Vers de nouvelles sources animales de contamination ? - La Semaine Vétérinaire n° 1930 du 01/02/2022
La Semaine Vétérinaire n° 1930 du 01/02/2022

Pandémie Covid-19

ANALYSE GENERALE

Auteur(s) : Tanit Halfon

Si plusieurs espèces animales ont montré une sensibilité au coronavirus depuis le début de la pandémie, le risque de contamination retour de l’animal à l’humain est aujourd’hui minime. Sur le long terme, la question de la constitution d’un nouveau réservoir animal se pose.

À ce stade de la pandémie de Covid-19, le SARS-CoV-2 a montré sa capacité à infecter un grand nombre d’espèces animales (voir encadré). Ce phénomène de « débordement » (ou spillover en anglais – voir glossaire) pose la question du risque d’avoir une contamination retour de l’animal infecté à l’humain, voire la constitution de nouveaux réservoirs animaux qui permettraient d’assurer la survie du virus sur le long cours, avec le spectre d’une résurgence de nouvelles épidémies.

Ce risque a été récemment mis en avant après la découverte de cerfs de Virginie contaminés dans plusieurs États américains (Illinois, Iowa, Michigan, New York, Ohio, Pennsylvanie et Texas). Deux des études, menées dans l’Iowa et l’Ohio, ont fourni des éléments probants en faveur de multiples événements de transmission de l’humain au cerf (analyses RT-PCR), ainsi que des preuves en faveur d’une transmission interindividuelle au sein de ces populations sauvages. Pour les chercheurs des ces études, il y aurait un risque de constitution d’un réservoir à long terme.

Interrogé, Éric Leroy, virologiste à l’Institut de recherche pour le développement (IRD), membre de l'Académie vétérinaire de France et membre de l'Académie nationale de médecine, rassure. Tout d’abord, le risque à court terme qu’une espèce animale sensible, infectée par l’humain, puisse lui retransmettre le virus, est minime. Cela s’explique par le fait que les charges virales excrétées sont trop faibles, et la période d’excrétion trop courte, pour que ces animaux puissent jouer un rôle dans la propagation du virus : « Chez les animaux, le virus se multiplie principalement dans la muqueuse digestive, limitant donc l’excrétion de particules infectieuses par voie aérienne », précise-t-il.

De plus, « les animaux de compagnie vivant séparés les uns des autres, les transmissions entre ces animaux sont donc limitées, rendant encore moins probable cette possibilité ». L’animal est considéré comme un cul-de-sac épidémiologique. « Pour le vison d’élevage, les cas de contamination retour annoncés aux Pays-Bas et au Danemark sont des hypothèses ; il est très difficile en effet de le démontrer formellement. Il faut un vrai concours de circonstances pour attester que l’infection s’est produite à partir de l’animal. On ne peut exclure que les personnes aient été contaminées par d’autres personnes asymptomatiques, qui passent donc inaperçues », indique-t-il. Rappelons que cela avait motivé des abattages massifs de visons dans les deux pays, et finalement la décision d’arrêt précoce des filières d’élevage. À noter que tout récemment, une étude du Lancet1 publiée en preprint a avancé l'hypothèse d'une contamination retour de hamsters à l'humain à Hong Kong2. Ces résultats attendent encore d'être évalués par les pairs et sont donc à prendre avec prudence.

« Mais les choses peuvent évidemment changer en raison des propriétés évolutives de ces virus, et de ce virus en particulier, la menace, certes encore très lointaine, étant que ce virus puisse devenir contaminant pour l’humain depuis un animal infecté. Et qu’il s’adapte de mieux en mieux à certaines espèces animales qui deviendraient à terme réservoirs, avec le risque de voir apparaître de nouveaux variants infectieux associés à de nouveaux effets comme une transmissibilité accrue ou un plus fort pouvoir pathogène », explique le chercheur.

