Projet d’observatoire de la mortalité des animaux de rente : une nouvelle approche de la surveillance - Le Point Vétérinaire expert rural n° 325 du 01/05/2012
Le Point Vétérinaire expert rural n° 325 du 01/05/2012

ÉPIDÉMIOLOGIE

Article de synthèse

Auteur(s) : Jean-Baptiste Perrin*, Christian Ducrot**, Pascal Hendrikx***, Didier Calavas****

Fonctions :
*Unité épidémiologie
Anses-Laboratoire de Lyon,
31, avenue Tony-Garnier, 69007 Lyon
**Unité d’épidémiologie animale, UR 346, Inra,
63122 St-Genès-Champanelle
***Unité d’épidémiologie animale, UR 346, Inra,
63122 St-Genès-Champanelle
****Unité surveillance épidémiologique,
Anses – Direction scientifique des laboratoires,
31, avenue Tony-Garnier, 69007 Lyon
jean-baptiste.perrin@anses.fr
*****Unité épidémiologie
Anses-Laboratoire de Lyon,
31, avenue Tony-Garnier, 69007 Lyon

L’observatoire OMAR s’appuierait sur le système EDI-SPAN de l’équarrissage, plus réactif que la Base de données nationale d’identification bovine.

Une nouvelle approche dénommée “surveillance syndromique” fait actuellement l’objet d’un intérêt croissant en épidémiologie vétérinaire (encadré 1) [2, 3]. Associé à des systèmes de surveillance traditionnels, ce type de dispositif vise à améliorer la détection d’événements sanitaires inattendus. Il peut aussi être utilisé pour évaluer rapidement l’impact d’événements identifiés et potentiellement dangereux.

→ Au cours des années 2000, des systèmes d’information centralisés recueillant de manière exhaustive et rapide des données sur la mortalité des animaux d’élevage ont été mis en place en France. Les nombreuses données de mortalité déjà collectées en routine ne pourraient-elles pas être employées comme un indicateur dans un dispositif de surveillance syndromique ? C’est de cette question qu’est né le projet d’observatoire de la mortalité des animaux de rente (OMAR). Ce programme est mené conjointement par l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) et l’Institut national de la recherche agronomique (Inra), et est financé par la Direction générale de l’alimentation (Dgal). Il a pour objectif de concevoir un système exploitant les données disponibles sur la mortalité pour détecter l’apparition de foyers infectieux ou d’autres phénomènes de santé dans le cheptel français.

→ L’évaluation de la pertinence de l’approche, de la qualité des données et des performances des outils de détection d’anomalies fait actuellement l’objet d’un projet de recherche qui se terminera en septembre 2012. Si les conclusions de ce travail sont favorables, le projet OMAR pourrait alors entrer dans une phase opérationnelle. Un véritable système de surveillance pourrait être implémenté.

Les premiers travaux se sont limités à l’espèce bovine. Les informations sur la population vivante y sont plus précises, en raison du système d’identification mis en place depuis plus de 30 ans. Ainsi, les dates de naissance et de mort, et les mouvements de chaque animal sont parfaitement déterminés.

Dans un premier temps, le niveau de référence de la mortalité bovine en regard duquel des anomalies pouvaient être mises en évidence a été décrit et modélisé. Dans un second temps, ce modèle a été utilisé pour estimer des excès de mortalité en 2007 et en 2008, années au cours desquelles l’épizootie de fièvre catarrhale ovine (FCO) s’est propagée dans le cheptel français. Après ces études réalisées de manière rétrospective, les travaux actuels se concentrent sur le développement d’outils capables d’analyser en temps réel le flux de données en provenance des équarrissages.

SOURCES DE DONNÉES : DE LA BDNI À L’ÉDI-SPAN

En France, deux principales sources de données sur la mortalité bovine sont susceptibles d’être exploitées dans le cadre du projet OMAR. Parallèlement à la Base de données nationale d’identification bovine (BDNI), le ministère en charge de l’Agriculture a, en effet, mis en place en 2006 un système original d’Échange de Données Informatisées sur les Sous-Produits ANimaux (ÉDI-SPAN), dont font partie les cadavres des bêtes (encadré 2).

1. Couverture du cheptel

La BDNI couvre théoriquement l’ensemble du cheptel bovin car les propriétaires sont légalement tenus de notifier, dans les 7 jours, les informations sur leurs animaux et leurs mouvements. La conformité de ces déclarations est l’un des principaux objets de contrôle par les services vétérinaires (contrôles de l’Identification permanente et généralisée [IPG]).

L’ÉDI-SPAN est également supposé être complet et couvrir l’ensemble de la population bovine française. En effet, le recours à l’équarrissage est obligatoire pour les animaux ou le groupe d’animaux de plus de 40 kg morts dans un élevage. De plus, l’organisation des activités d’équarrissage est très centralisée et industrialisée depuis une loi du 31 décembre 1975 (remplacée en partie par le règlement n° 1774/2002 de l’Union européenne). À ce jour, le territoire est couvert par trois principales sociétés gérant 53 centres de collecte et 11 usines de transformation [1]. Toutes sont reliées au système ÉDI-SPAN.

