Le point Vétérinaire n° 273 du 01/03/2007
 

ÉPIDÉMIOLOGIE DES DIARRHÉES NÉONATALES BOVINES

Se former

EN QUESTIONS-RÉPONSES

René Fournier*, Muriel Naciri**


*Intervet SA, Angers Technopole
BP 17144, 49071 Beaucouzé
**Inra, Centre de recherche
de Tours, 37380 Nouzilly

Les cryptosporidies, les rotavirus et les colibacilles CS31A sont les agents les plus souvent identifiés lors de diarrhée néonatale. Des colibacilles autres que ceux du type F5 sont souvent isolés. Les associations sont fréquentes.

Résumé

Une enquête rétrospective, fondée sur des données statistiques de 2003 issues de 11 laboratoires départementaux, a été mise en place pour préciser la prévalence des différents agentsimpliqués dans les diarrhéesnéonatales bovines. Les résultats font apparaître une prévalence élevée des cryptosporidies (34 %), des rotavirus (30 %) et du colibacille de type CS31A (23 %), ainsi que l’importance des combinaisons entre ces trois agents. La recherche des seuls rota­virus, coronavirus, cryptosporidies et colibacilles de type F5 apparaît incomplète car des souches d’Escherichia coli autres que F5 sont détectées dans plus d’un tiers des prélèvements lorsqu’un typage des colibacilles est réalisé.

Les diarrhées néonatales du veau ont un impact économique majeur en élevage bovin. Elles représentent 60 à 80 % des symptômes observés pendant le premier mois de vie et concernent environ un veau sur cinq.

Les mesures hygiéniques et sanitaires sont primordiales pour prévenir les diarrhées chez le jeune veau, mais elles ne suffisent pas toujours. Le traitement des veaux malades, pour être pleinement efficace, nécessite de connaître avec précision l’identité des agents responsables de la diarrhée.

Une enquête de prévalence sur différents agents pathogènes impliqués dans les diarrhées néonatales du veau a été réalisée à partir des résultats fournis par 11 laboratoires d’analyses départementaux répartis sur tout le territoire : Cantal, Côtes-d’Armor, Ille-et-Vilaine, Isère, Meurthe-et-Moselle, Pas-de-Calais, Puy-de-Dôme, Pyrénées-Atlantiques, Saône-et-Loire, Seine-Maritime et Haute-Vienne (voir la FIGURE complémentaire “Départements participant à l’enquête 2003 de prévalence des diarrhées néonatales du veau”, sur planete-vet.com).

Les résultats concernent les analyses réalisées au cours de l’année 2003 à partir de fèces prélevées chez de jeunes veaux diarrhéiques.

Quels sont les agents pathogènes recherchés ?

Dans un souci de simplification, l’enquête s’est limitée aux agents les plus fréquemment recherchés en routine : coronavirus, rotavirus, crypto­sporidies et colibacilles.

Elle ne concerne donc pas les salmonelles (fréquence moindre), les coccidies du genre Eimeria (non isolées avant 18 à 21 jours), le virus BVD (non recherché dans les fèces), et les autres agents moins fréquents ou moins souvent recherchés (Giardia, etc.) (voir l’ENCADRÉ “Trois groupes d’agents pathogènes responsables de diarrhée néonatale”).

De même, l’enquête ne vise pas directement le colibacille F5, à l’origine de diarrhée chez le veau, en particulier dans les tous premiers jours de vie. Cette étude cible les résultats d’analyse de prélèvements fécaux chez des veaux diarrhéiques âgés de 4 à 21 jours.

Quelle est la principale difficulté de ce type d’étude ?

Les résultats sont obtenus à partir de techniques d’analyse parfois différentes et leur présentation n’est pas identique pour tous les laboratoires sondés (voir le TABLEAU complémentaire “Méthodes d’analyse utilisées par les laboratoires inclus dans l’enquête”, sur planete-vet.com). De plus, pour un prélèvement fécal donné, la demande du praticien peut varier en fonction de l’orientation diagnostique ou des éventuelles analyses partielles déjà réalisées. La recherche peut alors cibler un ou plusieurs agents individuels ou être plus complète (voir l’ENCADRÉ “Différentes analyses réalisées dans l’enquête”).

