État des lieux de la colibacillose chez le jeune veau et antibiorésistance dans l’Allier (2011-2013)

L’une des principales affections à laquelle les vétérinaires ruraux de l’Allier disent être confrontés est le syndrome diarrhée/septicémie du veau nouveau-né (^{photo 1}). Dans ce département, l’élevage bovin charolais prédomine (avec un peu plus de 200 000 vaches nourrices comptabilisées en 2014). Le veau est donc la principale source de revenu des éleveurs [⁸]. Ce syndrome entraîne de graves manques à gagner, en raison des frais vétérinaires, des retards de croissance, voire de la perte des veaux qu’il entraîne.

Plusieurs agents pathogènes sont couramment incriminés, tels qu’Escherichia coli (E. coli), les salmonelles, les rotavirus, les coronavirus et Cryptosporidium parvum (C. parvum), impliqués seuls ou en association [²]. Bien que certains signes cliniques semblent parfois plus évocateurs de tel ou tel agent, il n’en est aucun qui soit pathognomonique. Quelques-uns sont, par exemple, évocateurs d’une septicémie, principalement due à E. coli et observée dans 28 % des cas de diarrhée néonatale [¹³]. Or il est essentiel de cibler au mieux l’agent causal afin d’adapter le traitement et ainsi d’améliorer les chances de guérison du veau malade et la prévention chez les autres veaux de l’élevage. Le vétérinaire dispose de plusieurs tests rapides permettant de déterminer le ou les agents présents.

Enfin, outre les agents pathogènes présents, la réceptivité et la sensibilité des veaux reposent aussi sur des facteurs environnementaux, qu’il convient de connaître afin d’aider l’éleveur à améliorer sa pratique pour réduire la prévalence de cette affection.

OBJECTIFS

L’objectif de notre étude est de faire le point sur la prévalence des principaux agents pathogènes identifiables au chevet du malade (E. coli, rotavirus, coronavirus et C. parvum) chez les veaux nouveau-nés dans l’Allier, ainsi que sur la sensibilité aux antibiotiques des souches d’E. coli isolées, élément intéressant pour le praticien si une antibiothérapie se justifie. Une seconde partie porte sur l’analyse des principaux facteurs de risque identifiables, avec une attention toute particulière pour la qualité du transfert colostral⁽¹⁾.

MATÉRIEL ET MÉTHODE

1. Critères d’inclusion des veaux et prélèvements

Les vétérinaires participant à l’étude sont recrutés sur la base du volontariat, au cours de l’assemblé générale du groupement technique vétérinaire (GTV) de l’Allier, instigateur du projet, en novembre 2011. Les vétérinaires de 17 cabinets répartis sur tout le département apportent leur concours.

Les prélèvements ont lieu au cours des saisons de vêlage 2011-2012 (puis 2012-2013, le nombre de prélèvements n’atteignant pas l’objectif fixé). Un maximum de 2 veaux par élevage et par saison a été décidé, pour des raisons financières et pour permettre de réaliser une cartographie régionale à un instant t (figure 1 complémentaire sur www.lepointveterinaire.fr). Pour être inclus, ils doivent être âgés de moins de 8 jours et ne pas avoir reçu d’antibiotique. Pour des raisons pratiques, les vétérinaires préleveurs sont libres du choix des animaux et des élevages à prélever.

Deux groupes sont constitués : le lot M (pour malade) comprend les veaux présentant des signes de diarrhée et/ou de septicémie au moment du prélèvement ; le lot T (pour témoin) comporte les prélèvements de veaux apparemment indemnes et choisis dans des élevages “sans problème” (peu ou pas de diarrhées ni de septicémies signalées au cours de la saison de vêlages précédente et de la saison de l’année en cours). Pour des raisons économiques (budget global divisé par le coût de l’analyse d’un prélèvement), l’objectif est de réaliser 200 prélèvements. Pour des raisons pratiques, en particulier devant la difficulté de trouver des élevages répondant aux critères d’inclusion des veaux T, un rapport de deux tiers/un tiers est décidé entre les individus M et T. Ainsi, 140 veaux sont inclus dans le groupe M et 70 dans le groupe T. Ces chiffres sont divisés par le nombre de vétérinaires préleveurs pleinement impliqués. Ainsi, chaque praticien a pour objectif de prélever 11 ou 12 veaux M et 5 ou 6 veaux T (quelques-uns s’étant engagés à réaliser un nombre plus réduit de prélèvements).

