Sérologie versus PCR : que choisir, quand et pourquoi ? - La Semaine Vétérinaire n° 1989 du 12/05/2023
La Semaine Vétérinaire n° 1989 du 12/05/2023

Diagnostic

FORMATION CANINE

Auteur(s) : Mylène Panizo

Conférencière

Clémence Peyron, dipl. d'études spécialisées vétérinaires en médecine interne des animaux de compagnie, consultante médicale au laboratoire Idexx

Article rédigé d’après une webconférence organisée par le laboratoire Idexx le 23 février 2023.

La sérologie et la PCR sont deux méthodes de diagnostic généralement complémentaires. Afin de bien interpréter les résultats, il est important de les corréler systématiquement à l’état clinique de l’animal et de connaître les caractéristiques de l’agent pathogène suspecté.

Caractéristiques de la sérologie et de la PCR

La sérologie est une méthode indirecte de détection d’anticorps (AC) dirigés contre un agent pathogène. Lorsqu’elle est positive, elle témoigne d’un contact de l’hôte avec le pathogène, mais ne signifie pas qu’il y ait une infection active. La sérologie se réalise sur sérum, et parfois sur plasma. Différentes techniques sont utilisées (Elisa, immunofluorescence, inhibition de l’agglutination ou neutralisation virale). Lorsque des dilutions sont effectuées (les trois dernières techniques citées), les résultats sont donnés en titre. Un titre de 1:80 signifie qu’en diluant 80 fois l’échantillon, des AC sont encore détectables. Plus le deuxième chiffre est élevé, plus les AC présents initialement étaient en grande quantité. La sérologie peut entraîner un surdiagnostic, car les AC peuvent persister longtemps, en quantité élevée, alors qu’il n’y a pas d’infection en cours.

La PCR détecte directement le matériel génétique de l’agent pathogène, elle témoigne de sa présence à un instant donné, qu’il soit vivant ou mort. Il faut prélever des échantillons là où il y a des lésions : la PCR peut ainsi se réaliser sur sang (EDTA), sur fluide (urine, liquide d’épanchement, humeur aqueuse, liquide céphalorachidien), sur selles, ou sur biopsie (il ne faut pas utiliser de formol car cela dénature l’ADN mais placer la biopsie dans un tube sec, avec éventuellement une goutte de sérum physiologique pour que le tissu reste humide). Les échantillons doivent être conservés au frais avant l’envoi au laboratoire. La Real Time PCR (les cycles d’amplification sont visibles en temps réel) est plus rapide et pratique en termes de technicité, mais elle n’est pas plus sensible ni plus spécifique que la PCR conventionnelle. Les PCR réalisées par Idexx sont presque toutes quantitatives, mais le laboratoire ne remet pas toujours une valeur chiffrée. En effet, une valeur est donnée si elle est interprétable, c’est-à-dire s’il existe dans la littérature des études démontrant une corrélation entre une quantité de matériel génétique et la présence d’une maladie, et si des valeurs seuils ont été déterminées. La crossing point value (Cp value) est parfois indiquée. Elle correspond au nombre de cycles qu’il a fallu faire pour rendre la quantité de matériel génétique de l’agent pathogène détectable. Moins il y a de matériel génétique, plus la Cp value est élevée. Cependant, son interprétation est sujette à caution car il n’existe pas de données publiées qui permettent de corréler la Cp value à une maladie.

En général, la PCR est positive avant la sérologie. Il faut faire attention aux faux négatifs en PCR, notamment lorsque l’animal est sous traitement.

Maladies transmises par les tiques

Ehrlichia et Anaplasma sont deux bactéries transmises par les tiques. En cas de suspicion, la réalisation d’un Snap test est indiquée. En cas de test positif, il est recommandé de réaliser une sérologie quantitative, couplée à une PCR sur sang EDTA. En effet, les AC sont détectables entre 7 et 28 jours (Ehrlichia) et entre 8 et 16 jours (Anaplasma) après l’infection. L’animal peut donc présenter des symptômes tout en ayant une sérologie négative (en cas de séroconversion tardive). Pour le suivi, la sérologie n’a pas d’intérêt car les AC persistent longtemps (plusieurs mois voire années) de façon élevée, et ils ne sont pas protecteurs (des réinfections sont possibles). Il est conseillé de réaliser une PCR, au moins quatre semaines après l’arrêt du traitement afin d’éviter les faux négatifs ainsi que les faux positifs (la PCR peut détecter le matériel génétique d’un agent pathogène mort).