Une recherche “tétravalente” coronavirus, rotavirus, cryptosporidies et E. coli F5 sur prélèvement fécal de veau est classiquement effectuée par les laboratoires, à la demande du praticien ou spontanément en l’absence de précision.

Des kits Elisa permettent d’obtenir des résultats rapides et pour un coût acceptable. Toutefois, cette recherche est incomplète et ne cible pas, par exemple, les colibacilles porteurs du facteur d’attachement CS31A.

Quels sont les résultats des recherches individuelles ?

Les deux agents individuels les plus fréquemment isolés sont les cryptosporidies et les rotavirus, présents chacun dans environ 30 % des échantillons (voir la FIGURE complémentaire “Pourcentage d’identifications des principaux agents de diarrhée néonatale dans le cadre d’une recherche individuelle par agent”, sur planete-vet.com, et la FIGURE “Principaux agents de diarrhée néonatale identifiés lors de recherche individuelle par agent”). Coronavirus et colibacille CS31A ont été identifiés dans environ 20 % des cas. En revanche, E. coli F5 est assez peu mis en évidence (7 %).

1. Variations régionales

Les cryptosporidies apparaissent surreprésentées en Haute-Vienne (52 %) et rarement isolées dans les Côtes-d’Armor (6 %). La proportion de prélèvements où sont isolées des cryptosporidies est supérieure dans les deux départements de tradition allaitante qui ont participé à l’étude (Saône-et-Loire et Haute-Vienne). La proportion de colibacilles CS31A et de coronavirus isolés en Saône-et-Loire est supérieure à la moyenne “nationale” de l’échantillon. Pour les rotavirus, d’un laboratoire à un autre, la fréquence d’isolement est peu variable (27 à 37 %).

2. Variation de la prévalence en fonction de l’âge

Seules les cryptosporidies sont beaucoup plus souvent isolées lorsque les veaux sont âgés de 4 à 21 jours (50 % de prélèvements positifs pour cet agent). Cette période correspond à la fenêtre d’expression clinique de l’infection crypto­sporidienne.

Quels sont les résultats des recherches tétravalentes classiques ?

Sur 1 056 recherches tétravalentes classiques (coronavirus, rotavirus, E. coli) issues des cinq laboratoires les effectuant, au moins un des quatre agents recherchés a été isolé dans 76 % des cas. C. parvum est, comme précédemment, le plus souvent isolé (42 % des prélèvements positifs), seul ou en association. Ensuite, par ordre de fréquence, les rotavirus sont identifiés environ une fois sur trois, les coronavirus une fois sur six et les colibacilles F5 moins d’une fois sur dix (voir la FIGURE complémentaire “Pourcentage d’identifications de quatre agents de diarrhée néonatale lors de recherche tétravalente”, sur planete-vet.com, et la FIGURE “Identification de quatre agents de diarrhée néonatale lors de recherche tétravalente classique”).

1. Variabilité géographique

Dans les Côtes-d’Armor, E. coli F5 apparaît surreprésenté et, à l’inverse, les cryptosporidies sont rarement identifiées. Les coronavirus sont mis en évidence de façon variable selon les départements : par exemple, 5 % de prélèvements sont positifs pour ce virus dans les Pyrénées-Atlantiques, contre 25 % en Meurthe-et-Moselle. La fréquence d’isolement des rotavirus est plus stable d’un laboratoire à un autre.

2. Association des agents pathogènes

Au moins deux agents sont identifiés pour 27 % des analyses tétravalentes classiques positives (voir la FIGURE complémentaire “Part des associations dans les identifications de quatre agents de diarrhée néonatale lors de recherche tétravalente classique”, sur planete-vet.com). Lorsqu’ils sont détectés, les virus sont mis en évidence seuls moins d’une fois sur deux. À l’inverse, les crypto­sporidies et E. coli F5 sont détectés seuls dans environ deux tiers des cas (respectivement 64 % et 67 %) (voir la FIGURE “Répartition des identifications positives de cryptosporidies lors de recherche tétravalente classique”). L’association la plus fréquente est celle des cryptosporidies et des rotavirus.