Le transfert d’immunité colostrale se produisant dans les premières heures et jusqu’à 36, voire 48, heures de vie, le taux d’anticorps sériques d’origine colostrale peut augmenter jusqu’à cet âge [²⁴]. Ainsi, si le veau inclus dans l’étude est âgé de 2 à 8 jours, le vétérinaire peut prélever le sang sur tube sec et les selles. Pour les veaux de moins de 2 jours au passage du praticien préleveur, seules les selles sont récoltées et la prise de sang est effectuée lors d’une seconde visite, quand le veau a atteint l’âge de 2 à 8 jours.

Les fèces doivent être conservées au réfrigérateur en attendant le ramassage du laboratoire. Les prélèvements, accompagnés d’une fiche de commémoratifs (donnant les informations d’identification et d’âge du veau prélevé, ainsi que le détail des signes cliniques pour les animaux M), sont transmis au laboratoire dans les 48 heures (les prélèvements sont donc interdits en fin de semaine).

2. Méthodes d’analyse

La recherche étiologique concerne les principaux agents identifiables au chevet des veaux malades (E. coli, rotavirus, coronavirus et C. parvum). De même, les facteurs de virulence recherchés chez E. coli sont ceux disponibles en analyse de routine (F5, CS31A, F17 et F41).

Dosage des immunoglobulines G1

L’efficacité du transfert colostral est évaluée par le dosage des immunoglobulines G1 (IgG1) sériques, par immunodiffusion radiale (kit BOV IgG1 Test®, IDBiotech, et lecteur de plaque IDRing Viewer-S®, IDBiotech) (^{photo 2}). Cette technique est facile à mettre en œuvre et ses résultats sont fiables [²³]. Une valeur chiffrée au dixième est obtenue pour les valeurs comprises entre 5 et 40 g/l. Pour des raisons pratiques, lors de l’analyse statistique, les résultats annoncés comme inférieurs à 5 g/l et supérieurs à 40 g/l ont été assimilés aux résultats respectivement égaux à 5 g/l et à 40 g/l.

Rotavirus et coronavirus

Au laboratoire, la recherche de rotavirus et de coronavirus est réalisée à l’aide du kit Elisa Pathasure® Enteritis⁽²⁾. Cette méthode est rapide, facile à mettre en œuvre et fiable [², ³⁴]. Le résultat obtenu est classé comme positif (coloration au moins aussi importante que celle du témoin positif), négatif (coloration moins marquée que celle du témoin négatif) ou comme positif faible (coloration intermédiaire). Pour des raisons de puissance statistique, nous avons regroupé les résultats “positifs” et “positifs faibles” pour l’analyse des réponses.

Cryptosporidium

Les ookystes de Cryptosporidium sont identifiés au microscope, selon la méthode de Naciri (^{photo 3}) [²⁵]. Le résultat est fourni sous forme d’un score compris entre 0 (absence d’ookystes) et 5 (plus de 20 ookystes par champ). Là encore, l’analyse a été faite en regroupant les scores de 1 à 5 comme des résultats “positifs”, alors que les scores 0 sont dits “négatifs”.

Escherichia coli

Tout d’abord, pour chaque prélèvement, les souches d’Escherichia coli sont dénombrées : deux géloses de ­Drigalski (Bio-Rad®) sont ensemencées avec des dilutions à 10^– 6 et 10^– 8 obtenues à partir de 1 g de fèces. Après incubation (18 à 24 heures à 37 °C), les colonies sont comptées. Le résultat obtenu est multiplié par le facteur de dilution pour obtenir une valeur en unités formant colonies par gramme de fèces (ufc/g).

