Les virus influenza porcins français et européens ont une origine humaine et aviaire

Les virus influenza de type A sont variables en raison de leur polymérase de faible fidélité et d’un génome segmenté. Le porc possède les qualités pour transmettre des virus influenza aviaires de type A à un hôte mammifère ou pour générer de nouveaux virus réassortants. Ainsi, l’émergence de variants inédits de virus influenza de type A est étroitement liée à leur passage chez le porc. Le virus A/H1N1 (2009), diagnostiqué chez l’homme en avril dernier, possède huit segments génomiques de virus influenza, préalablement adaptés à l’espèce porcine. Les particularités des virus influenza de type A, la place occupée par le porc dans leur schéma de transmission interespèces et l’histoire de l’émergence des virus influenza porcins ont été récemment présentés par Gaëlle Kuntz-Simon, chercheur à l’Agence française de sécurité sanitaire (Afssa) de Ploufragan.

Le porc possède les deux types de récepteurs des virus influenza

Les cellules des voies respiratoires supérieures et inférieures du porc hébergent les deux types de récepteurs de l’hémagglutinine (voir encadré), ce qui le rend sensible aux virus influenza de type A d’origine humaine et aviaire. Il peut donc être infecté par des virus d’origine aviaire préalablement hébergés par des oiseaux, qu’ils soient sauvages ou domestiques, et par des virus hébergés par l’homme. Il peut aussi retransmettre ses propres virus aux oiseaux et à l’homme, d’où son statut d’hôte intermédiaire pour la génération de virus influenza réassortants à potentiel zoonotique.

Les virus influenza porcins de sous-type H1N1, H3N2 et H1N2 qui circulent actuellement en Europe sont issus d’une succession de réassortiments. Le virus H1N1 (avian-like swine H1N1) est totalement d’origine aviaire à la suite de l’introduction d’un virus de canard sauvage chez le porc, en 1979.

Le virus H3N2 a émergé en 1984 à la faveur d’un réassortiment du virus influenza H1N1 précédent et d’un virus influenza H3N2 d’origine humaine, transmis au porc dans les années 70 après la pandémie de Hong-Kong et ayant circulé à bas bruit chez les porcs pendant plus d’une dizaine d’années⁽¹⁾. Le virus H1N2 (reassortant human-like swine H1N2) a émergé en 1994 au Royaume-Uni. Il est issu d’un réassortiment entre le virus H3N2 précédent et une souche H1N1 d’origine humaine (^{voir graphique}). Cette souche humaine a probablement été transmise au porc après l’épidémie russe de 1977.

Deux virus influenza porcins réassortants sont mis en évidence

Seuls les sous-types H1N1 et H1N2 circulent dans les élevages porcins français depuis une dizaine d’années. Leur circulation et leur évolution sont étroitement surveillées par l’Afssa de Ploufragan. Entre 2000 et 2008, l’épidémiosurveillance des élevages porcins du grand Ouest a mis en évidence des isolements ponctuels de deux nouveaux virus réassortants, nommés rH1N1 et rH1N2. Cinq nouvelles souches de virus H1N1 possèdent une hémagglutinine d’origine humaine et non plus aviaire et deux souches de virus H1N2 possèdent une hémagglutinine d’origine aviaire et non plus humaine. Le virus rH1N1 n’a été dépisté qu’en France. Le virus rH1N2 a également été identifié en Italie. « Ces isolements illustrent la cocirculation des souches de virus H1N1 et H1N2 dans les élevages porcins et la fréquence des réassortiments. L’isolement de ces deux virus réassortants est ponctuel et ne concerne que deux élevages, mais qu’en sera-t-il de leur circulation ? », s’interroge Gaëlle Kuntz-Simon. Une diffusion de ces virus pourrait avoir des conséquences en termes de diagnostic sérologique, les virus rH1N1 et rH1N2 n’étant pas dépistés par le test d’inhibition de l’hémagglutinine utilisé en routine. Ces émergences nécessitent donc l’adaptation des tests diagnostiques. A ce titre, l’Afssa a développé des outils de diagnostic virologiques spécifiques au nouveau virus A/H1N1 (2009), une RT-PCR en temps réel influenza A et des RT-PCR en temps réel pour les gènes H1 et N1. Le prélèvement de choix est l’écouvillon nasal des porcs qui présentent une température supérieure à 40 °C.

• (1) Pour ce nouveau virus H3N2, les segments génomiques HA et NA proviennent du virus H3N2 transmis au porc dans les années 70 et les segments génomiques PB2, PB1, PA, NP, M et NS proviennent du virus H1N1.