2. Qualité des données

La cohérence “interne” des informations enregistrées dans la BDNI peut être aisément évaluée, par exemple en contrôlant si les dates enregistrées pour le même mouvement par le vendeur et par l’acheteur sont identiques, ou si un animal notifié mort n’a aucun mouvement ultérieur à sa date de mort. En revanche, il est plus difficile de valider ces données à partir de sources extérieures. Les contrôles officiels IPG révèlent régulièrement des erreurs de notification (même si des progrès sont observés), et notamment une sous-déclaration des morts de veaux, qui représentent la catégorie de cadavres la plus importante. La fréquence de ces sous-déclarations est délicate à estimer. L’exploitation des données de l’ÉDI-SPAN offrira une nouvelle occasion d’apprécier la qualité de celles enregistrées dans la BDNI, en procédant par comparaison. Une analyse préliminaire suggère que le nombre de morts notifiées par les éleveurs est inférieur à celui de cadavres de bovins collectés par les centres d’équarrissage. L’importance et les causes de cet écart doivent être davantage étudiées.

3. Délais de notification

Pour que les données de mortalité soient exploitées dans un objectif d’épidémiosurveillance, il convient qu’elles soient disponibles rapidement. Les notifications des sorties d’exploitation pour cause de mortalité font partie des informations pour lesquelles les délais de notification à la BDNI sont les plus longs (près de 20 % sont effectuées au-delà du délai réglementaire de 7 jours). La notification d’une mort est beaucoup plus rapide via l’ÉDI-SPAN puisque les éleveurs doivent appeler, selon le Code rural, dans un délai de 48 heures après la mort de l’animal (lequel est la plupart du temps respecté) et que les équarisseurs transmettent quotidiennement les fichiers correspondant aux demandes d’enlèvement. Le délai d’obtention des données sur les enlèvements réalisés est, en revanche, plus long : celles-ci sont transmises dans les 7 jours suivant le ramassage du cadavre. Or la collecte peut être effectuée jusqu’à 2 jours francs après la demande de l’éleveur (figure 1).

4. Utilisation des bases

La BDNI contient un historique de données plus important. Aussi a-t-elle été utilisée pour modéliser le niveau de référence de la mortalité des bovins et effectuer les analyses rétrospectives des excès de mortalité associés aux épizooties passées.

En revanche, comme l’ÉDI-SPAN présente des délais de notification plus courts, c’est ce système qui est actuellement évalué pour étudier en temps réel la mortalité, afin de l’utiliser comme un indicateur de surveillance syndromique.

DÉFINITION D’UN NIVEAU DE RÉFÉRENCE DE LA MORTALITÉ

1. Analyse des fluctuations de la mortalité de 2003 à 2009

Faute de données disponibles ou d’intérêt pour le sujet, la mortalité bovine n’avait fait l’objet d’aucune étude approfondie en France. Or l’étape préalable et nécessaire à la conception d’un système de surveillance capable de détecter la survenue d’anomalies consiste à définir le niveau de référence du signal étudié. Les premiers travaux réalisés dans le cadre d’OMAR se sont donc attachés à décrire et à modéliser la mortalité bovine, à partir des données enregistrées dans la BDNI depuis 2003 [5]. Une analyse descriptive poussée des informations collectées a été conduite afin d’établir des valeurs de référence selon la période, l’aire géographique, la sous-population considérée, etc. Cette première étape a permis d’identifier et de quantifier les variations temporelles de la mortalité bovine en France (tendance croissante ou décroissante, fluctuations saisonnières), ainsi que sa distribution sur le territoire (homogène ou hétérogène) et parmi les sous-populations (âge, sexe, race, etc.) (figure 2).

Les résultats de ces analyses descriptives ont été compilés dans des rapports départementaux, édités de manière automatique et personnalisée pour chaque département, et envoyés aux directions départementales en charge de la protection des populations (DDPP) pour assurer leur diffusion auprès de tous les acteurs de la santé animale locaux concernés. Cette démarche a permis de valider les données et d’effectuer un premier retour d’informations auprès des personnes qui alimentent le système.

Une analyse synthétique à l’échelle nationale a aussi été réalisée. Les résultats détaillés de cette analyse ont été publiés et sont accessibles via Internet [5].

2. Enquête sur les causes de mortalité

Une enquête postale a également permis de recueillir des données actualisées sur les origines et les circonstances des morts de bovins en élevage. En un an (novembre 2010-novembre 2011), 50 000 questionnaires ont été envoyés de façon aléatoire : chaque semaine, un échantillon de bovins morts a été tiré au sort parmi ceux dont l’enlèvement avait été notifié via l’ÉDI-SPAN. Puis un questionnaire personnalisé a été édité et envoyé au propriétaire de chacun des animaux tirés au sort. Les 20 000 exemplaires retournés par les éleveurs sont en cours d’analyse. Les résultats devraient permettre de mieux comprendre les fluctuations observées dans l’historique des données et d’améliorer les modèles de prédiction. Il s’agit aussi d’évaluer la pertinence de l’utilisation de l’ÉDI-SPAN pour la surveillance épidémiologique.