À partir de cette gélose, zéro à trois souches par prélèvement (maximum fixé pour des raisons économiques) sont repiquées sur gélose MINCA en vue de leur identification (par lecture d’une galerie ID 32E®, BioMérieux, avec un lecteur MiniAPI®, BioMérieux).

Le typage de chaque souche est réalisé manuellement, par séro-agglutination sur lame, avec les antisérums dirigés contre les antigènes F5, F17, F41 et CS31A.

Enfin, un antibiogramme de chaque souche est effectué par la méthode des disques (les disques sont fournis par Bio-Rad, à l’exception de la cefquinome provenant d’Oxoid), conformément aux recommandations du Comité de l’antibiogramme de la Société française de microbiologie (^{photo 4}) [⁶]. Pour chaque souche, la sensibilité à seize antibiotiques est ainsi évaluée : amoxicilline, amoxicilline + acide clavulanique, cefalexine, cefoxitine, ceftiofur, cefquinome, streptomycine, kanamycine, gentamicine, néomycine, tétracyclines, colistine, sulfamides + triméthoprime, acide nalidixique, enrofloxacine et marbofloxacine. Le résultat fourni, fondé sur le diamètre d’inhibition, est alors “sensible”, “intermédiaire” ou “résistant”. Ces deux derniers statuts sont regroupés sous le qualificatif de “résistant” pour l’analyse statistique.

3. Les enquêtes

Pour mieux connaître les élevages et tenter d’identifier certains facteurs de risque, plusieurs questionnaires ont été remplis par les éleveurs et leurs vétérinaires [²²].

4. Traitements statistiques des résultats

Les informations des fiches de commémoratifs jointes aux prélèvements et les résultats du laboratoire sont répertoriés dans différents classeurs Excel® (Microsoft). Les réponses aux questionnaires sont également transférées sous Excel® grâce au logiciel EpiData® 3.1 [⁵].

Une fois les tableaux de données créés, les tests de Student, du X² et de Fischer sont réalisés à l’aide d’un site de statistiques et du logiciel de statistique EpiInfo® 7.0 pour les analyses plus poussées [⁷, ¹²].

RÉSULTATS

1. Effectifs de l’étude

Le nombre total de veaux prélevés est de 192, répartis en 130 M (soit 93 % de notre objectif) et 62 T (soit 88 % de l’objectif). Parmi ces prélèvements, certains ont dû être écartés de tout ou partie de l’analyse statistique pour diverses raisons : statut du veau non spécifié (M ou T), âge au moment du prélèvement n’entrant pas dans les critères d’inclusion (entre 2 et 8 jours pour les prélèvements de sang), absence de prélèvement sanguin. Ainsi, les analyses des fèces portent sur 125 veaux M et 61 veaux T. Celles qui concernent le transfert colostral portent sur 119 veaux M et 58 veaux T. 2.

Dosage des immunoglobulines G1

Le taux sérique moyen est de 16,2 g/l, avec de fortes variations entre et au sein des deux groupes. Ainsi, plus de 27 % des veaux M et 3 % des veaux T possèdent un taux inférieur ou égal à 5 g/l, notre seuil de détection. Si la réussite du transfert colostral est évaluée par rapport au seuil communément admis de 10 g/l, 48 % des veaux M présentent un échec de ce transfert, contre 16 % des veaux T (p = 1,9 × 10^– 5). Un seuil de 15 g/l est même un meilleur objectif. Dans ce cas, 62 % des veaux M et 31 % des veaux T présentent un tel échec.

L’étude des questionnaires apporte quelques pistes quant aux possibles facteurs de risque de cet échec de transfert. En effet, celui-ci est plus fréquemment observé chez les veaux issus de vêlages dystociques, ainsi que lorsque l’éleveur rapporte une prise colostrale plus de 6 heures après la mise bas ou s’il a administré un colostrum de complément au veau. Les naissances de nuit sont, en revanche, moins souvent associées à ce défaut de transfert.

