux M présentent un défaut de transfert, contre un tiers des veaux T (p = 1 × 10^-4). Lorsque les éleveurs ou leurs vétérinaires sont interrogés, très peu sont conscients de l’ampleur de ce problème.

Chez les veaux M, ce déficit d’immunité passive est d’autant plus fréquent que les vêlages sont dystociques ou ont lieu durant la journée. De même, lorsque l’éleveur reconnaît que la première buvée a eu lieu plus de 6 heures post-partum, le seuil de 10 g/l n’est atteint que dans un quart des cas (contre plus de 70 % des cas quand la buvée s’est produite avant 6 heures post-partum). De façon surprenante, dans notre étude, le recours à un colostrum de complément est associé à des taux sériques plus bas. L’impact de ces produits sur la prévention des diarrhées serait moins intéressant qu’avec le colostrum maternel, dans la mesure où leur teneur en anticorps est plus faible et que ces derniers ne sont pas aussi spécifiques des agents pathogènes rencontrés dans l’élevage [¹⁰]. La constitution d’une banque de colostrums congelés propre à chaque élevage semble donc plus judicieuse, bien qu’elle soit beaucoup plus complexe à mettre en place. De plus, les éleveurs déclarent utiliser ces produits lorsqu’ils doutent de la qualité du transfert. Il serait alors intéressant de savoir si cette administration a eu lieu assez tôt après le vêlage. Ainsi, la prévention passe tout d’abord par une bonne gestion du transfert d’immunité colostrale, en particulier sur les vêlages dystociques ou non surveillés.

2. Hygiène des locaux d’élevage

Comme pour toute maladie infectieuse, la concentration des animaux dans un bâtiment est un facteur de risque de contagiosité important. En effet, les différents agents pathogènes sont plus ou moins résistants dans l’environnement. Une litière mal entretenue reste un facteur de risque. Dans notre étude, la qualité de paillage est jugée insuffisante par les vétérinaires dans 24,1 % des élevages présentant des cas de diarrhée, contre à peine plus de 3 % des élevages témoins (p = 0,0071). La qualité du paillage (élément de confort des veaux) semble donc être un facteur essentiel à prendre en compte.

Il convient aussi d’isoler les veaux atteints, pour limiter la contagiosité aux autres veaux de l’élevage, d’autant plus marquée que les vêlages sont groupés.

3. Vaccination

Notre étude n’a pas permis de mettre en évidence un impact de la vaccination sur la survenue des diarrhées néonatales. Cependant, le nombre de cheptels vaccinés était assez faible et les réponses à cette partie des questionnaires étaient souvent incomplètes ou inexploitables. En effet, pour être efficaces, les protocoles des différents vaccins impliquent une ou deux injections à un nombre de semaines déterminé avant la mise bas. Or, en système allaitant, la date de saillie, donc de mise bas, est rarement connue de façon suffisamment précise pour garantir le strict respect de ces protocoles vaccinaux [⁹]. Enfin, l’immunité des veaux à la suite de la vaccination des mères nécessite impérativement la réussite du transfert colostral, élément critique dans notre étude.

Malgré ces contraintes, la vaccination reste un élément de protection intéressant dans les élevages à problèmes et peut permettre de limiter le recours aux antibiotiques.

Conclusion

Le choix de la molécule antibiotique et de la voie d’administration est essentiel pour garantir une bonne efficacité du traitement, sans risquer une trop forte sélection de bactéries résistantes, dans la flore commensale par exemple. La fluidothérapie est la première mesure à mettre en œuvre chez un veau diarrhéique. À l’avenir, face à l’antibiorésistance, les conduites des vétérinaires devraient se tourner davantage vers des mesures préventives (gestion du transfert colostral, vaccination), pour limiter encore plus le recours aux antibiotiques.

• (1) Voir l’article “État des lieux de la colibacillose chez le jeune veau et antibiorésistance dans l’Allier (2011-2013)” des mêmes auteurs, paru dans Le Point Vétérinaire. 2017;372:48-56.

Références

• 1. Albin C. Entérites diarrhéiques du veau charolais. Étude de la diversité des tableaux hydro-électrolytiques et acido-basiques. Thèse Méd. Vét. Toulouse. 2002; n° 4149:133p.
• 2. Cattoir V. Pompes d’efflux et résistance aux antibiotiques chez les bactéries. Pathol. Biol. 2004;52(10):607-616.
• 3. Décret n° 2016-317 du 16 mars 2016 relatif à la prescription et à la délivrance des médicaments utilisés en médecine vétérinaire contenant une ou plusieurs substances antibiotiques d’importance critique. [en-ligne] https://www.legifrance.gouv.fr/affichTexte.do?cidTexte=JORFTEXT000032251629&categorieLien=id (consulté le 17/12/2016).
• 4. Dowd SE, Callaway TR, Wolcott RD et coll. Evaluation of the bacterial diversity in the feces of cattle using 16S rDNA bacterial tag-encoded FLX amplicon pyrosequencing (bTEFAP). BMC Microbiol. 2008;8:125.
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• 7. Meganck V, Hoflack G, Opsomer G. Advances in prevention and therapy of neonatal dairy calf diarrhea: a systematical review with emphasis on colostrum management and fluid therapy. Acta Vet. Scand. 2014;56(75):8.
• 8. Millemann Y, Belbis G, Assié S, Maillard R. Usage raisonné des antibiotiques chez les bovins : indications, quand ne pas traiter ? Point Vét. 2014;n°spéc. “Actualités en thérapeutique des bovins”:44-49.
• 9. Millemann Y, Belbis G. Actualités sur les viroses digestives du veau. Point Vét. 2011;n°spéc. “Maladies infectieuses des ruminants”:2-9.
• 10. Poulsen KP, Foley AL, Collins MT et coll. Comparison of passive transfer of immunity in neonatal dairy calves fed colostrum or bovine serum-based colostrum replacement and colostrum supplement products. J. Am. Vet. Med. Assoc. 2010;237(8):949-954.
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