Pour y arriver, il faut un contexte favorable à l’évolution du virus. « Un variant, ce n’est pas une génération spontanée. Il faut un certain nombre de transmissions intraspécifiques (entre animaux d’une même espèce animale ou de l’humain) ou interspécifiques (entre animaux d’espèces différentes), et de multiplications virales très nombreuses pour que des mutations soient sélectionnées. » Ainsi, la probabilité d’évolution du virus chez l’animal est d’autant plus grande que les transmissions intraspécifiques sont nombreuses. Les transmissions interspécifiques peuvent générer plus rapidement des mutations en lien avec le fait qu’il y a une rupture du milieu de vie du virus. Chez l’animal de compagnie, étant donné qu’il s’agit plutôt d’individus isolés, cette situation semble limitée. Pour l’animal sauvage, le contexte est plus favorable aux transmissions intraspécifiques : « Dans ce cas, la vie plus ou moins grégaire des animaux sauvages, vivant en petits groupes, est plus favorable à leur survenue. » Mais il y a un facteur limitant car « en général, ces groupes d’animaux n’interagissent peu ou pas entre eux. » Cette transmission intraspécifique est favorisée dans un contexte d’élevage, du fait de la grande promiscuité entre animaux.

Pour le risque de constitution d’un réservoir, l’adaptation du virus humain à une nouvelle espèce animale (on parle de transfert de réservoir zoonotique) est à appréhender sur un temps très long, explique-t-il. « Un réservoir animal est un animal qui héberge sur une très longue durée, ou de manière permanente, et asymptomatique, un agent pathogène », rappelle ainsi Éric Leroy.

Dans la bibliographie, même si plusieurs espèces animales ont été identifiées par certains auteurs comme à risque de devenir un jour un réservoir animal, en raison de leur sensibilité (naturelle voire expérimentale) et prolificité (les animaux de compagnie, les visons d’élevage ou sauvages, les chiens viverrins et dernièrement les cerfs), « à ce jour, aucune espèce animale n’a montré qu’elle était susceptible de jouer ce rôle, si ce n’est les chauves-souris du genre rhinolophe ». Chez ces dernières, a été identifiée en Chine dans la province du Yunnan une souche virale très proche du SARS-CoV-2 (RaTG13-homogénéité génomique de 96,2%) puis plus récemment une autre en 2019 dans la province du Yunnan (RmYN02) puis deux autres dans le nord du Laos dans une zone frontalière de la province du Yunnan en Chine (BANAL-52 et BANL-103). Ces découvertes suggèrent que ces espèces animales seraient en fait le réservoir originel du SARS-CoV-2 circulant actuellement au sein de l’espèce humaine.

Finalement, il n'y a donc à ce jour aucune preuve scientifique convaincante que certains variants circulant chez l’humain soient issus d’animaux (hormis le virus originel de Wuhan), notamment comme on a pu l’entendre récemment pour le variant Omicron et la souris. Cette espèce animale est utilisée comme modèle en laboratoire pour étudier le virus, mais il s’agit de souris transgéniques car la souris domestique n’a pas démontré sa sensibilité dans les essais expérimentaux.

Ces risques, aussi minimes soient-ils, appellent toutefois à la prudence, et donc à la mise en œuvre de travaux de recherche. « La stratégie One Health est fondamentale. Se limiter à l’humain serait une faute déontologique, morale, scientifique et médicale », soutient-il. Il s’agit de surveiller les espèces sensibles, avec des études régulières pour la faune sauvage, tout comme un suivi régulier des animaux de compagnie avec un diagnostic systématique en cas de suspicion clinique.

Éric Leroy travaille sur ces deux axes, avec un projet de recherche sur l’endémisation du SARS-CoV-2 dans la faune sauvage en République du Congo. L’étude, nommée « Spillback », repose sur l’hypothèse que le virus puisse s’adapter plus rapidement à cet écosystème semblable à celui de l’Asie du Sud-Est. Un deuxième projet, nommé COVET, en association avec le laboratoire d’analyses vétérinaires VEBIO (dirigé par le Dr Alexandra Briend-Marchal), est une enquête sérologique chez les animaux de compagnie en France métropolitaine (chats, chiens et petits mammifères). L’enquête, en phase de finalisation, a été menée sur un nombre conséquent d’animaux (plus de 6000), et sur une période de huit mois (entre décembre 2020 et juillet 2021).

