Le point Vétérinaire n° 287 du 01/07/2008
 

MALADIES INFECTIEUSES DES BOVINS

Infos

FOCUS

Clara Marcé

5 bis, route de Port-Blanc
29840 Lanildut

La culture fécale sur mélanges croisés réduit les coûts d’analyse. L’environnement est un bon support de détection, alors que les analyses sur lait de tank restent à optimiser.

Le diagnostic de l’infection par Mycobacterium avium paratuberculosis (Map) est difficile à établir, notamment lors des phases précoces de la maladie (infection subclinique) [1].

À l’occasion du Colloque international sur la paratuberculose au Japon, à l’automne 2007, la qualité des tests diagnostiques utilisés chez les bovins a été abordée [2].

Une synthèse a été proposée sur les sensibilités et spécificités de l’Elisa (sérum et lait individuel) et des cultures fécales (CF) à partir de 58 études (tableau 1) [3]. Elle a été effectuée dans le cadre d’un projet européen de développement d’outils plus performants pour la détection de la paratuberculose. Aspect original de ce travail, l’utilisation faite des tests diagnostiques a été prise en compte pour analyser et classer les résultats, que ce soit :

- l’évaluation de la prévalence de l’infection ;

- la confirmation d’un diagnostic clinique ;

- le dépistage des animaux excréteurs, de façon à prévenir la transmission de la maladie ;

- la certification qu’un animal ou qu’un troupeau est indemne de l’infection.

Les tests Elisa semblent soumis à de plus grandes variations que les cultures fécales, mais, globalement, les résultats obtenus peuvent être qualifiés de similaires pour ces deux méthodes.

Deux grandes catégories de tests se distinguent :

- ceux qualifiés de “maison”, qui visent une bonne sensibilité (limiter les faux négatifs) ;

- ceux qualifiés de “commerciaux”, qui se focalisent sur la spécificité (de façon à réduire les faux positifs).

Autre spécificité de cet essai, la définition “infecté par Map” concerne tous les animaux pour lesquels l’entrée et la persistance de cet agent pathogène ont duré suffisamment longtemps pour qu’une réponse immunitaire existe à tout moment de leur vie, qu’ils soient excréteurs ou non.

La méthode de référence varie selon les études sélectionnées, mais elle devait être indiquée, sinon, l’article n’était pas conservé pour la méta-analyse.

La sensibilité des cultures fécales s’élève à environ 70 % pour la recherche d’animaux excréteurs ou celle de l’agent pathogène chez des malades (une seule étude retenue pour ce résultat). Toutefois, elle est beaucoup plus basse, de 23 à 29 %, pour la détection d’animaux infectés (en phase subclinique).

La sensibilité des tests Elisa pour les individus en phases infectieuse et clinique est variable : autour de 50 %, mais de 24 à 94 % pour les premiers et de 50 à 87 % pour les seconds.

Les auteurs soulignent globalement l’insuffisante exactitude et/ou précision des études disponibles. Peu sont représentatives, donc à même de fournir des conclusions solides. Les populations étudiées mériteraient d’être plus proches de celles initialement ciblées.

Tests sur pools de matières fécales

Selon l’Américain Whitlock, le regroupement d’échantillons de matières fécales (en mélange de cinq) offre une possibilité d’accroître l’exactitude du diagnostic en limitant la perte de sensibilité, à condition de recourir à une PCR (polymerase chain reaction) en temps réel (ici Tetracore VetAlert®) [2].

Cette RT-PCR sur mélange serait « économique, flexible, rapide et extrêmement sensible » pour identifier les animaux infectés les plus à risque de transmettre l’infection par Map (“super shedders”), mais elle ne permet pas, ou très peu, de détecter les excréteurs à faible dose. Seuls les échantillons individuels des pools contenant la plus forte concentration de Map doivent être retestés (l’objectif était de détecter les “super shedders” et de réduire les coûts des analyses, sans négliger la qualité des tests utilisés).

L’Espagnol Molina a présenté une solution alternative à la nécessité de confirmer par une culture individuelle une culture de mélange positif : la culture sur mélanges croisés de matières fécales (figure complémentaire “Principe des tests sur échantillons croisés” sur www.WK-Vet.fr) [2]. Les résultats obtenus sur dix mélanges croisés de cinq échantillons et sur des mélanges de 25 échantillons individuels, également testés individuellement par PCR, ont été comparés. Dans le cadre d’un suivi de troupeau de l’infection par Map, cette méthode procédant par recoupement permet l’identification directe des animaux excréteurs. Une forte réduction du nombre de cultures nécessaire pour détecter tous les individus positifs a été observée (- 43 % dans un troupeau ayant une prévalence de 10,2 %). Dans une autre étude sur 699 échantillons croisés citée par Molina, le gain d’analyse atteint même -59,9 %, mais une PCR a alors été nécessaire dans 89 cas pour confirmer le résultat final [2]. La culture croisée sur mélanges reste moins performante que la PCR individuelle seule pour le suivi des troupeaux, mais elle trouve sa place lorsque la culture fécale a été désignée comme la technique officielle pour identifier l’infection par Map dans les cheptels. Stratégie, protocole, coût et type d’échantillonnage restent à préciser pour les tests sur pools de matières fécales.