Quels sont les résultats des recherches tétravalentes avec typage des colibacilles ?

Lors de recherche tétravalente avec typage des colibacilles CS31A, F17 et F41 (89 % des prélèvements), les agents les plus souvent isolés sont les cryptosporidies (30 %), les rotavirus (29 %), mais aussi les colibacilles CS31A (26 %) (voir la FIGURE complémentaire “Pourcentage d’isolements des principaux agents de diarrhée néonatale lors de recherche tétravalente avec typage des colibacilles”, sur planete-vet.com, et la FIGURE “Identification des principaux agents de diarrhée néonatale lors de recherche tétravalente avec typage des colibacilles”). Des souches F17 (FY) (11 % des prélèvements) et des souches F41 (5 %) ont aussi été trouvées, parmi les E. coli typés. Seulement 9 % des échantillons sont positifs pour E. coli F5.

1. Variation entre les départements

Les fréquences d’identification de rotavirus et de colibacilles CS31A varient peu d’un département à l’autre, contrairement à celles des cryptosporidies, peu rencontrées dans les Côtes-d’Armor (7 %) et surreprésentées dans le Cantal (52 %). La fréquence d’identification des autres colibacilles typés varie aussi beaucoup entre les laboratoires : de 3 à 33 % pour les souches F5, de 3 à 24 % pour les F17 et de 0 à 10 % pour les F41.

2. Association des agents pathogènes

Lors de recherche incluant le typage colibacillaire, les associations d’agents pathogènes dominent (voir la FIGURE “Identifications comparées des principaux agents de diarrhée néonatale, seuls ou associés, lors de recherche tétravalente avec typage des colibacilles”). Coronavirus, rotavirus et cryptosporidies sont identifiés en association avec au moins un autre agent dans 80 % des cas. Pour les colibacilles typés par agglutination, les associations représentent entre 57 % des identifications pour les souches F41 et 79 % pour les souches F17 (72 % pour les souches CS31A). En revanche, E. coli F5 est retrouvé seul plus d’une fois sur deux.

Deux agents ou plus sont mis en évidence dans presque 60 % des cas (un seul : 30 %, aucun : 10 %). Sur les analyses positives, plus d’un agent est retrouvé deux fois sur trois. Les associations les plus fréquentes sont celles de cryptosporidies avec des colibacilles. Elles représentent 17 % de tous les prélèvements pour les seules souches F5, CS321A, F17 et F41, mais 35 % en intégrant les autres souches qui ne peuvent pas être typées, recherchées par seulement certains laboratoires de l’enquête. Lorsque C. parvum est isolé, il l’est en association avec au moins un des quatre colibacilles classiquement typés dans 44 % des cas (dont 30 % pour le seul colibacille CS31 A). L’association des rotavirus avec d’autres agents pathogènes est fréquente également : par exemple, un tiers des prélèvements sont, positifs aussi pour C. parvum (voir la FIGURE “Répartition des associations avec Cryptosporidium parvum lors de recherche tétravalente avec typage des colibacilles”).

Dans 27 % des prélèvements, au moins deux des trois agents C. parvum, rotavirus et colibacille CS31A sont identifiés ensemble.

Quelles sont les limites liées aux méthodes d’analyse ?

Pour la recherche des virus et des colibacilles, les 11 laboratoires utilisent globalement les mêmes méthodes (sauf un qui met en œuvre l’agglutination pour la recherche du colibacille F5, et non l’Elisa), ce qui permet de comparer les résultats de prévalence entre départements.

Pour les cryptosporidies, la plupart des laboratoires emploient une technique de coloration sans concentration, un seul n’utilise que l’Elisa, plus sensible pour cette recherche.

Quelles sont les limites liées aux commémoratifs ?