Outre la surveillance, certains pays ont lancé des programmes de vaccination, pour protéger des espèces menacées en zoo, mais aussi pour limiter le risque d’éventuelles contaminations retours, chez l’animal de compagnie et d’élevage à fourrure. « À mon sens, la vaccination n’est pas utile aujourd’hui, car les animaux ne participent pas à la propagation de l’épidémie. À plus long terme, en fonction de l’évolution virale, si on constate sur le terrain un risque de réinfection de l’humain, il pourrait être alors utile d’envisager la prévention vaccinale chez l’espèce animale concernée. »

Glossaire

- Spill : on peut traduire le terme anglais « spill » par "débordement". Il s’agit de la situation où un pathogène va passer d’une espèce à une autre.

- Spillover : il s’agit de la transmission d’un pathogène d’une espèce (généralement le réservoir) à une nouvelle espèce réceptive (hôte accidentel) qui développera une infection. Pour le Covid-19, il s’agit du passage du Sars-CoV-2 originel de la source primaire animale (pas encore identifiée) à l’humain.

- Spillback : ce terme est employé différemment suivant les auteurs. Il s’agit en théorie de la situation où ce même pathogène repassera de l’hôte accidentel à un hôte originel réservoir. Le passage du Sars-CoV-2 de l’humain à d’autres espèces animales n’est donc pas un spillback étant donné que ces espèces ne sont pas forcément des hôtes originels. On parle dans ce cas simplement de transmission interespèces ou encore de spillover. Mais dans certaines publications, il est question de spillback pour décrire le passage du SARS-CoV-2 de l’humain à n’importe quelle espèce animale. On parle aussi de zoonose inverse.

Sources : AEEMA ; https://bit.ly/31ZRBH1

Les espèces animales sensibles

La liste d’animaux sensibles au SARS-CoV-2 s’allonge depuis le début de la pandémie. Mais il faut bien distinguer les animaux contaminés dans des conditions naturelles de ceux qui le sont dans des conditions expérimentales. « Il est beaucoup plus facile d’infecter un animal par voie expérimentale car toutes les conditions favorables à son infection pourront être réunies. On peut par exemple inoculer une très forte charge virale à l’animal testé, utiliser la voie intraveineuse ou sélectionner des individus au système immunitaire moins développé comme les nouveau-nés… », explique Éric Leroy.

De fait, la plupart des espèces animales ayant montré une sensibilité au virus en laboratoire ne l’ont pas montré sur le terrain. C’est le cas par exemple des animaux de rente pour lesquels aucune infection naturelle n’a été rapportée. Les essais expérimentaux montrent en revanche une sensibilité, quoique très faible, pour le porc et le bovin (mais pas pour les volailles-poulets, dindes, canards).

Dans les espèces animales contaminées naturellement, on distingue les animaux de compagnie comme le chat et le chien, les petits animaux d’élevage (vison, furet), les animaux de zoo (tigre, lion, panthère des neiges, puma, gorille) et les cerfs de Virginie. Il faut maintenant rajouter le hamster après la découverte d'individus positifs dans des animaleries1 à Hong Kong. Ainsi que les lapins : une récente étude française a montré pour la première fois des cas d'infection naturelle chez des lapins de compagnie2.

1. https://bit.ly/3r0SRDi

2. https://bit.ly/3AN0aBG

  • Pour aller plus loin : un article du bulletin de l’Académie vétérinaire de France fait le bilan des espèces animales réceptives aux SARS-CoV-2. Il est accessible via ce lien : https://bit.ly/3FyovfC
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