Premiers pas de médecine factuelle : recherche à l'aide des bases de données

La formulation correcte d'une question de recherche dans les bases de données permet d'obtenir les meilleurs résultats.

Dans un article récent, nous avons évoqué comment la médecine factuelle (EBM, Evidence Based Medicine) pouvait donner à la pratique vétérinaire équine des fondations solides pour la prise de décision [⁵]. La médecine factuelle repose sur une approche structurée en cinq étapes, qui vise à évaluer l'information scientifique disponible et à choisir la plus adaptée (la meilleure preuve) afin de répondre à une question clinique. Une meilleure connaissance des méthodes de recherche et de publication permettrait aussi aux praticiens de mieux communiquer le fruit de leur expérience. La recherche et ses méthodes semblent cependant bien éloignées de la pratique quotidienne, en tout cas suffisamment pour pondérer l'entrain des plus téméraires. L'objectif de cet article, qui s'inscrit dans une série relative à la médecine factuelle, est de fournir au clinicien les techniques de base pour réaliser une recherche documentaire avant d'entreprendre une étude originale, ou simplement pour chercher la réponse à une question clinique dans les revues scientifiques vétérinaires. La formulation correcte d'une question clinique et l'élaboration précise de la requête, ou équation de recherche, dans les bases de données documentaires constituent les deux premières étapes de la démarche de la médecine factuelle et le point de départ de toute recherche scientifique. Cet article explique, par un exemple concret, comment poser correctement la question clinique et rechercher les publications pouvant y répondre.

Convient-il d'effectuer une recherche documentaire pour répondre à toutes les questions ?

Comme illustration, prenons l'exemple d'un étalon en coliques violentes examiné par le vétérinaire traitant, et qui est référé en clinique pour y être opéré. L'animal présentait une incarcération de l'intestin grêle dans le foramen épiploïque et une résection a été nécessaire. Le chirurgien signale au propriétaire que d'après une étude le risque de réopération pour coliques est plus élevé chez les chevaux ayant été atteints de ce type d'incarcération.

De plus, le propriétaire a laissé son cheval au pré le jour précédant l'intervention, ce qui aurait pu déclenché l'affection. Le chirurgien a dû réaliser une anastomose latéro-latérale et, selon la littérature, cela augmente le risque de récidive de coliques. Le propriétaire pose des questions légitimes au vétérinaire référent, auxquelles celui-ci doit répondre. Mais une recherche documentaire n'est pas obligatoirement nécessaire. Certaines questions font référence à une connaissance générale de base acquise pendant et après les études (ce que les Anglo-Saxons appellent le “background”). Elles peuvent être résolues en consultant un manuel de médecine équine. Une information ponctuelle et superficielle est parfois suffisante.

Les questions de base comprennent en général deux composants : une interrogation et une maladie. Par exemple, le vétérinaire traitant peut se poser les questions suivantes : « Quelles sont les causes de l'incarcération dans le foramen épiploïque ? Quelle est la fréquence de cette affection ? Quels sont les facteurs de risque ? Quelles sont les chances de survie à long terme après la chirurgie ? » Les connaissances de base restent proportionnelles au souci avec lequel nous nous maintenons informés.

Mais d'autres questions sont plus spécifiques et concernent la gestion précise d'un cas avec la volonté de tenir compte des meilleures connaissances du moment (le “foreground”). La recherche systématique de la meilleure information (médecine factuelle) s'impose lorsque la mise à jour des connaissances n'est pas garantie, que les questions posées peuvent avoir un impact important sur la vie de l'animal ou qu'elles influencent la pratique quotidienne. Il arrive aussi au praticien de s'interroger sur :

– ce qu'il fait et qui ne fonctionne pas ;

– ce qui fonctionne, mais dont il ignore le mode d'action ;

– ce qu'il pratique différemment de ses confrères ou de ce qui lui a été enseigné ;

– ce qu'il devrait faire, mais ne fait pas.

Ces questions portent sur des facteurs d'exposition (risque, prévention, pronostic) ou des interventions (diagnostic, traitement, prophylaxie). Elles comportent quatre ou cinq composants.

Comment formuler la question ?

Le centre d'Evidence Based Medicine d'Oxford recommande de formuler la question de façon structurée et en différents composants [³].