L’environnement surpasse le lait de tank

Le lait de tank ne semble pas être un bon support pour identifier les troupeaux atteints de paratuberculose, au moins dans le contexte australien des travaux de Gwozdz et coll., avec des cultures radiométriques et la PCR [2]. L’efficacité des mesures d’hygiène lors de la collecte de lait serait en cause. L’environnement serait un meilleur support de recherche pratique et économique pour détecter les cheptels laitiers infectés d’après ce chercheur qui a travaillé avec des cultures radiométriques sur purin prélevé immédiatement après la traite.

Une simple culture sur échantillons prélevés directement dans l’environnement semble beaucoup plus sensible que la PCR en temps réel sur lait de tank pour approcher la prévalence des troupeaux selon les travaux suédois et danois de Herthnek et coll. [2] sur 55 cheptels (tableau 2).

Dans un second volet de ce travail scandinave, seul un cinquième des 89 échantillons de lait de tank récoltés au sein des 34 troupeaux positifs par culture environnementale sont apparus positifs par PCR. De plus, seulement 43 % des cheptels positifs en culture environnementale ont présenté au moins un échantillon de lait positif par PCR. Ainsi, bien que Map puisse être excrété dans le lait ou s’y retrouver par contamination fécale, cette présence n’est effective que dans un faible nombre de laits de tank. La quantité de bactéries pourrait souvent descendre sous la limite de détection en PCR sur lait de tank (effet dilution). La RT-PCR (dans le lait) présente néanmoins l’avantage d’objectiver ou non la présence de Map dans le lait.

L’Elisa sur lait de tank se révèle trop peu sensible pour identifier les troupeaux infectés (trois kits différents étudiés par l’équipe australienne de Gwozdz et coll.) [2]. À condition d’être améliorée, cette méthode pourrait au mieux être utilisée pour détecter les seuls troupeaux dont la prévalence de vaches infectées est forte.

En dépistage individuel, il semble important de différer une sérologie paratuberculose par rapport à une intra-dermo-tuberculination, en raison d’une possible interférence entre les deux tests : des réactions faussement positives peuvent survenir en Elisa, jusqu’à 90 jours après les tests allergiques (travaux brésiliens de Varges et coll.) [2].

Optimiser la coprologie

Même les “vieilles” méthodes de bactérioculture ont fait l’objet d’une réévaluation critique. Par exemple, les Américains Payeur et Capsel concluent que les procédures avec centrifugation du prélèvement sont plus sensibles que celles avec décontamination par sédimentation. De plus, les milieux liquides permettent d’obtenir des résultats plus rapides que le milieu de Herrold usuel [2].

En Allemagne, où les mesures d’hygiène sont strictes et les animaux excréteurs fécaux immédiatement éliminés, une période optimale pour un prélèvement en vue d’une coproculture Map a été recherchée, sans succès (travaux de Gierke et coll. sur l’âge, le stade de lactation, le niveau de production laitière, etc.) [2]. Des facteurs individuels influençant l’excrétion de Map dans tel ou tel troupeau sont mis en évidence, mais ils ne semblent pas pouvoir être généralisés. Ainsi, les animaux âgés présentent un plus grand risque d’excréter la bactérie, mais la culture fécale est également efficace chez les jeunes animaux. Le taux de détection des bovins excréteurs fécaux augmente en répétant les prélèvements, comme cela était déjà établi.

Nouveaux supports de recherche

Outre les fèces, la bactérie peut également être isolée à partir du sang après exposition à Map d’une faible proportion d’animaux avant apparition des signes cliniques, ainsi que sur divers tissus (foie, rate, etc.) (travaux australiens de Bower et coll.) [2].

Map a aussi été recherchée dans le fœtus et les fluides allantoïdiens de bovin (travaux de Buergelt et coll. avec PCR nichée, c’est-à-dire des PCR successives pour gagner en sensibilité et en spécificité). Si cette bactérie est transmissible in utero, l’ADN bactérien est toutefois rarement retrouvé dans les fluides allantoïdiens [2].

Des procédures de diagnostic innovantes sont en voie de développement pour limiter le coût et le temps d’analyse. Ainsi, les anticorps contre Map peuvent être détectés sur du sérum de bovin grâce à un biosenseur (détecteur biologique) conductimétrique (équipe américaine d’Okafor et coll.). Les caséines semblent être aussi des biomarqueurs potentiels de la maladie ; elles sont ainsi plus abondantes dans le lait des vaches infectées (évaluation du protéome du lait et du sérum par l’équipe italienne de Roncada et coll.) [2].

Aucune nouvelle méthode n’est toutefois entièrement validée, ni particulièrement mise en avant en remplacement des techniques actuelles.

Tableau 1 : Évaluation des tests à partir de 58 études

Les tests Elisa semblent soumis à de plus grandes variations que les cultures fécales. Cependant, les résultats obtenus sont similaires. Entre parenthèses : nombre d’études incluses dans la synthèse. La gamme de valeurs est donnée lorsque plus d’une étude a été comptabilisée. La condition “infecté” inclut également les bovins en phases infectieuse (animaux excréteurs) et clinique. D’après [3].

Tableau 2 : Comparaison culture d’environnement et PCR en temps réel sur lait de tank

55 troupeaux au total ont été analysés. La culture sur échantillons d’environnement s’avère a priori performante quant à la sensibilité au niveau du troupeau. D’après les travaux scandinaves de Herthnek et coll. [2].