3. Rotavirus, coronavirus et Cryptosporidium

L’analyse statistique des prévalences pour chaque agent pathogène met en évidence une différence significative entre les veaux M et T, celles des veaux M étant toujours supérieures à celles des veaux T (^{tableau 1}). En particulier, aucun veau T n’est porteur d’ookyste de Cryptosporidium.

Bien qu’aucun lien de causalité ne puisse être établi à ce stade, l’étude des questionnaires met en évidence qu’un défaut de paillage ou une surface allouée par couple mère-veau insuffisante sont plus souvent rencontrés chez les veaux M de notre échantillon, par rapport aux veaux T (avec respectivement p = 0,007 et p = 0,037).

Un quelconque impact de la vaccination antivirale des mères n’a pu être mis en évidence.

4. Escherichia coli

Prévalences

Sur l’ensemble des prélèvements effectués, un seul n’a pas permis d’isoler une souche d’E. coli. Les autres présentaient entre 1 × 10⁶ et 7,4 × 10⁹ ufc/g, sans que le statut T ou M du veau n’ait d’influence. Au total, 310 souches ont été isolées : 203 chez les veaux M et 107 chez les veaux T, soit respectivement 1,62 et 1,75 souches par animal (différence non significative).

Au moins l’un des facteurs de virulence recherchés a été identifié chez 88 souches M (43 %) et 25 souches T (23 %), soit en moyenne 0,7 souche ainsi typable par veau M contre 0,4 par veau T (p = 0,0005). Dans plus de 75 % des cas, ce facteur isolé est l’antigène CS31A (^{tableaux 2} et ³). E. coli est le seul agent isolé chez 46,4 % des veaux M et 93,4 % des veaux T (p = 0,0002). Un peu moins de 7 % des veaux T sont porteurs de deux agents pathogènes différents, et aucun n’est porteur de plus de deux agents. En revanche, chez les veaux M, 40,8 % des prélèvements portent deux agents, 11,2 % en portent trois et un prélèvement a permis de détecter la présence des quatre agents pathogènes recherchés (^{tableau 4}).

Antibiorésistance chez les 310 souches isolées d’E. coli

→ Les taux de résistance globaux pour chacune des seize molécules testées varient de 1 % pour la colistine à 71,2 % pour la streptomycine (^{tableau 5}). Un taux de résistance élevé est noté pour les tétracyclines, ainsi que pour la cefquinome, une céphalosporine de quatrième génération, comparativement au ceftiofur, une céphalosporine de la génération antérieure, ces deux molécules étant classées parmi les antibiotiques d’importance critique par le décret n° 2016-317 du 16 mars 2016. De même, plus d’un quart des souches sont résistantes à l’acide nalidixique, ce phénomène annonçant un risque d’émergence de résistances aux fluoroquinolones, une autre classe d’importance critique. À l’inverse, la colistine et la gentamicine restent des molécules vis-à-vis desquelles les souches isolées présentent peu de résistances.

En ce qui concerne les taux de résistance molécule par molécule entre les souches isolées des veaux M et celles des veaux T, une différence significative pour neuf des seize molécules testées est observée, avec davantage de résistance chez les souches des animaux M (^{tableau 6}).

→ Les taux de résistance des cabinets préleveurs sont globalement identiques, à quelques exceptions près. Ainsi, deux cabinets présentent des taux à au moins l’une des pénicillines testées inférieurs à la moyenne (avec des résistances chez 55 % et 59 % des veaux, contre une moyenne de 81 %, p = 0,036 et p = 0,023 respectivement). Un autre cabinet présente une moindre résistance aux tétracyclines (40 % contre 74 % en moyenne, p = 0,0031). Enfin, un dernier cabinet expose un taux de résistance aux quinolones et aux fluoroquinolones supérieur (67 % contre 39 % en moyenne, p = 0,028).