• L’âge des veaux prélevés n’a pas toujours été mentionné sur la fiche de commémoratifs, ainsi toutes les analyses ne concernent pas nécessairement des veaux âgés de 4 à 21 jours, visés dans cette étude. Pour apprécier ce biais, les résultats concernant les seuls veaux de cette classe d’âge ont été comparés avec les résultats globaux. Aucune différence importante ne ressort dans les valeurs moyennes pour l’ensemble des laboratoires (voir les TABLEAUX complémentaires “Pourcentages d’isolements comparés des principaux agents de diarrhée néonatale lors de recherche individuelle par agent sur fèces de jeunes veaux” et “Pourcentages d’isolements comparés des principaux agents de diarrhée néonatale, seuls ou associés, dans les recherches tétravalentes”, sur planete-vet.com).

• À l’échelle d’un département, un biais dans l’âge des animaux prélevés peut expliquer une fréquence locale d’identification d’un agent différente de la moyenne observée pour l’ensemble des laboratoires. Si un nombre significatif de recherches ont été réalisées sur des prélèvements en provenance de veaux de moins de quatre jours, la fréquence d’isolement des colibacilles F5 devrait être plus élevée. Cela pourrait également expliquer que E. coli F5 soit trouvé assez peu souvent en association car les veaux concernés sont trop jeunes pour que la diarrhée soit provoquée par des agents autres que E. coli F5. À l’inverse, si des analyses ont été effectuées sur des fèces de veaux âgés de plus de trois semaines, la fréquence d’identification des différents agents devrait diminuer. Outre l’âge, la race des veaux prélevés n’a pu être rapprochée des résultats d’analyses, alors que des différences sont mises en évidence entre des départements à dominante allaitante et d’autres à dominante laitière.

Quel est le biais lié à des analyses antérieures ?

Les résultats d’analyses antérieures effectuées par le praticien ne sont pas disponibles dans cette étude. Or des colorations, des tests Elisa ou des bandelettes de diagnostic rapide ont pu être utilisés par le praticien pour rechercher des rotavirus, des coronavirus, des cryptosporidies et des colibacilles F5 (et même des colibacilles CS31A avec le test Speed V Diar® 5). Dans ce contexte, un prélèvement est envoyé en parallèle au laboratoire départemental parce que le résultat de l’analyse préalable est négatif ou que le traitement spécifique mis en œuvre a échoué, d’où l’idée qu’un (ou plusieurs) autre agent était associé. Dans ces cas, la demande de recherche cible le plus souvent les colibacilles autres que E. coli F5. Sur ces prélèvements ciblés, la fréquence d’isolement des colibacilles CS31A (s’il n’a pas déjà été recherché), FY et F41 risque donc d’être surévaluée (et celle des rotavirus, coronavirus, cryptosporidies et colibacilles F5 sous-évaluée).

Quel est l’effet du type de recherche sur la prévalence ?

Quel que soit le type de recherche, la hiérarchie entre les agents demeure identique et les prévalences calculées sont assez peu différentes (même si ces moyennes ne correspondent alors pas aux mêmes départements) (voir le TABLEAU complémentaire “Pourcentage d’identifications des principaux agents de diarrhée néonatale selon le type de recherche sur des fèces de jeunes veaux dans 12 départements français”, sur planete-vet.com).

Quelles sont les conclusions des autres enquêtes de prévalence ?

Les études publiées récemment en France concernant la recherche tétravalente et le typage des colibacilles mettent en évidence la prédominance des cryptosporidies, des colibacilles CS31A et des rotavirus, comme dans notre enquête (voir le TABLEAU “Prévalences comparées des principaux agents de diarrhée néonatale chez le veau”). C. parvum semble dominer dans le Massif central et les départements environnants (Cantal et Creuse, par exemple) dans les différentes études, y compris dans celle-ci.

Quelle est l’importance relative des différentes souches de colibacilles ?

