Apport de la PCR dans l’exploration du complexe respiratoire porcin - La Semaine Vétérinaire n° 1789 du 07/12/2018
La Semaine Vétérinaire n° 1789 du 07/12/2018

CONFÉRENCE

PRATIQUE MIXTE

Formation

Face à la présence d’un complexe respiratoire porcin, la polymerase chain reaction (PCR) est un outil d’aide au diagnostic. Son utilisation dépend du pathogène suspecté et de l’objectif visé. Elle ne dispense pas d’autres examens complémentaires, notamment des analyses histologiques, pour établir un diagnostic de certitude.

Virus influenza. La reverse transcription (RT)-PCR détecte les virus influenza de type A (qui comprennent notamment les sous-types H1N1, H1N2, H3N2), sans qu’il n’y ait d’interférence avec les vaccins inactivés. En pratique, le prélèvement doit être réalisé pendant la période d’excrétion, sachant que tous les porcs n’excrètent pas en même temps et que la durée d’excrétion est très variable au sein d’une population. Le résultat obtenu est qualitatif : négatif ou positif.

Syndrome dysgénésique et respiratoire du porc (SDRP). Il convient de s’assurer que le kit RT-PCR est bien adapté aux génotypes régionaux. De plus, des interférences sont possibles avec les vaccins vivants. Dans le cas du SDRP, l’expérience montre que des échantillons positifs présentent régulièrement des Ct aux alentours de 201. Le résultat obtenu est qualitatif : négatif ou positif. Néanmoins, le laboratoire peut donner une valeur de Ct à titre indicatif, afin d’évaluer la charge virale, cette valeur étant propre au kit utilisé et à la méthode de préparation de l’échantillon du laboratoire. Dans ce cas, un écart de 3 Ct représente environ une différence de charge d’un facteur 10. Par exemple, si un échantillon A présente un Ct de 33 et un échantillon B (même matrice de prélèvement), un Ct de 24, il est possible de dire que l’échantillon A contient environ 1 000 fois plus de virus que l’échantillon B. Attention cependant à l’interprétation des résultats : la charge virale évolue avec la virémie et dépend du “poolage” des prélèvements. Un séquençage ORF52 est préconisé pour différencier les souches vaccinales des souches de terrain. Il ne sera possible qu’à la condition de disposer de suffisamment de matériel génétique dans la matrice de prélèvement (Ct inférieur à 30). À noter : le séquençage ORF d’un échantillon ne permet pas de mettre en évidence une infection multiple. Seule la souche virale dominante sera séquencée.

Circovirus porcin de type 2 (PCV2). Le résultat de la RT-PCR est quantitatif : il exprime la quantité de copies de circovirus dans le prélèvement. Il permet d’obtenir une valeur pronostic de la maladie. Les seuils à partir desquels la dose infectieuse semble significative sont supérieurs à 107 copies virales pour du sérum et à 1011 copies virales pour des organes (valeurs non données pour des pools). Pour ce pathogène, l’analyse histologique est essentielle au diagnostic, en particulier pour les prélèvements avec des charges virales en limite d’interprétation.

Mycoplasma hyopneumoniae. Comme pour le circovirus, le résultat de la PCR exprime la quantité de copies du pathogène dans le prélèvement. De plus, pour établir un diagnostic de mycoplasmose sur les poumons, l’analyse histologique est quasiment indispensable compte tenu de la forte prévalence de cet agent pathogène dans le cheptel porcin. Enfin, des résultats supérieurs à 107 équivalents génome présentent souvent une valeur pronostic, d’après nos observations et celles des praticiens.

1 Une analyse PCR dure en général 40 à 45 cycles. Un cycle seuil (cycle threshold ou Ct) de 20 est donc plutôt précoce et correspond à un échantillon bien positif.

2 Open reading frame 5 : séquence de 603 bases azotées du génome codant pour une glycoprotéine structurelle de la membrane du virus.

Voir aussi La Semaine Vétérinaire n° 1786 du 23/11/2018, pages 34 et 35 : « Optimiser l’interprétation histologique lors de complexe respiratoire porcin ».

DES INTERROGATIONS SUR LE MÉLANGE D’ÉCHANTILLONS

Il est difficile d’obtenir une règle pour le mélange d’échantillons lors d’analyse par la technique PCR. Souvent, les mélanges sont peu documentés scientifiquement pour le porc et la volaille, surtout avec des maladies non réglementées. Le mélange répond surtout à une nécessité économique en diminuant le coût de l’analyse, tout en essayant de conserver la même performance qu’un test individuel. En l’absence de règles prédéfinies, il convient donc d’être prudent sur le nombre de prélèvements mélangés et sur l’interprétation du résultat. De nombreux facteurs interviennent comme la matrice de prélèvement, l’agent pathogène recherché, la présence ou non de signes cliniques, l’objectif de l’analyse, la sensibilité du kit, la méthode d’extraction du laboratoire, etc.

Jean Le Guennec Directeur de Labofarm à Loudéac (Côtes-d’Armor). Article rédigé d’après une présentation faite au symposium organisé par Boehringer Ingelheim à Cesson-Sévigné (Ille-et-Vilaine), le 6 novembre.

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