L’histoire de la peste humaine est trahie par son génome qui retrace les routes de propagation de la maladie

Le génome de la peste humaine permet de déterminer l’origine des épidémies qui se produisent dans le monde depuis l’Antiquité. Tel est le résultat que les chercheurs d’un consortium international viennent de publier⁽¹⁾. Grâce à l’étude comparative de dix-sept génomes complets d’isolats de Yersinia pestis provenant de plusieurs régions du monde, ils ont pu isoler neuf cent trente-trois localisations de variations du génome (single nucleotide polymorphism). Ces marqueurs pertinents ont ainsi permis de suivre l’évolution de cette bactérie. Ensuite, l’étude comparative de ces single nucleotide polymorphism dans les isolats conservés dans les banques de données mondiales a permis de dresser un arbre phylogéographique de Yersinia pestis. L’association entre la souche et son origine géographique et historique permet ainsi de déterminer l’évolution de cet agent pathogène et de déterminer ses routes de transmission historiques ou plus récentes.

Identifier les routes de diffusion permettra d’améliorer la lutte contre les épidémies

Les résultats indiquent que la peste serait originaire de Chine et d’Asie centrale. Elle aurait ensuite diffusé en plusieurs vagues vers l’Europe, l’Amérique, l’Afrique et l’Asie du Sud, conduisant à l’apparition de lignées spécifiques par pays. A partir d’un rameau commun, une première ramification correspond à une diffusion vers l’Asie, une deuxième vers l’Afrique centrale et de l’Ouest, une troisième du nord vers le sud de la Chine. La dernière branche correspond à la propagation dans le reste du monde. Cette dernière se divise ensuite en plusieurs rayons correspondant chacun à une zone de diffusion de la maladie. Ainsi, les six cent vingt-six isolats rencontrés actuellement aux Etats-Unis correspondent tous à un même rayon, et les quatre-vingt-deux provenant de Madagascar appartiennent tous à un autre rayon. La peste aurait atteint l’Amérique du Sud depuis l’Europe, celle-ci ayant été infectée par une souche venue d’Inde.

Cette méthode, qui permet de retracer l’évolution géographique et l’histoire de la peste à partir de son génome, pourra s’appliquer à d’autres agents pathogènes. Mieux connaître leurs routes de diffusion sera sans doute un plus pour améliorer les méthodes de lutte et endiguer certaines épidémies.

• (1) G. Morelli et coll : « Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity », Nature Genetics, 2010, vol. 42, n° 12, pp. 1140-1143.