Tuberculose bovine : pourquoi certaines souches persistent en France ? - La Semaine Vétérinaire n° 1979 du 03/03/2023
La Semaine Vétérinaire n° 1979 du 03/03/2023

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ANALYSE MIXTE

Auteur(s) : Clothilde Barde

Pour tenter de comprendre la persistance en France de certaines souches bactériennes responsables de la tuberculose bovine, Ciriac Charles, qui a travaillé sur le sujet dans le cadre de sa thèse de doctorat, a présenté ses travaux lors des journées scientifiques et doctorales 2022 de l’Agence nationale de sécurité sanitaire et de l’alimentation.

Depuis 2001, à la suite d’une longue campagne de lutte et d’éradication, la France est officiellement indemne de tuberculose bovine1« Toutefois, comme l’a indiqué Ciriac Charles (doctorant élu lauréat de la meilleure présentation orale de thèse des journées scientifiques et doctorales 2022 de l’Agence nationale de sécurité sanitaire et de l’alimentation [Anses]) lors des journées scientifiques et doctorales 2022 de l’Anses2ce statut est menacé ces dernières années par une augmentation faible mais constante du nombre de foyers chez des bovins d’élevages français. » Selon les chercheurs, même si cette progression pourrait s’expliquer en partie par la présence de la maladie dans la faune sauvage (blaireaux, sangliers, etc.), les foyers actuels de tuberculose bovine français sont très localisés et provoqués par des souches avec des génotypes exclusifs et spécifiques.

Vers une meilleure connaissance de M. bovis

C’est la raison pour laquelle, dans sa thèse de doctorat réalisée dans le cadre du projet Pembo3 (Du génotype au phénotype : patho-évolution des souches françaises de Mycobacterium bovis), cofinancé par One Health European Joint Programme4 et par l’Anses, Ciriac Charles a cherché à « mieux comprendre la biologie complexe de M. bovis par l’étude des génomes complets d’un large panel d’isolats d’intérêt, par l’identification des zones de mutation dans le génome bactérien et par l’étude comparative de la variation génétique entre les souches bactériennes ». Ainsi, selon Ciriac Charles, obtenir des nouveaux génomes de référence complets des souches représentatives de l’histoire de la tuberculose bovine française, et notamment de celles qui affectent les régions les plus touchées par la maladie ces dernières années, pourrait permettre d’expliquer le succès épidémiologique de certains génotypes de M. bovis, en identifiant des modifications sur certains gènes ou régions d’importance impliqués dans la virulence ou la persistance de la bactérie. À cet égard, à la suite des données obtenues en 2015 par la chercheuse Amandine Hauer5 (université de Gdańsk [Pologne]) dans le cadre de son travail de thèse, 600 profils génétiques ont été définis à partir de plus de 2 000 souches de M. bovis. Il a alors été montré que leur variabilité génétique diminue au cours du temps et que les changements observés dans leur répartition géographique pourraient notamment s’expliquer par les évolutions des pratiques d’élevage et par la prolifération de certains génotypes dominants dans les systèmes multi-hôtes (animaux domestiques-sauvages).

Des travaux à poursuivre

Pour approfondir ces connaissances sur l’épidémiologie de la tuberculose bovine, Ciriac Charles a réalisé, lors de sa thèse, le séquençage complet de 87 souches de M. bovis représentatives de la diversité génétique française (Laboratoire national de référence de la tuberculose [Anses]).  « La comparaison de ces données de séquençage avec la séquence de référence de M. bovis AF2122 a alors permis d’identifier des mutations du polymorphisme mononucléotidique (SNP) et de construire une phylogénie plus fine de ces souches », a-t-il indiqué. Ainsi, l’analyse de la séquence d’ADN ISA 110 a révélé que cette dernière peut s’insérer à différents endroits du génome de la bactérie et modifier l’expression de certains gènes (virulence de la bactérie, capacité d’adaptation à une nouvelle espèce d’hôte). De plus, selon le doctorant, « dans cette étude, plus d’un tiers des souches françaises analysées avaient dans leur génome plus de deux copies de cette séquence d’ADN ISA 110, et il existait une corrélation entre les souches possédant un grand nombre de copies de la séquence d’ADN ISA 110 et celles qui circulent dans les régions où la tuberculose bovine est la plus présente ». Selon les chercheurs, il est donc possible que le succès adaptatif de certaines souches bactériennes de M. bovis soit en partie dû à la présence en plusieurs exemplaires de cette séquence génétique dans le génome. Toutefois, comme l’a conclu Ciriac Charles, « ce mécanisme n’est pas le seul en cause pour expliquer la persistance de ces bactéries car, à l’inverse, en Grande-Bretagnebien que la maladie soit très présente, les souches de tuberculose bovine présentes ne possèdent qu’une seule copie de cette séquence ». D’autres travaux devront donc être menés pour compléter les données connues.

  • 1. Journal officiel des Communautés européennes. Décision de la commission du 27 décembre 2000 modifiant pour la quatrième fois la décision 1999/467/CE établissant le statut de troupeau officiellement indemne de tuberculose dans certains États membres ou régions d’États membres. bit.ly/3Y0SHsS.
  • 2. Charles C. Tuberculose bovine : pourquoi certaines souches persistent en France ? Journées scientifiques et doctorales de l’Anses 2022. bit.ly/3IY2fRn.
  • 3. Charles C. Du génotype au phénotype : patho-évolution des souches françaises de Mycobacterium bovis. [Projet de thèse en microbiologie]. bit.ly/3xTjoVD.
  • 5. Hauer A. Étude des souches de Mycobacterium bovis à l’origine de foyers de tuberculose bovine en France de 1978 à aujourd’hui : une approche moléculaire et génomique. [Thèse de doctorat en sciences de la vie et de la santé]. Tours: École doctorale Santé, Sciences biologiques et chimie du vivant; 2015.
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