Des nouveaux outils pour surveiller les salmonelles Le dépistage des palmipèdes avant mouvement est annualisé Des nouveaux outils pour surveiller les salmonelles Le dépistage des palmipèdes avant mouvement est annualisé

Actalia, l’Ifip, Institut du porc et l’Agence nationale de sécurité sanitaire (Anses) s’associent pour un nouveau projet de recherche nommé Émissage. Financé par le Casdar 2017¹ à hauteur de près de 250 000 €, et lancé en janvier 2018 pour une durée de 42 mois, il a pour but d’améliorer la surveillance des salmonelles dans les filières porcines et laitières. « L’idée est de s’approprier un outil performant, puis de le mettre à disposition des filières qui pourront l’utiliser au quotidien facilement, rapidement, à moindre coût, notamment dans une optique de traçabilité, explique Carole Feurer, chargée de projet en microbiologie moléculaire à l’Ifip, Institut du porc. Jusqu’à présent, les outils utilisés étaient plus ou moins discriminants, et nous n’avions que des informations fractionnées. » Avec cette évolution technologique, l’idée est aussi de parler le même langage que les organismes de surveillance. En Europe, les salmonelles constituent les bactéries les plus fréquemment isolées dans les foyers de toxi-infections alimentaires. De plus, parmi les denrées alimentaires les plus concernées, les viandes de porcs et les laits et fromages issus de bovins constituent, dans le bilan 2015 du réseau Salmonella, les premières sources de contamination pour la viande et les produits laitiers².

Surveiller les sérovars d’intérêt en santé publique

Dans le projet, l’accent est mis sur Salmonella enterica et trois sérovars problématiques actuellement³ : Typhimurium, son variant monophasique S.I 1,4,[5],12:i:- (filière porcine) et Mbandaka (filière laitière). En pratique sont organisées différentes campagnes de prélèvements de souches de salmonelles en abattoirs porcins, en élevages et sur les sites de transformation laitiers. À partir des données épidémiologiques récoltées et de celles issues du séquençage des génomes entiers (WGS) des souches prélevées, les chercheurs d’Émissage vont créer des outils bio-informatiques automatisés de traitement et d’analyse des données génomiques, qui pourront être facilement utilisés par les instituts techniques. La construction d’une base de données génomiques est aussi prévue, en association avec les données épidémiologiques. Le projet cherche également à définir des marqueurs génétiques, dans un objectif d’amélioration de la traçabilité, et donc de la localisation des sources. « Aujourd’hui, aucune de ces filières n’utilise ce genre d’outils. Les autocontrôles permettent juste de dire si un pathogène est présent ou absent », explique Carole Feurer. La publication d’un guide, pour retranscrire les connaissances acquises sur ses outils et proposer des mesures de maîtrise sanitaire aux filières, est prévue.
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¹ Compte d’affectation spéciale développement agricole et rural (bit.ly/2HtQwXt).

² bit.ly/2JBInFq.

³ Selon les données de l’Institut Pasteur, centre national de référence pour la surveillance des salmonelles en humaine, les sérotypes les plus isolés en 2016 sont Salmonella Enteritidis, Typhimirium et son variant monophasique (bit.ly/2kUwooL).

Un nouvel arrêté¹, en date du 28 mai, renforce les mesures de biosécurité en élevage de palmipèdes, en rendant obligatoire le dépistage virologique des lots de palmipèdes avant mouvement d’un site d’exploitation vers un autre entre le 15 novembre et le 15 mars de chaque année. Cette obligation s’applique également lorsque l’élevage d’origine se trouve en zone à risque modéré ou élevé. L’arrêté précise également la mise en place d’une étude scientifique, menée par l’Agence nationale de sécurité sanitaire (Anses), dont l’objectif est d’identifier les différentes souches d’influenza aviaire faiblement pathogène présentes en élevage de palmipèdes. Pour ce faire, il rend obligatoire, dans le cadre de cette étude, un dépistage virologique des lots de palmipèdes avant mouvement entre le 1^er juin et le 15 novembre 2018. Outre la caractérisation des souches qui circulent en élevage de palmipèdes gras, l’étude vise aussi à mettre en évidence des facteurs de risque d’infection des élevages. Les résultats permettront ainsi aux gestionnaires de risque d’affiner les modalités de surveillance des exploitations de palmipèdes et de gestion des lots positifs vis-à-vis de l’influenza aviaire faiblement pathogène.
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¹bit.ly/2kUR4wX..