DISCUSSION

1. Dosage des immunoglobulines G1

Les veaux malades présentent en moyenne des taux d’IgG1 sériques inférieurs à ceux observés chez les témoins. Il serait tentant de conclure à un lien de causalité entre l’échec du transfert colostral et le statut M du veau. Cependant, une étude statistique plus approfondie est requise pour confirmer cette hypothèse.

L’étude des commémoratifs et des questionnaires a permis d’envisager certains facteurs prédisposants. Ainsi, un défaut de transfert d’immunité passive est plus souvent observé lorsque l’éleveur rapporte un retard de prise colostrale, ce qui semble logique puisque l’absorption digestive des immunoglobulines colostrales se fait de manière optimale dans les toutes premières heures de vie [²⁴]. En revanche, d’autres facteurs semblent avoir un impact contraire à celui attendu. Par exemple, lorsque l’éleveur rapporte avoir donné un colostrum de complément au veau, le taux d’échec est plus important. Cela peut s’expliquer par le fait que les éleveurs utilisent ces compléments principalement lorsqu’ils suspectent que la prise colostrale n’a pas été satisfaisante (en trop faible quantité, par exemple si la mère est peu maternelle ou ne produit pas assez de colostrum, si le veau est trop faible pour se lever, etc.). Or si ce complément est donné trop tardivement ou en trop petite quantité, il ne permet pas d’améliorer suffisamment le taux d’anticorps sériques du veau. Ces colostrums de complément seraient moins efficaces que le colostrum naturel sur ce paramètre. Ainsi, malgré une première administration de 2 l d’un tel complément dans les 2 premières heures de vie de 146 veaux, Poulsen et coll. observent un taux sérique moyen d’IgG inférieur au seuil de 15 g/l [²⁹]. La teneur en anticorps de ces produits est trop faible pour garantir une augmentation satisfaisante du taux sérique chez les veaux présentant un échec de transfert colostral [²⁹]. De plus, la naissance nocturne est moins souvent associée à un défaut de transfert colostral. Ce résultat est surprenant car la surveillance nocturne paraît plus compliquée pour les éleveurs, ce qui risque de retarder la première buvée des veaux qui ont besoin d’être aidés. D’autres facteurs interviennent probablement pour expliquer ce résultat (le calme pourrait, par exemple, favoriser le comportement maternel de la vache).

2. Prévalences des agents pathogènes

Le taux de portage d’E. coli dans notre étude est de 99,2 % chez les malades et de 100 % chez les témoins, ce qui est supérieur à ce que Herrera-Luna et coll. ont observé (avec seulement 17 % des fèces des 230 veaux diarrhéiques ou sains testés positifs) [¹⁶]. D’autres auteurs trouvent des résultats intermédiaires, avec un résultat positif pour 51 % des fèces, par exemple [³]. E. coli étant un agent de la flore commensale, il n’est pas surprenant de l’observer avec une si forte prévalence, son caractère pathogène reposant davantage sur la présence ou non de facteurs de virulence. Cette étude s’est intéressée aux principaux antigènes observés pour les agents de colibacillose du veau nouveau-né : CS31A, F5, F17 et F41. Les prévalences pour ces différents antigènes sont très variables d’une étude à une autre. Ainsi, Bourgoin rapporte une prévalence d’E. coli F5 de 9,2 %, proche des 7,7 % chez les veaux M [⁴]. Elle est plus importante que celle rapportée par Blanchard ou Naciri et coll., qui observent de plus une prévalence de 0,3 % chez les veaux témoins, alors que, dans notre étude, aucun cas dans ce groupe n’a été détecté [², ²⁶]. La recherche des gènes codant ces facteurs par polymerase chain reaction (PCR) donne des prévalences supérieures chez les veaux diarrhéiques, avec des valeurs respectives de 14,9 %, 22,8 % et 7,1 % pour les fimbriae F5, F17 et F41, contre 7,7 %, 4,6 % et 3,1 % dans notre étude [²⁷]. Ainsi, un certain nombre de souches seraient porteuses du matériel génétique, même s’il ne s’exprime pas chez toutes. Ces souches porteuses restent cependant un réservoir de gènes et pourraient les transmettre à d’autres colibacilles, augmentant ainsi leur pouvoir pathogène.