Dans toutes les enquêtes, E. coli CS31A arrive en tête des colibacilles isolés (voir le TABLEAU “Importance relative des quatre principaux colibacilles responsables de diarrhée néonatale chez le veau qui peuvent être typés”), largement devant E. coli F17 et encore plus devant E. coli F41. D’autres colibacilles pathogènes sont impliqués dans les diarrhées néonatales du veau. Dans une étude réalisée dans le Grand-Ouest, Mathevet (2006) rapporte que 31 % de colibacilles ne peuvent pas être typés (tous les colibacilles non typables ne sont cependant pas pathogènes) [3].

Si le résultat est négatif sur une recherche tétravalente simple, l’implication d’un colibacille autre que E. coli F5 doit donc être envisagée, sachant que les souches CS31A, F17 ou F41 sont mises en évidence entre une fois sur trois et une fois sur deux dans les différentes enquêtes. Cette fréquence est encore plus importante lorsque tous les colibacilles, même ceux qui ne peuvent être typés, sont recherchés.

Même en cas de résultat positif, un colibacille autre que F5 peut être associé. Le cas de E. coli F5 est particulier car son implication dépend de l’âge des veaux prélevés. Les variations constatées de sa prévalence sont donc délicates à interpréter.

Quelle est l’importance des cryptosporidies ?

La forte prévalence de C. parvum sur le panel des 11 départements de l’étude (34 %) est cohérente avec les résultats complémentaires qui ont été collectés sur la même période (voir la FIGURE “Pourcentages d’isolements comparés de C. parvum dans différents laboratoires départementaux”) et avec ceux d’enquêtes antérieures réalisées sur le territoire national (voir le TABLEAU “Prévalences comparées de ).

Le traitement des gastro-entérites du jeune veau, pour être efficace, doit intégrer la possibilité d’une étiologie multiple des agents responsables. La réalisation d’une recherche la plus complète possible est recommandée.

Trois groupes d’agents pathogènes responsables de diarrhée néonatale

Les agents pathogènes responsables de diarrhée peuvent être répartis en trois groupes.

Les virus sont essentiellement les coronavirus et les rotavirus, ainsi que le virus de la diarrhée virale bovine (BVD), voire les torovirus et calicivirus (virus émergents). D’autres virus sont isolés dans les matières fécales de veaux diarrhéiques, mais leur pouvoir pathogène n’a pas été clairement démontré (astrovirus, parvovirus, etc.).

Les bactéries sont représentées surtout par Escherichia coli et, à un moindre degré, Salmonella, Clostridium, Yersinia, Campylobacter, etc.

Les parasites sont Cryptosporidium parvum, Eimeria (non retrouvé dans les fèces avant 18 à 21jours), Giardia duodenalis, Strongyloides, etc.

Notre enquête cible les agents les plus fréquem­ment recherchés en routine : les coronavirus, les rotavirus, les cryptosporidies et les colibacilles.

Différentes analyses réalisées dans l’enquête

Trois types de tableaux d’analyse ont été renseignés dans l’enquête.

Recherche d’agents individuels (ou pour des résultats exploitables uniquement en individuel) : huit laboratoires sur onze.

Recherche tétravalente classique : recherche conjointe de rotavirus, de coronavirus, de cryptosporidies et de colibacilles F5, sans recherche des autres colibacilles : six laboratoires sur onze.

Recherche tétravalente, avec typage des autres colibacilles : sept laboratoires sur onze.

Un même laboratoire peut mettre en œuvre différents tableaux de recherche en s’adaptant au contexte, ce qui explique le total supérieur à 11.

Remerciements aux laboratoires départementaux, à Sylvain Geslain pour le dépouillement des données, à Didier Guérin et Renaud Maillard pour les relectures.

Points forts

C. parvum est isolé en association avec au moins un des quatre colibacilles classiquement typés dans 44 % des cas.

L’association des rotavirus avec d’autres agents pathogènes est fréquente.

C. parvum semble dominer dans le centre de la France dans les différentes études.

Si le résultat d’une recherche tétravalente simple est négatif, l’implication d’un colibacille autre que E. coli F5 doit être envisagée.

