Le bilan 2020 du réseau de surveillance des virus influenza porcins montre que le sous-type H1avN1 qui était majoritaire, diminue fortement au profit du H1avN2.Ce dernier lignage représente en 2020 un peu plus de la moitié des virus influenza A porcins détectés.
La plateforme ESA vient de publier le bilan du Réseau national de surveillance des virus influenza A chez le porc (Résavip) pour 2020. Pour cette année, ce sont 336 visites d’élevage qui ont été réalisées dans 24 départements de 10 régions (vs 244 en 2019). 272 sites d’élevages différents ont été visités (vs 206 en 2019), la très grande majorité, plus de 80%, ayant été visité une seule fois. C’est le nord-ouest du pays qui regroupe la majorité des visites avec presque ¾ des visites en Bretagne, et 15% dans les Pays de la Loire.
Le bilan est que l’année 2020 est particulière puisqu’elle est marquée, pour la première fois depuis les débuts du Réseau en 2011, par « un virage » dans la distribution des lignages de virus influenza. Ainsi, le sous-type H1avN2, qui était considéré comme un virus sporadique*, représente en 2020, 55% des virus influenza détectés (97 sur 176 visites d’élevages positives), et 65,5% des souches identifiées** (97 sur 148). Le H1avN1, quant à lui, ne représente que 18% des virus influenza détectés (32 sur 176), et 21,6% des souches identifiées (32 sur 148).
Ce changement est de taille : pour rappel, entre 2011 et 2018, le H1avN1 représentait 52% des virus influenza détectés (466 sur 887), et 69,6% des souches identifiées (466 sur 669). Le H1avN2 était, lui, presque anecdotique, puisqu’il avait été identifié seulement une à deux fois certaines années dans le nord-ouest, deux fois dans le sud-ouest en 2015 et une fois dans le nord-est en 2016). Des co-infections avaient été aussi décrites (18 troupeaux). La détection dans le sud-ouest en 2015 était une première pour cette zone géographique : avant cette détection, aucuns virus HxN2 enzootiques n'avaient été détectés. Entre octobre 2018 et octobre 2019, le H1avN2 a été identifié dans 6 élevages situés dans le Morbihan et les Côtes d’Armor.
Autre changement pour 2020 : des virus influenza porcins ont été mis en évidence dans 52% des visites (176 sur 336), ce qui est le plus haut pourcentage jamais observé depuis le lancement du Réseau. En effet, en moyenne, entre 2012 et 2019, c’étaient 47% des visites qui étaient positives pour le virus influenza.
Un virus détecté dans l’ouest de la France
Le lignage H1avN2 représente près de 60% des visites d’élevages positives à influenza en Bretagne (76 sur 128), et presque 63% pour les Pays de la Loire (17 sur 27). Dans ces deux régions, le H1avN1 ne représente, pour chacune, que 15% des visites d’élevages positives à influenza. Pour comparaison, en 2019, pour la Bretagne, le H1avN1 représentait environ 43% des visites positives ; pour les Pays de la Loire, 60% ! Dans certaines régions, le H1avN1 n’a pas été détecté en 2020 alors que cela avait été le cas en 2019 : c’est le cas en Normandie, où en 2019, le H1avN1 représentait presque 90% des visites, et dans les Hauts de France, où il représentait la moitié des virus influenza identifiés. Dans ces deux régions, en 2020, le H1avN2 a été détecté.
Au global, le H1avN2 est présent pour l’instant uniquement dans l’ouest et le nord de la France, avec des détections en Bretagne et dans les Pays de la Loire donc, mais aussi en Nouvelle-Aquitaine, en Normandie, au Centre Val de Loire et dans les Hauts de France.
En Bretagne, les analyses génomiques sur le H1avN2 sont en faveur d’une introduction in toto dans un ou plusieurs élevages, en lien avec des importations d’animaux vivants contaminés issus d’un autre pays européen.
La question est maintenant de savoir si ce virus va devenir enzootique sur le territoire, comme c’est déjà le cas dans d’autres pays européens, comme le Royaume-Uni et le Danemark.
Cette identification d’un nouveau sous-type viral met en lumière l’importance du Résavip, d’autant qu’avoir un génotype viral en plus des autres, contribue à augmenter le risque d’émergence de nouveaux virus réassortants, dangereux pour les porcs, mais aussi potentiellement pour les humains.
* Virus isolé ponctuellement sans diffusion apparente dans l’espèce.
** Sur les 176 élevages positifs pour le virus influenza, seuls 148 souches virales ont pu être identifiées (sous-typage moléculaire).