Pour ce qui est des rotavirus et des coronavirus, les prévalences rapportées sont très variables d’un auteur à l’autre. Ainsi, pour les premiers, les prévalences chez les veaux diarrhéiques oscillent globalement entre 15 et 36,9 % [¹, ⁴]. Dans notre étude, 18,4 % des veaux M sont porteurs de ces rotavirus, une valeur proche des 21,1 % de Herrera-Luna et coll. [¹⁶]. Concernant les coronavirus, l’échelle de variation des prévalences est encore plus grande, allant de 6,5 à 40 % des veaux diarrhéiques porteurs, contre 24 % dans notre étude. Le portage chez les veaux témoins est aussi très variable, allant de 0,3 % pour Naciri et coll. à 16,4 % pour Herrera-Luna et coll., contre 3,3 % dans notre étude [¹⁶, ²⁶].

La prévalence de l’infestation par Cryptosporidium, de 24,8 % chez les veaux M, est proche de celles rapportées par d’autres travaux [², ³, ¹⁶]. Ces derniers observent également une différence significative entre les prévalences chez les veaux M et T. La période prépatente du parasite étant de 3 à 5 jours, l’âge au moment du prélèvement peut expliquer en partie les variations de prévalences observées entre les études [²⁸]. La nôtre se concentrant sur les très jeunes veaux, les prévalences sont sûrement plus faibles que ce qui aurait été observé en prélevant des animaux plus âgés. De plus, en dépit des efforts d’appariement a priori, il existe une différence d’âge significative entre les veaux M et T (avec respectivement 4,8 et 3,6 jours au moment du prélèvement, p = 0,007), ce qui peut expliquer en partie la différence de prévalence observée entre les deux groupes.

3. Association d’agents pathogènes

Les prévalences observées dépendent souvent de l’âge et du statut des veaux prélevés. À l’exception d’une prévalence inférieure pour l’association rotavirus-Cryptosporidium par rapport aux résultats de Bourgoin (4 % versus 11,5 %), les autres associations sont retrouvées dans des proportions similaires [⁴]. Les associations de deux agents pathogènes ou plus sont plus fréquemment observées chez les veaux M, ce qui est en partie lié aux prévalences supérieures des différents agents dans ce groupe. L’implication de chaque agent dans la pathogénie reste très difficile à établir, puisqu’il n’existe pas de signe clinique pathognomonique.

Un défaut de qualité du paillage ou l’allocation d’une surface trop faible au couple mère-veau sont associés à une prévalence plus forte de ces agents pathogènes. En effet, ces facteurs compromettant l’hygiène des locaux d’élevage, il semble logique qu’ils soient responsables d’une plus forte pression d’infection. Le lien de causalité ne peut être statistiquement établi car plusieurs facteurs de confusion sont susceptibles d’intervenir (vaccination des mères, désinfection des bâtiments, etc.). Cependant, la connaissance de cette association offre quelques pistes de réflexion pour tenter de réduire le risque qu’émerge cette affection durant l’hiver.

Aucun impact bénéfique de la vaccination sur la prévalence de ces agents pathogènes n’a été mis en évidence, comme avaient pu le faire d’autres auteurs [³⁰, ³¹]. Cependant, cette vaccination n’a lieu que dans un cas sur deux d’après les réponses aux questionnaires (sans différence entre les veaux M et T). Elle ne concerne pas toujours l’ensemble des mères (parfois uniquement les génisses), ce qui rend difficile l’exploitation des résultats sur ce point. De plus, pour protéger le veau nouveau-né, la vaccination consiste en l’immunisation des mères, qui transmettent cette protection à leur petit par le biais des anticorps colostraux. Or un défaut de transfert colostral (si la buvée est inexistante, trop tardive ou en trop faible quantité) empêche le fonctionnement de ce mode de vaccination. Ces déficits de transfert étant fréquents dans notre étude, l’impact réel de la protection induite par les vaccins est biaisé.