Le système PICO

Le système le plus connu est celui du PICO où, à chaque lettre de l'acronyme, correspond un des quatre éléments de la question :

– P pour le patient, l'animal malade, le problème ou la population ;

– I pour l'intervention sur laquelle porte l'interrogation (un test diagnostique, un traitement) ;

– C pour une autre intervention à comparer à la première ;

– O pour les résultats (“outcome”, en anglais).

Le système PICO pourrait ainsi être appliqué pour se demander, dans l'exemple de l'étalon en coliques : « Chez le cheval (P = le patient), l'anastomose latéro-latérale de l'intestin grêle (I = l'intervention) par rapport à l'anastomose termino-terminale (C = la comparaison) favorise-t-elle la réapparition de coliques ou influence-t-elle le taux de survie (O = le résultat ou outcome) ? »

Le système PECOT

Une autre façon de poser la question est d'utiliser l'acronyme PECOT où P correspond à la population, E à l'exposition (à un traitement, à un diagnostic mais aussi à un facteur de risque ou de pronostic), C à la comparaison, O au résultat mesuré et T au temps. Cette dernière notion est utilisée lorsque l'exposition peut être restreinte à une période bien particulière. Par exemple, la question qui suit pourrait être posée avec le système PECOT : « Chez le cheval (= P), l'alimentation à base d'herbe (= E) par rapport à une autre à base de grain (= C) favorise-t-elle l'occurrence des coliques (= O) ? » Le temps pourrait être précisé en ajoutant « … entre mars et juin ».

L'élément comparatif (C) ou la question est parfois absent de la question ou sous-entendu ; il s'agit alors de l'intervention classique, de l'absence d'intervention, de l'exposition habituelle ou de l'absence d'exposition. Ainsi, il est également possible de se demander : « Chez le cheval (= P), la chirurgie pour incarcération de l'intestin grêle dans le foramen épiploïque (= I), par rapport (sous-entendu) aux autres chirurgies (= C) est-elle un facteur de risque pour une seconde chirurgie abdominale (= O) ? » Quelques trucs et astuces peuvent être utilisés pour générer la question (^tableau).

Pourquoi apprendre à formuler correctement la question ?

Une question correctement formulée a de nombreux avantages dans le cadre de l'approche de la médecine factuelle. Elle permet :

– de préciser les éléments de recherche d'information, donc de gagner du temps ;

– de mettre en évidence les concepts qui génèrent les mots-clés (aussi appelés descripteurs) pour interroger les bases de données ;

– d'identifier le type de question (étiologie, fréquence, diagnostic, traitement, pronostic, risque, prévention), étape indispensable dans le tri des publications identifiées.

Dans le milieu médical, les cliniciens qui ont appris cette façon de procéder structurée posent des questions plus spécifiques, effectuent plus de recherches, utilisent des techniques plus précises de recherche de l'information et obtiennent de meilleures réponses à leurs questions [¹, ², ⁶].

Dans quelle base de données la recherche doit-elle être effectuée ?

La médecine vétérinaire est une discipline très variée dont les frontières peuvent toucher celles de l'agronomie, de l'agriculture, de la zoologie et de la médecine humaine. Il n'existe pas une base de données universelle. Les plus connues sont CAB Direct et PubMed (Medline). Agricola est moins utilisée. D'autres outils existent qui permettent de répondre à des questions cliniques tels que Consultant, International Veterinary Information Service ou Veterinary Information Network.

Alors que PubMed est accessible en ligne librement et gratuitement, CAB Direct ne l'est qu'aux universités car le coût annuel de la licence est trop élevé pour une structure privée. Cependant, CAB Direct est une base de données spécifiquement dédiée à l'animal. Elle référence non seulement les périodiques, mais aussi les livres et les comptes rendus de congrès. Elle constitue donc une excellente source pour la médecine vétérinaire. PubMed répertorie les publications de médecines vétérinaire et humaine. La médecine humaine est nettement plus représentée. Pour cette raison, PubMed est peut-être un peu limitée dans ses performances en ce qui concerne notre discipline. Elle est néanmoins performante et reste la base de données la plus utilisée en pratique. En médecine humaine, PubMed permet de restreindre aussi la recherche au type de question posée (cause, diagnostic, traitement, risque, pronostic). Cette fonctionnalité est moins efficace pour la médecine vétérinaire [⁴].

Même si PubMed est avant tout orientée vers la médecine humaine, les périodiques majeurs de médecine vétérinaire y sont référencés. En général, elle constitue la base de données numéro un pour le praticien et les exemples présentés sont basés sur son utilisation.