Borrelia, responsable de la maladie de Lyme, est une bactérie qui ne circule pas dans le sang mais dans les tissus conjonctifs. Il ne faut donc pas réaliser de PCR sur sang. Les signes cliniques apparaissent entre deux et six mois après l’exposition et seulement chez environ 10 % des cas. Deux types d’AC peuvent être identifiés : les AC anti-C6 (peptide de la protéine VIsE) et les AC dirigés contre la protéine Osp. Les AC anti-C6 indiquent la présence d’un contact naturel avec l’hôte, ils apparaissent entre 7 et 21 jours post-infection et disparaissent rapidement après le traitement. Le vaccin cible la protéine Osp, on peut donc différencier les chiens vaccinés de ceux qui sont naturellement infectés par Borrelia. En cas de suspicion de maladie de Lyme, il est recommandé de réaliser un Snap test, puis, en cas de positivité, une sérologie quantitative anti-C6. Le résultat est à interpréter à la lumière de la symptomatologie de l’animal, car le taux de séropositivité est élevé dans l’espèce canine. La PCR n’a d’intérêt que sur du liquide synovial en cas d’atteinte articulaire ou sur une biopsie de peau en cas d’atteinte dermatologique. Un suivi sérologique est recommandé à trois, six et douze mois post-infection.

Leishmaniose

En cas de suspicion, la sérologie quantitative est préconisée, couplée à une électrophorèse des protéines. La PCR est indiquée dans un second temps si le résultat est douteux à la sérologie. Elle peut être réalisée là où il y a des lésions (moelle, nœud lymphatique, rate, biopsie de peau, écouvillon conjonctival). Dans le cas d’un animal asymptomatique provenant d’un pays à risque, une sérologie est recommandée (pas la PCR). Un suivi sérologique dans les trois mois, puis tous les six à douze mois est conseillé. La PCR peut également être effectuée, uniquement chez les chiens symptomatiques.

Leptospirose

La PCR est positive avant la sérologie. Elle est d’abord positive sur sang puis sur les urines (de sept à quatorze jours après l’infection). En cas de suspicion, il est conseillé d’effectuer une PCR et une sérologie quantitative. Les AC vaccinaux sont souvent peu élevés, mais ils peuvent persister plusieurs mois. La sérologie réalisée au laboratoire Idexx est interprétable sur un animal clinique, mais en aucun cas pour évaluer le statut vaccinal de l’animal car le test a été conçu pour détecter des AC chez des animaux atteints de leptospirose. Le suivi est basé essentiellement sur la réponse clinique. En effet, il a été récemment démontré que des PCR sur urine réalisées sur des chiens guéris cliniquement peuvent rester positives.

Péritonite infectieuse féline

Après avoir été exposés au coronavirus entérique (Fcov), 65 % des chats excrètent le virus dans leurs selles, pendant plusieurs mois, puis 15 % d’entre eux deviennent porteurs chroniques, et chez ces derniers moins de 10 % développent une péritonite infectieuse féline (PIF). Un test rapide ou une sérologie quantitative coronavirus positif indique uniquement un contact avec le virus entérique, mais ne permet pas de savoir si l’animal est excréteur. En cas de suspicion de PIF, il est recommandé d’effectuer une sérologie Fcov et une électrophorèse des protéines. Pour confirmer le diagnostic, il est nécessaire de réaliser une PCR sur le liquide d’épanchement (PIF humide), sur l’humeur aqueuse en cas d’uvéite ou sur le liquide céphalorachidien en cas de troubles neurologiques (PIF sèche). Il n’est pas conseillé de réaliser une PCR sur sang car il y a beaucoup de faux négatifs. Attention, un animal qui présente une charge virale importante peut être séronégatif car tous les AC peuvent être fixés sur les AG (cela peut être le cas notamment lors de PIF humide). Le gold standard en matière de diagnostic de la PIF reste l’immunohistochimie sur biopsie (nœud lymphatique, mésentère…).

Hémobartonellose

Il s’agit d’une infection par Mycoplasma haemofelis ou par Candidatus mycoplasma (essentiellement chez les chats immunodéprimés pour Candidatus). Il est recommandé d’effectuer une PCR sur sang EDTA, à interpréter toujours en fonction de l’état clinique du chat. Le suivi se réalise par PCR, elle peut se positiver par intermittence post-traitement.

Parvovirose 

Les AC sont détectables quatre jours après l’infection, l’excrétion du virus dans les selles dure entre sept et dix jours après l’exposition, soit environ cinq à sept jours après l’apparition des signes cliniques. En cas de suspicion, il faut tester rapidement en effectuant une PCR sur selles (après sept jours, la PCR peut être faussement négative). Si elle est positive et que l’animal a été vacciné récemment (dans les sept à douze jours précédant l’apparition des signes cliniques), il est possible de différencier les souches vaccinales des souches sauvages par PCR.

Toxoplasmose

Les ookystes sont présents dans les selles pendant quinze jours après une infection. Les chats porteurs sont très rarement réexcréteurs. Une infection est présente dans 20 % des cas d’exposition. Les IgM sont des AC précoces et les IgG sont des AC tardifs. Les IgM sont présents chez 80 % des chats infectés, ils apparaissent entre une et quatre semaines post-infection, tandis que les IgG surviennent trois à quatre semaines après l’infection. En cas de suspicion clinique, la réalisation d’une sérologie (IgM et IgG) ainsi qu’une PCR (sur l’humeur aqueuse ou sur le liquide cérébrospinal selon les symptômes) est recommandée. Un suivi sérologique (IgG) toutes les deux à quatre semaines est conseillé. Il faut interpréter la cinétique, car le taux d’IgG peut être élevé sur plusieurs années. Pour un dépistage, un dosage des IgG est suffisant. 

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