4. Antibiorésistance chez les colibacilles

Taux de résistance chez les bactéries isolées de veaux malades

Lorsque les taux de résistance chez les bactéries isolées des veaux M sont comparés aux résultats nationaux édités par le Réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath), ils se révèlent globalement équivalents pour six molécules et inférieurs pour dix autres (^{figure 2}) [⁹-¹¹, ¹⁷-²⁰]. Cependant, les données du Résapath concernent les “jeunes bovins”, qui ont globalement moins de 6 mois, et regroupent des résultats des systèmes allaitant et laitier, ce qui peut expliquer en partie ces différences. Nos résultats n’en restent pas moins inquiétants, avec des taux de résistance parfois très élevés (61,5 % pour les tétracyclines, 72,7 % pour l’amoxicilline et jusqu’à 77,6 % pour la streptomycine chez les veaux M). Pour les antibiotiques d’importance critique, ces valeurs, bien que largement inférieures, restent préoccupantes en raison du rôle essentiel de ces molécules en médecine humaine. Ainsi, en cas de résistance à l’acide nalidixique, le recours aux fluoroquinolones doit être proscrit pour prévenir la survenue d’une résistance à ces molécules. Ce cas concerne près du tiers des souches isolées de veaux M. De même, le taux de résistance aux céphalosporines de quatrième génération (les plus récemment disponibles sur le marché vétérinaire) est déjà presque trois fois supérieur à celui des céphalosporines de troisième génération. Leur usage doit donc être parfaitement réfléchi et le plus limité possible. La législation actuelle rend contraignant le recours à ces familles d’importance critique, depuis l’adoption du décret n° 2016-317 le 16 mars 2016, en vigueur depuis le 1^er avril 2016. À la suite de notre étude, de nombreux vétérinaires du département, voire des départements environnants (qui ont assisté aux présentations faites par les D^rs Thiercy et Roumegous, par exemple), affirment avoir déjà revu leurs pratiques. La prise de conscience engendrée par nos résultats les a amenés à réduire leur recours aux antibiotiques d’importance critique, et ce dès 2013. Enfin, les taux de résistance à la colistine, molécule plus ancienne, sont très bas dans notre étude, ce qui rend son emploi tentant. Cependant, un mécanisme de résistance transmissible vient d’être caractérisé, donc son usage doit être limité. L’administration per os de cette molécule est donc proscrite dans la mesure du possible, afin de limiter l’exposition de la flore commensale et la propagation de ces gènes de résistance.

Différence de résistance en fonction du statut des veaux

Pour neuf des seize molécules testées, les souches isolées de veaux M présentent des taux de résistance supérieurs à ceux des veaux T. C’est en particulier le cas pour la cefquinome, céphalosporine de quatrième génération, ainsi que pour les trois quinolones testées. Un constat identique est rapporté par Gunn et coll. au Royaume-Uni [¹⁵].

Il est intéressant de noter cette différence, bien qu’aucune des souches de l’étude n’ait été directement sélectionnée par un traitement antibiotique (puisque c’est l’un des critères d’inclusion des veaux dans l’étude). Cela tient probablement au fait que les élevages présentant des diarrhées néonatales ont plus fréquemment recours à l’usage de ces molécules, à titre curatif, voire préventif. L’exposition des flores pathogènes, mais aussi commensales, étant alors plus importante, les taux de résistance augmentent. L’étude de Sato et coll. semble également aller dans ce sens : le faible recours aux antibiotiques en élevage biologique est associé à des taux de résistance plus faibles qu’en élevage conventionnel pour les colibacilles des veaux [³²]. Sato et coll. ont démontré ce phénomène pour les aminosides, la tétracycline et l’association sulfaméthoxazole-triméthoprime, et notre étude l’a attesté pour les céphalosporines et cette même association sulfamides-triméthoprime [³²].