Les mots-clés descripteurs

Dans l'exemple cité, deux questions préoccupent essentiellement le vétérinaire traitant car il doit y répondre pour son client. La première (Q₁) : « Chez le cheval en coliques (= P), la chirurgie pour incarcération du grêle dans le foramen épiploïque (= E), par rapport aux autres causes de coliques chirurgicales (= C), augmente-t-elle le risque de devoir opérer le cheval une seconde fois (= O) dans les semaines et mois qui suivent (T) ? » Et la seconde (Q2) : « Chez le cheval (= P), l'anastomose latéro-latérale de l'intestin grêle (= I) par rapport à l'anastomose termino-terminale (end-to-end) (= C) favorise-t-elle la réapparition de coliques ou influence-t-elle le taux de survie (= O) ? »

Ces questions de recherche font ressortir un certain nombre de concepts, qu'il convient de bien traduire en anglais avant de trouver les mots-clés descripteurs à utiliser dans PubMed. Il s'agit ainsi pour Q₁ de : horse, colic, epiploic foramen, complications, repeated laparotomy. Pour Q₂, il s'agit de : horse, colic, anastomosis, small intestine, complication, survival rate.

Les concepts peuvent être représentés par un mot ou une série de mots, synonymes ou termes similaires. Il est alors possible de créer des blocs qui doivent être ensuite associés et mis en équation pour obtenir une requête pertinente (^{figure 1}).

Pour élaborer la requête, il convient avant tout d'identifier les mots-clés descripteurs correspondant aux concepts et utilisés par la base de données pour classer les publications. PubMed a ainsi sa propre dichotomie de mots-clés descripteurs.

En outre, les mots rassemblés dans les blocs ne sont peut-être pas des descripteurs. Leur orthographe peut aussi ne pas être correcte. Il est possible qu'il faille les utiliser au pluriel. Pour toutes ces raisons, il est conseillé dans un premier temps de passer par le thésaurus.

Ce dernier est un outil puissant pour identifier les synonymes ou termes similaires ou liés au concept de départ. Il permet ainsi de trouver la bonne terminologie (les mots-clés descripteurs) pour le décrire. Dans le cas de PubMed, le thésaurus est connu sous le nom de MeSH Database (^{photo 1}). En accédant à la page du MeSH, l'utilisateur peut au préalable visionner trois démonstrations (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/?mesh?itool=sidebar).

Après avoir accédé à la page du MeSH, il peut introduire dans le champ intitulé “Search for” le terme dont il voudrait trouver le synonyme ou le mot-clé le plus proche. Lorsque l'orthographe est imprécise, il est possible également d'ajouter une troncature (sous la forme d'un astérisque) qui permet de retrouver le terme correct. Ainsi, dans l'exemple choisi, l'orthographe du mot “anastomosis” peut ne pas être connu. Lorsque l'expression “anastomo*” est introduite, le MeSH trouve immédiatement le descripteur “anastomosis, surgical”. De même, ce n'est pas le mot “horse” qui doit être utilisé mais son pluriel “horses”. “Colic” est correct. “Epiploic foramen” renvoie à “peritoneum” qui semble éloigné du concept initial ; il vaut mieux alors utiliser “small intestine” qui renvoie au descripteur “intestine, small”. De même le mot “complication” renvoie au descripteur “post-operative complications”. Ainsi, l'ensemble des mots-clés descripteurs à utiliser est disponible pour les deux requêtes (^{figure 2}).

Les “opérateurs booléens”

Les descripteurs choisis sont ensuite intégrés dans une équation de recherche en utilisant des opérateurs booléens. George Boole (1815-1864) était un mathématicien anglais qui a restructuré la logique en un système formel. L'algèbre booléenne fonctionne sur une logique “vrai-faux” qui trouve tout naturellement son application dans la logique binaire de l'informatique et des ordinateurs. Elle fonctionne à l'aide d'opérateurs : AND (et), OR (ou), AND NOT (sauf) dont l'utilisation peut se comprendre par la théorie des ensembles. L'opérateur AND (et) associe au moins deux mots pour former une équation de recherche demandant tous les documents qui contiennent des occurrences des deux (ou plusieurs) mots-clés liés par AND.

