Séquençage NGS : applications pratiques en médecine vétérinaire - Le Point Vétérinaire expert rural n° 356 du 01/06/2015
Le Point Vétérinaire expert rural n° 356 du 01/06/2015

BIOLOGIE MOLECULAIRE

Veille scientifique

Claire Pelletier*, Floriane Pez**, Maëla Francillette***, Éric Sellal****


*LDA 71, 267, rue des Épinoches,
71009 Mâcon
**Biosellal, Bâtiment Accinov,
317, avenue Jean-Jaurès, 69007 Lyon
***Biosellal, Bâtiment Accinov,
317, avenue Jean-Jaurès, 69007 Lyon
****Biosellal, Bâtiment Accinov,
317, avenue Jean-Jaurès, 69007 Lyon

Le séquençage de troisième génération, ou Next Generation Sequencing (NGS), ouvre des perspectives en finesse et en rapidité d’analyse ainsi qu’en nouvelles applications.

Résumé

→ Les techniques de séquençage de troisième génération, ou next generation sequencing (NGS), sont encore peu connues en médecine vétérinaire. Pourtant, elles ouvrent des portes vers l’identification et l’étude épidémiologique d’agents pathogènes. Elles permettent le séquençage de plusieurs gènes et dans plusieurs échantillons simultanément, ce qui conduit à un diagnostic plus précis et plus rapide. Grâce à la métagénomique, tous les agents pathogènes contenus dans les échantillons peuvent également être mis en évidence, ainsi que leurs proportions relatives. À l’avenir, cette technique est vouée à évoluer pour des applications pratiques de plus en plus abordables.

Summary

NGS sequencing: practical applications in veterinary medicine

→ Third generation sequencing techniques or “next generation sequencing” (NGS) are still little known in veterinary medicine, yet they provide invaluable information on the identification and epidemiological study of pathogens. They allow the sequencing of several genes and several samples simultaneously, which leads to a more accurate and rapid diagnosis. Thanks to metagenomics, all pathogens contained in the samples can be found, as well as their relative proportions. This technique should evolve to provide increasingly affordable practical applications in the future.

Key words

Sequencing, next generation sequencing, metagenomics, multiple genotyping.
Chaque agent pathogène possède un patrimoine génétique propre qui lui confère notamment des propriétés de pathogénicité, de virulence, et constitue la base de son identification par les techniques de biologie moléculaire comme la PCR (polymerase chain reaction).La détermination d’une partie ou de l’ensemble de ce patrimoine génétique est réalisée par les techniques dites de séquençage. Mises au point en 1977 par les équipes de Frederik Sanger, ces techniques ont évolué récemment pour augmenter la quantité d’informations (nombre de parties de ...

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