Congrès

a - Guérin D. Diarrhées néonatales en élevage allaitant. Démarche diagnostique de troupeau. Recueil de la Journée bovine nantaise, 6 octobre 2005 : 49-53.

b - Quillet JM, Ogier de Baulny M, Assié S et coll. Agents pathogènes mis en évidence chez des veaux lors de gastro-entérites néonatales dans les troupeaux bovins de Vendée. Recueil Journée bovine nantaise, 7 octobre 2004 : 69-72.

  • 1 - Bourgoin H. La place de la cryptosporidiose dans les maladies néonatales du veau en Corrèze. Bull. GTV. 1996 ; 2-B-518 : 19-41.
  • 2 - Lefay D, Naciri M, Poirier P et coll. Prevalence of Cryptosporidium infection in calves in France. Vet. Parasitol. 2000 ; 89(1-2): 1-9.
  • 3 - Mathevet P. Données épidémiologiques sur les diarrhées néonatales du veau. Bull. GTV. 2006 ; 34 : 93-98.
  • 4 - Naciri M, Lefay MP, Mancassola R et coll. Role of Cryptosporidium parvum as a pathogen in neonatal diarrhoea complex in suckling and dairy calves in France. Vet. Parasitol. 1999 ; 85(4): 245-257.

Principaux agents de diarrhée néonatale identifiés lors de recherche individuelle par agent

Cryptosporidies et rotavirus sont les deux agents les plus souvent isolés dans le cadre d’une recherche individuelle (moyenne sur six départements français). Les données qui ont permis d’établir cet histogramme sont disponibles sur planete-vet.com

Identification de quatre agents de diarrhée néonatale lors de recherche tétravalente classique

Les cryptosporidies dominent (moyenne sur cinq départements français). Sur les recherches positives, elles sont mises en évidence plus d’une fois sur deux (54 %). Les données qui ont permis d’établir cet histogramme sont disponibles sur planete-vet.com

Répartition des identifications positives de cryptosporidies lors de recherche tétravalente classique

L’association la plus fréquente est celle des cryptosporidies et des rotavirus (moyenne sur cinq départements français).

Identification des principaux agents de diarrhée néonatale lors de recherche tétravalente avec typage des colibacilles

Les souches CS31A (non recherchées avec les kits tétravalents classiques) ressortent ici avec un prévalence relative non négligeable dans les fèces de jeunes veaux (moyenne sur sept départements français). Les données qui ont permis d’établir cet histogramme sont disponibles sur planete-vet.com

Identifications comparées des principaux agents de diarrhée néonatale, seuls ou associés, lors de recherche tétravalente avec typage des colibacilles

Les associations de pathogènes dominent largement (moyenne sur sept départements français).

Répartition des associations avec Cryptosporidium parvum lors de recherche tétravalente avec typage des colibacilles

Moyenne sur sept départements. Les associations C. parvum avec E. coli CS31A ou le rotavirus sont les plus fréquentes.

Pourcentages d’isolements comparés de C. parvum dans différents laboratoires départementaux

En jaune : enquête LDA 2003. En vert : données 2004 pour le LDA 19 (Corrèze), 2005 pour le LDA 44 (Loire-Atlantique), 2004-2005 pour le LDA 79 (Deux-Sèvres), 2002-2004 pour le LDA 85 (Vendée), 2003-2005 pour le LDA 23 (Creuse) [a, b]. Les données concernant la prévalence de C. parvum dans les 11 départements de l’étude ont été associées à celles de cinq autres départements pour lesquels elles ont été publiées ou récupérées (en vert). L’ensemble apparaît cohérent.

Prévalences comparées des principaux agents de diarrhée néonatale chez le veau

Enquêtes réalisées en France. Cryptosporidies ou colibacilles CS31A figurent toujours au premier rang des isolements, quel que soit le département ou la zone géographique étudié.

Importance relative des quatre principaux colibacilles responsables de diarrhée néonatale chez le veau qui peuvent être typés

Enquêtes réalisées en France. E. coli CS31A arrive toujours largement en tête des colibacilles isolés.

Prévalences comparées de C. parvum chez des veaux diarrhéiques dans différentes enquêtes réalisées en France