Ainsi, la requête “Horses”AND “Colic” fournit 566 documents. En revanche, il n'apparaît plus que 57 publications pour la requête ([“Horses” AND “Colic”] AND “Intestine, Small”). Enfin, le nombre de documents est encore réduit (16 publications) avec la requête (([“Horses” AND “Colic”] AND “Intestine, Small”) AND “Postoperative complications”). Le nombre de documents trouvés diminue grâce à l'addition de critères de recherche avec l'opérateur AND (^{figure 3}).

L'opérateur OR (ou) permet de former une équation de recherche demandant tous les documents contenant des occurrences de l'un des deux (ou plusieurs) mots ou concepts liés par cet opérateur. Dans le cas de mots-clés ou concepts recouvrant un domaine assez vaste, l'utilisation de l'opérateur OR ne fera qu'ajouter du “bruit” (des documents supplémentaires non utiles) à des résultats déjà trop nombreux. C'est donc un opérateur à utiliser avec précaution.

La manipulation des opérateurs AND et OR (et, ou) pose parfois des difficultés de logique aux utilisateurs. Un raisonnement trop rapide peut amener à croire qu'en additionnant des critères de sélection avec l'opérateur AND les résultats vont être plus importants. Or c'est le contraire qui se produit. L'opérateur AND NOT (sauf) permet de former une équation de recherche pour éliminer des résultats qui vont parasiter la recherche.

La requête est construite automatiquement dans PubMed alors que les mots-clés sont sélectionnés (^{photo 2}).

Est-il possible de ne pas passer par le thésaurus ?

L'approche par le thésaurus constitue le gold standard. Toutefois, l'utilisation de PubMed en médecine vétérinaire comporte des limites. En effet, les descripteurs, destinés initialement à la médecine humaine, ne sont pas toujours adaptés. Il existe ainsi un risque de ne pas identifier toutes les publications en utilisant les mots-clés descripteurs du thésaurus. De même, certaines publications, humaines ou vétérinaires, lorsqu'elles ne sont pas encore publiées officiellement, sont en ligne à l'état d'abstract. Ce qui signifie qu'elles ne sont pas encore réper-toriées et classées en fonction de mots-clés. Ces publications qui n'apparaissent pas dans la liste sont alors désignées par le terme de “silence”.

Il est cependant possible de les identifier en effectuant “une recherche simple”. Elle consiste à introduire simplement des mots dans le champ de recherche, sans utiliser le thésaurus ou les opérateurs booléens. Par exemple, l'introduction de la requête “colic horse epiploic foramen” fournit 12 références. Cette recherche identifie toutes les publications dont l'abstract contient un ou plusieurs de ces mots. Il est donc conseillé d'effectuer une recherche en utilisant le thésaurus dans un premier temps, puis de la faire suivre d'une recherche simple.

Cette dernière, utilisée seule, est rapide et parfois suffit, mais ne convient pas si une revue exhaustive des publications est souhaitée.

Cette recherche combinée (recherche par le thésaurus et recherche simple), dans l'exemple cité, a permis d'identifier une liste de publications dans laquelle un tri doit être effectué. Il convient d'identifier celles qui répondent le mieux aux questions posées et d'en évaluer la qualité ; la procédure pour ce faire sera développée dans un prochain article.

Références

• 1 – Booth A, O'Rourke AJ, Ford NJ. Structuring the pre-search interview : a useful technique for handling clinical questions. Bull. Med. Libr. Assoc. 2000;88(33):239-246.
• 2 – Cabell CH, Schardt C, Sanders L et coll. Resident utilization of information technology. J. Gen. Intern. Med. 2001;16(12):838-844.
• 3 – Glasziou P, Del Mar C, Salisbury J. EBM step 1: formulate an answerable question. In: Glasziou P, Del Mar C, Salisbury J. Evidence-based Medicine Workbook. BMJ Books, London. 2003:23-41.
• 4 – Murphy SA. Research methodology search filters: are they effective for locating research for evidence-based veterinary medicine in Pubmed. J. Med. Libr. Assoc. 2003;91(4):484-489.
• 5 – Vandeweerd JM, Perrin R. Evidence Based Medicine, la médecine factuelle. Prat. Vét. Équine. 2007;(39)156:43-48.
• 6 – Villaneuva EV, Burrows EA, Fennessy PA et coll. Improving question formulation for use in appraisal in a tertiary care setting : a randomized controlled trial. BMC Med. Inform. Decis. Mak. 2001;1:4-12.