Quatre articles récents apportent de nouvelles pistes sur l'origine du SARS-Cov-2, responsable de la pandémie de Covid-19. Le Professeur Brugère-Picoux, membre de l'Académie Vétérinaire de France a analysé les résultats de ces travaux.
Une origine naturelle du SARS-Cov-2 est de loin le scénario le plus probable selon plusieurs équipes de chercheurs qui viennent de révéler les résultats de leurs travaux. Ainsi, d'après les recherches d'une équipe de scientifiques chinois , bien que la souche RaTG13 de virus SARS, présente dans le laboratoire de virologie de Wuhan depuis 2013, soit très proche du SARS-Cov-2, elle en est suffisamment éloignée pour pouvoir conclure qu’elle ne joue pas de rôle dans l’origine du SARS-Cov-2 par échappement de ce laboratoire. De plus, l’étude du SARS-Cov-2 circulant a montré que la structure de son génome rappelle beaucoup celle des souches hébergées par des animaux sauvages, notamment chez des chauves-souris (Cambodge, Thaïlande, Japon, dans les zones frontalières du sud-ouest de la Chine) ou chez des pangolins (Malaisie). Cependant, le SARS-Cov-2 n'a pas encore été identifié chez ces animaux. Les auteurs ont également rappellé que, même si la maladie a été identifiée pour la première fois à Wuhan, il ne s'agit pas forcément du lieu géographique à l’origine du SARS-Cov-2, d'où l'importance "d’étudier les possibilités qu'il existe d'autres potentiels hôtes intermédiaires du virus ailleurs dans le monde".
Plusieurs souches seraient à l'origine du SARS-Cov-2
Par ailleurs, comme l'indiquent les résultats d'une étude franco-laotienne (Instituts Pasteur de Paris et du Laos) en cours d’évaluation par la revue Nature, trois coronavirus qui se révèlent plus proches du SARS-Cov-2 que la souche chinoise RaTG13 ont été isolés en 2020 chez des chauves-souris fer à cheval (Rhinolophus) dans le nord du Laos. Les trois virus ayant présenté une homologie avec le SARS-Cov-2 ont été dénommés BANAL-52 BANAL-103 et BANAL-236, respectivement isolés chez R. malayanus, R. pusillus et R. marshalli à partir de prélèvements rectaux. En comparant avec la souche RaTG13, les chercheurs ont constaté que le virus BANAL-52 présentait une homologie de 96,85% avec le SARS-Cov-2. Selon ces derniers, le foyer d’origine du SARS-Cov-2 pourrait donc provenir de cette région située autour du Mékong, où de nombreux animaux sauvages sont commercialisés sur les marchés de village traditionnels avec des règles d'hygiène souvent négligées. Toutefois, même si, ce virus semble avoir le même potentiel d'infecter les humains que les premières souches de SRAS-Cov-2, il ne peut être considéré comme un ancêtre de la souche pandémique du SARS-Cov-2 car il est dépourvu d’une séquence particulière, dénommé « site de clivage de la furine », que possède le SARS-Cov-2 et qui joue un rôle majeur dans la fusion entre les membranes virale et cellulaire, ainsi que dans la transmission du virus, ont-ils concluent. Il y aurait par conséquent eu une recombinaison entre différents virus plutôt qu’une simple évolution d'une seule lignée sur une longue période même si l'on ignore toujours où ces recombinaisons génétiques entre les souches de chauves-souris ont pu avoir lieu de même que les circonstances qui ont permis le franchissement de la barrière d’espèce de chauve-souris à l’Homme par l’intermédiaire ou non d’un hôte intermédiaire.
Prévenir le risque zoonotique...
Dans une troisième étude, les auteurs ont essayé de quantifier le risque zoonotique lié aux SARSr-Covs en Chine et en Asie du Sud et du Sud-ouest, considérées comme zones de forts risques pour les infections humaines. A cet égard, ils ont identifié 23 espèces de chauves-souris pouvant héberger des SARSr-Covs, en particulier des Rhinolophidae et des Hipposideridae au Laos, au Cambodge, en Birmanie (Myanmar), au Sud-Est de la Chine et sur les iles à l’Ouest de l’Indonésie. Après une étude sur le terrain et une recherche bibliographique permettant d’évaluer les contacts potentiels entre l’Homme et les chauves-souris, les auteurs aboutissent à un risque de coronavirose pour 407 422 personnes chaque année. Ils soulignent également les données manquantes concernant les animaux hôtes intermédiaires pouvant jouer un rôle dans le franchissement de la barrière d’espèce de ces SARSr-CoVs. Pour améliorer ces connaissances, une enquête portant sur les espèces animales réservoirs (chauves-souris) ou sensibles (animaux sauvages et animaux d'élevage) ainsi que sur le risque d'exposition de l’Homme à ces espèces est encore nécessaire selon eux.
...par de meilleures connaissances sur la transmission
Dans une autre étude, les scientifiques ont jugé "plus probable" que l'origine de l'épidémie humaine de SRAS-Cov-2 soit zoonotique (par comparaison avec les précédentes épidémies de coronavirus). En effet, la recherche des contacts du SARS-Cov-2 sur les marchés de Wuhan présente des similitudes frappantes avec la propagation précoce du SRAS-Cov sur les marchés du Guangdong, où les humains infectés au début de l'épidémie vivaient à proximité ou travaillaient sur des marchés d'animaux. De plus, « il n'y a actuellement aucune preuve que le SARS-Cov-2 ait pour origine une fuite provenant d’un laboratoire » ont-ils indiqué avant d’ajouter que « le lien avec Wuhan reflète donc plus vraisemblablement le fait que les agents pathogènes nécessitent souvent des zones fortement peuplées pour s'établir ».