Lien avec les pratiques des vétérinaires dans leurs clientèles

Un taux de résistance supérieur pour certaines molécules chez les veaux M des cabinets utilisant celles-ci a été noté. En comparant les taux de résistance chez les veaux M prélevés par deux cabinets différents, des différences significatives ont été constatées. Par exemple, l’un des cabinets présente un taux de résistance de 28 % à la gentamicine et à la cefquinome, et le second, qui n’utilise que très peu ces molécules, un taux de résistance nul pour celles-ci (p = 0,017) [³³].

Encore une fois, établir un lien de causalité sur cette simple observation serait un raccourci facile, mais, face à l’enjeu majeur que représente l’antibiorésistance, il semble intéressant de revoir nos pratiques thérapeutiques. Kaneene et coll. ont mis en évidence qu’une réduction du recours à l’antibioprévention s’accompagne d’une diminution de la fréquence des multirésistances, bien que d’autres facteurs semblent intervenir [²¹]. L’observation des taux de résistance oriente le praticien dans le choix de la molécule. Cependant, notre étude met en avant la fréquente association des colibacilles, dont le rôle pathogène reste à démontrer (par un typage au minimum), avec des agents non bactériens. Le recours à un traitement antibiotique est donc discutable. De plus, face à la fréquence de déficit du transfert colostral, un questionnement portant uniquement sur la thérapeutique à mettre en œuvre est insuffisant. La prise en compte de ce facteur de risque majeur et fréquemment sous-estimé, par les éleveurs comme par leurs vétérinaires, est donc un point essentiel de la gestion de cette affection néonatale.

Conclusion

Les diarrhées néonatales sont dues à plusieurs agents pathogènes, seuls ou en association, et favorisées par des facteurs environnementaux (défaut d’hygiène ou d’espace) et de conduite d’élevage (gestion de la prise colostrale). E. coli étant l’agent le plus fréquemment observé, le recours à une molécule antibiotique est tentant. Cependant, comme agent de la flore commensale, son implication étiologique reste à démontrer au cas par cas. La conduite du traitement antibiotique doit être pleinement réfléchie, en adaptant la molécule et en respectant scrupuleusement la dose, le rythme et la voie d’administration recommandés. Enfin, pour limiter le développement de résistances et préserver l’efficacité de ces traitements, il convient de mettre en place des mesures préventives. La gestion du péripartum, et en particulier de la prise colostrale, semble être un point crucial, souvent sous-estimé par les éleveurs et leurs vétérinaires.

• (1) Voir l’article “Conséquences pratiques de l’étude de la colibacillose des veaux nouveau-nés dans l’Allier de 2011 à 2013” des mêmes auteurs, à paraître dans le prochain numéro du Point Vétérinaire.

• (2) Biovet : http://www.biovet.ca/data/documents/mono/TRM-507-FR%20Pathasure%20Enteritis%204.pdf

Références

• 1. Bejan A, Pacurar S, Iovu A et coll. The frequency of the elimination of Cryptosporidium spp., F5 E. coli, rotavirus and coronavirus in calves in Central and North West Romania. Bull. USAMV Vet. Med. 2008;65 (2):44-48.
• 2. Blanchard PC. Diagnostics of dairy and beef cattle diarrhea. Vet. Clin. North Am. Food Anim. Pract. 2012;28:443-464.
• 3. Bouquet B. Les clostridies sont (aussi) des agents de diarrhée néonatale. Point Vét. 2011;42:10-11.
• 4. Bourgoin H. La place de la cryptosporidiose dans les maladies néonatales du veau en Corrèze. Bull. GTV. 1996;2:19-41.
• 5. Bruus M, Lauritsen JM. Logiciel EpiData (3.1). 2008.
• 6. CA-SFM. Recommandations 2013 du Comité de l’antibiogramme de la Société française de microbiologie. 2013:60p.
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