Un tableur pour évaluer la fiabilité du diagnostic du praticien

Au cours de son intervention dans une exploitation, le praticien réalise un examen clinique à partir duquel il élabore des hypothèses diagnostiques et procède à des examens complémentaires, notamment des tests sérologiques. Leur résultat influe sur le choix des actions à mener. Or les caractéristiques intrinsèques d’un test (sensibilité et spécificité) ne sont jamais de 100 %. De plus, la prévalence (proportion d’animaux malades), c’est-à-dire le contexte épidémiologique, s’ajoute à ces caractéristiques lors de l’interprétation des tests et de la prise de décision. Le vétérinaire ne constate que la prévalence apparente, non la prévalence réelle, car un animal positif n’est pas forcément malade (faux positif) et inversement.

Calculer la prévalence réelle d’après la prévalence apparente

Afin d’aider le praticien dans sa démarche décisionnelle, notre confrère Etienne Petit, du Groupement de défense sanitaire (GDS) de Bourgogne, a réfléchi à la façon d’interpréter, sur un plan purement probabiliste, le résultat d’une analyse. Il a ainsi mis au point le tableur Prédivet, disponible sur Internet⁽¹⁾, qui permet au vétérinaire de calculer la prévalence réelle estimée d’après la prévalence apparente (nombre de positifs au test), ainsi que les valeurs prédictives négative (VPN) et positive (VPP) du test, selon sa sensibilité et sa spécificité. Son originalité est de définir un intervalle de confiance en nombre entier de bovins, et de calculer la probabilité qu’un cheptel soit infecté en partant du nombre de séroconversions.

Les courbes diffèrent d’une maladie à l’autre. Par exemple, sur un cheptel de trente animaux, ce n’est qu’à partir de trois individus positifs à la paratuberculose que le praticien peut être certain que la maladie y circule car, à compter de cette valeur, la limite inférieure de prévalence réelle est supérieure à 0 (^{voir graphique}). Le tableur peut aussi déterminer la taille d’un échantillon d’animaux à tester au sein d’un troupeau, afin de s’assurer de déceler toute infection si elle est présente.

Pour des calculs précis, le praticien ne doit pas hésiter à demander les caractéristiques des tests utilisés aux fabricants. Toutefois, comme le souligne Etienne Petit, « l’approche probabiliste ne peut offrir qu’un complément d’information, mais ne saurait en aucun cas se substituer totalement à l’analyse sémiologique du vétérinaire ».

• (1) Ce tableur Excel, présenté lors des journées nationales des GTV à Nantes, en mai 2011, est en accès libre sur le site www.gdsbourgogne.fr, via l’onglet “Documentation”.