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ÉLEVAGE DE BOVINS
PRATIQUE MIXTE
Auteur(s) : CLOTHILDE BARDE
LA CRÉATION D’UNE BIOPUCE FONCTIONNELLE D’ANALYSE DE L’ACTIVITÉ FIBROLYTIQUE RUMINALE REPRÉSENTE UN OUTIL DE SUIVI QUI POURRAIT ÊTRE IMPLÉMENTÉ DANS LES STRATÉGIES D’OPTIMISATION DU RATIONNEMENT DES ANIMAUX ET DE RÉDUCTION DE LEUR EMPREINTE CARBONE.
Améliorer durablement l’efficacité alimentaire des ruminants. C’est l’un des grands enjeux pour assurer un avenir pérenne à l’élevage de bovins. En parallèle des différentes démarches de terrain visant à réduire l’empreinte carbone de la filière bovine, comme les programmes Life Beef Carbon et Ferme laitière bas carbone1, les travaux de recherche se multiplient pour améliorer les pratiques d’élevage. L’un des objectifs est de valoriser au maximum la biomasse végétale, qui est la ressource renouvelable la plus abondante sur la planète et qui constitue la base de l’alimentation des bovins. Ainsi, pour que la lignocellulose soit pleinement transformée par le microbiote du rumen (bactéries, archées, champignons et protozoaires) en protéines utiles, les rations alimentaires doivent être adaptées aux besoins des animaux.
Or, même si des études de métagénomique et de métatranscriptomique (encadré ci-contre) ont amélioré les connaissances de la composition, de la diversité2 et du fonctionnement du microbiote ruminal et ont permis d’identifier les enzymes responsables de la dégradation dans le rumen de la biomasse végétale, les connaissances actuelles concernant la digestion des fibres dans le rumen doivent être étoffées notamment via des outils de monitoring plus faciles d’utilisation. C’est pourquoi des partenariats de recherche public-privé se mettent en place, à l’instar de celui noué entre l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE), l’entreprise Lallemand Animal Nutrition et la société de biotechnologie toulousaine Dendris, pour développer un outil innovant pour caractériser l’activité fibrolytique des bovins en fonction de leur alimentation (interview ci-dessous).
1. Ferme-laitiere-bas-carbone.fr.
2. Lire pages 24 et 25 de ce numéro.
Les technologies Omics (métagénomiques et métatranscriptomiques) suscitent de plus en plus l’intérêt des scientifiques. Elles permettent aux chercheurs de déchiffrer la diversité du microbiote et son potentiel génétique.
Parmi celles-ci, les techniques de séquençage d’ADN à haut débit (métagénomique) génèrent des millions de séquences de gènes au sein d’une communauté microbienne. Mais elles ne permettent pas d’appréhender quelles sont les fonctions en jeu dans une situation donnée. En ciblant l’ARN, la métatranscriptomique, quant à elle, permet d’évaluer le niveau d’expression de tous ces gènes. La technique génère des millions de points de données interprétables grâce à des outils bio-informatiques spécifiques, du temps et des ressources humaines importantes.
Enfin, la transcriptomique ciblée va se concentrer sur l’expression d’un nombre très limité de gènes identifiés pour leur fonction d’intérêt. Grâce aux biopuces fonctionnelles, il est possible d’évaluer plus facilement et plus rapidement le niveau d’expression de ces gènes.
