Exploration des causes de diarrhée néonatale en élevage porcin

La fréquence des facteurs infectieux impliqués dans les diarrhées néonatales (DN) en élevage porcin en France est, à ce jour, peu documentée. Ce constat a amené IDT Biologika à analyser 283 échantillons de fèces reçus sur 30 mois, issus de 253 élevages de toute la France, dans le cadre de leur service d’aide au diagnostic (Smart kit). Un échantillon pouvait provenir d’un ou de plusieurs individus d’une même portée. Par élevage, le praticien répétait l’opération sur des individus de trois portées différentes. Des vétérinaires ont aussi euthanasié un ou plusieurs porcelets, à des fins d’analyse histologique. La moitié des porcelets prélevés ont entre 3 et 5 jours d’âge, un quart d’entre eux entre 1 et 2 jours et le quart restant plus de 6 jours. 82 % des kits proviennent d’élevages vaccinant contre les DN colibacillaires.

Les résultats d’analyse montrent un portage élevé de Clostridium perfringens de type A (84 % des diagnostics), suivi d’Enterococcus hirae (63 %), de Clostridium difficile (48 %), du rotavirus (26 %) et d’Escherichia coli entérotoxigénique (ETEC, 18 %). Les trois premiers pathogènes étant présents fréquemment chez les porcelets malades, mais aussi chez des porcelets sains. Aucun C. perfringens de type C, coronavirus de gastro-entérite transmissible (GET) ou de diarrhée épidémique porcine (DEP) n’est isolé. Sur les 283 cas, 84 ont combiné analyses bactériologique, virologique et histologique. Pour ceux-ci, un diagnostic définitif est établi pour 72 % d’entre eux (62 kits complets), de par la cohérence des trois types d’analyses. En cause : E. hirae (47 %), suivi du rotavirus (30 %), de C. perfringens de type A (29 %), de E. coli ETEC (19 %) et de C. difficile (3 %). Deux ou trois germes sont impliqués simultanément pour 34 % de ces cas. Un effet âge a pu être exploré pour 75 cas avec analyse histologique. Pour les animaux de 1 ou 2 jours, C. perfringens de type A est majoritaire (43 %) et le rotavirus rare (7 %) ; pour les 3 à 5 jours d’âge, E. hirae est majoritaire (57 %) ; pour les plus de 6 jours, des fréquences assez proches (27, 33, 40 et 47 %) des germes C. perfringens, E. hirae, rotavirus et ETEC sont observées. Ces résultats illustrent l’importance de procéder à un bilan complet d’analyse pour établir un diagnostic lors de DN. Et notamment d’y inclure le rotavirus, dont la recherche n’est pas encore systématique, et généralement demandée lorsque le praticien observe des lésions macroscopiques évocatrices.
•

Article rédigé d’après une présentation faite au congrès 2017 de l’Association française de médecine vétérinaire porcine (AFMVP) : « Diarrhées néonatales en France : quels sont les agents pathogènes en cause ? », par A. Jardin, P. Leneveu, P. Créac’h.