Bonnes pratiques de prélèvement en microbiologie chez les NAC

Les particularités anatomiques et physiologiques des différents NAC les rendent sensibles à des affections diverses, notamment bactériennes. L’analyse bactériologique est importante dans le diagnostic de ces affections et surtout dans la mise en œuvre d’une thérapeutique adaptée, et prend encore plus d’importance à la suite de la réglementation récente sur les antibiotiques critiques. Afin d’obtenir des résultats les plus fidèles possibles et d’éviter la contamination par des germes commensaux, il est important de réaliser des prélèvements adaptés, en prenant en compte la localisation et le type d’analyse (recherche de germes aérobies et/ou anaérobies). De manière générale, le prélèvement doit être réalisé de manière aseptique et acheminé dans les meilleurs délais au laboratoire avec un milieu de transport (milieu Amies ou chlorure de sodium, NaCl, 0,9 % stérile). Le prélèvement destiné à une recherche de germes anaérobies doit être le plus volumineux possible et placé dans un contenant présentant un minimum d’air. Enfin, le laboratoire doit proposer des antibiogrammes adaptés aux espèces prélevées.

Prélèvements généraux

Abcès

Chez toutes les espèces, le prélèvement le plus adapté est du pus récent de périphérie d’abcès avec raclage de la coque, dans une zone le moins en contact possible avec l’air, notamment pour la recherche de germes anaérobies.

Le pus est, idéalement, aspiré dans une seringue stérile puis transféré dans un tube également stérile.

Si le volume est trop faible, du NaCl à 0,9 % stérile peut être ajouté dans le tube, sinon l’abcès pourra être écouvillonné (écouvillon placé ensuite dans un tube avec milieu Amies).

Liquide d’épanchement

Le principe est similaire : quelques millilitres sont aspirés à l’aide d’une seringue et d’une aiguille stériles, puis transférés en tube stérile. Si le volume est trop faible, du NaCl 0,9 % stérile peut être ajouté dans le tube.

Tissus (biopsie ou post-mortem )

Lors de biopsie, le prélèvement doit être réalisé en périphérie de la lésion avec présence de tissu sain, puis transféré dans un récipient stérile avec du NaCl 0,9 % stérile, ou dans un tube avec milieu Amies.

En post-mortem, après cautérisation de la surface de l’organe, le prélèvement peut être réalisé de la même façon, ou par écouvillonnage au niveau de la périphérie de la lésion (écouvillon placé ensuite dans un tube avec milieu Amies).

Prélèvements de l’appareil respiratoire

Lavage nasal

Chez toutes les espèces, la méthode classique du lavage nasal consiste en l’instillation puis l’aspiration de NaCl 0,9 % stérile tiédi à l’aide d’une seringue stérile dans une narine (une sédation légère peut être réalisée). Le liquide obtenu doit être transféré dans un tube sec stérile.

Dans les cas où les sécrétions sont trop épaisses pour être aspirées, un écouvillon peut être utilisé, après l’avoir imbibé de NaCl 0,9 % stérile.

Chez le lapin, la particularité anatomique des conduits lacrymaux (présence de courbures au niveau des racines des incisives et des premières prémolaires supérieures) peut induire une accumulation de sécrétions purulentes. Ainsi, le prélèvement par voie lacrymale peut être intéressant dans des cas de rhinite associée à un épiphora : une canule stérile est insérée dans le point lacrymal afin d’instiller du NaCl 0,9 % stérile sous pression, qui sera ensuite aspiré au niveau de la narine correspondante.

Lavage trachéopulmonaire/trachéobronchique

Chez les reptiles, la glotte est en position très antérieure dans la gueule, et se situe à la base de la langue. Le lavage trachéopulmonaire consiste donc, sous sédation légère si nécessaire, à instiller du NaCl à 0,9 % tiédi (3 à 10 ml/kg de poids vif, PV) à l’aide d’une sonde, puis à le réaspirer en mettant l’animal la tête en bas.

Chez les petits mammifères, le lavage trachéobronchique est réalisé de la même manière que chez les chiens ou les chats (avec du NaCl 0,9 % stérile à hauteur de 5 ml/kg PV environ).

Prélèvements de l’appareil digestif

Abcès dentaire des petits mammifères

La difficulté du prélèvement d’abcès dentaire réside dans le fait d’une possible contamination du prélèvement par la flore buccale normalement présente. Il importe, idéalement, de prélever le plus loin possible de la cavité buccale.

Le principe de prélèvement est le même que pour un abcès.

Prélèvements de jabot des oiseaux

Chez les oiseaux pourvus d’un jabot et présentant des signes cliniques compatibles avec une affection digestive, un prélèvement de jabot peut être réalisé :

- soit par écouvillonnage, l’anatomie de la cavité buccale permettant aisément de passer un écouvillon dans l’œsophage jusqu’au jabot,

- soit par lavage, avec instillation puis réaspiration de NaCl 0,9 % à l’aide d’une sonde.

Coproculture/contenu digestif

Une coproculture peut être réalisée sur fèces fraîches ou prélevées dans le rectum mises dans un récipient stérile (avec du NaCl à 0,9 % stérile pour éviter le dessèchement du prélèvement).

Chez les reptiles et les oiseaux, un écouvillon cloacal seul est proscrit pour ce type d’analyse, car de nombreuses espèces ont un cloaque qui présente trop peu de matière.

En post-mortem, il convient de prélever une portion de tube digestif suturée (iléus, de préférence).
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