3. Identification et quantification rétrospectives des excès de mortalité

L’impact de l’épizootie de FCO sur la mortalité du cheptel bovin ayant été relativement peu documenté, les données de la BDNI ont été utilisées pour estimer de manière rétrospective la surmortalité observée en 2007-2008, selon une méthode développée par les agences de santé humaine.

L’évolution de la mortalité a été étudiée dans la Meuse, puis dans l’ensemble des départements français [6, 7]. Une corrélation claire entre la distribution spatio-temporelle des excès de mortalité et celle des notifications de foyers a pu être mise en évidence (figure 3). Un excès d’environ 125 000 morts de bovins a été estimé pour la France en 2008. La distribution spatio-temporelle suggérait un lien à l’épizootie de FCO. Cette approche s’est donc révélée utile pour compléter l’estimation rétrospective de l’impact de l’épizootie. Elle vient en complément des informations fournies par les approches classiques fondées sur des enquêtes, qui ont leurs propres limites (représentativité, manque de recul ou biais de mémoire, coût, etc.). En revanche, il est difficile de savoir si ce genre d’outil aurait permis de détecter plus rapidement l’apparition et l’extension de la maladie que les systèmes de notification dédiés.

PERSPECTIVES

1. Conception du dispositif de surveillance

L’objectif est désormais d’adapter la méthode d’analyse utilisée dans l’étude rétrospective décrite ci-dessus pour évaluer en temps réel les demandes d’enlèvement transmises par les centres d’équarrissage [4]. La recherche d’anomalies se réaliserait alors de la manière suivante :

– modélisation à partir de l’historique disponible des fluctuations “normales” du nombre de demandes d’enlèvement (cet indicateur présente des variations systématiques saisonnières, mais aussi hebdomadaires) (figure 4) ;

– estimation du nombre de demandes d’enlèvement attendu dans la population sous surveillance ;

– comparaison du nombre de demandes attendu avec celui qui a été observé afin de détecter les augmentations anormales.

Ces analyses temporelles pourraient être complétées par des études spatiales, destinées à identifier les regroupements (clusters) d’unités épidémiologiques (par exemple, des élevages ou des communes) en excès de mortalité par rapport à leur historique.

Le rythme (quotidien, hebdomadaire, etc.) et l’échelle (nationale, régionale, départementale, etc.) les plus adéquats pour rechercher des excès de mortalité restent toutefois à définir. En effet, la stratégie d’analyse la plus pertinente est difficile à déterminer dans la mesure où les caractéristiques des signaux à détecter (distribution des morts excédentaires dans le temps et l’espace) ne sont pas connues a priori, le système n’étant pas destiné à cibler une maladie en particulier. Toutefois, considérant que les alarmes statistiques lancées par le système devront être interprétées et, si elles sont validées, donner lieu à des investigations sur le terrain, l’échelle et la fréquence des analyses seront probablement définies selon les capacités d’intervention correspondantes (aux niveaux national, régional et départemental).

2. Évaluation des performances

En plus des difficultés techniques et méthodologiques, l’utilisation des données de mortalité à des fins de surveillance épidémiologique soulève encore des questions. Une augmentation de la mortalité est-elle un signal sensible et rapide pour détecter des événements sanitaires imprévus ? Le travail de recherche en cours se terminera par l’évaluation des performances du système (sensibilité, précocité, spécificité, etc.) sur différents types de signaux représentatifs de plusieurs sortes d’événements. La distribution (dans le temps, l’espace et la population) des morts excédentaires seront, en effet, différentes selon l’événement considéré (maladie infectieuse à transmission par contact ou diffusion aérienne, affection vectorielle, intoxications, vague de chaleur, etc.). Aucune méthode standardisée permettant la validation de tels systèmes de surveillance et la comparaison de leurs performances n’existe. Plusieurs possibilités sont envisageables, comme la validation rétrospective sur des données réelles, lorsque l’historique disponible le permet, ou simulées.

3. Informations sur les causes de mort

Un système permettant de suivre les taux de mortalité selon les causes serait plus sensible qu’une surveillance de la mortalité brute. L’évolution du nombre de morts associées à un syndrome défini (mort au vêlage, diarrhée, pneumonie, mort subite, vêlage difficile, accident, etc.) pourrait produire des alertes plus précises et faciliter les investigations lancées après celles-ci.

Cette donnée n’est pas disponible à ce jour, mais certains équarrisseurs envisagent d’offrir aux éleveurs la possibilité d’apporter des informations sur l’origine ou les circonstances de la mort de l’animal lors de la demande d’enlèvement. Le taux de réponses élevé à l’enquête sur la mortalité bovine (fondée sur le volontariat) suggère qu’un tel système pourrait fonctionner. Il convient, toutefois, d’évaluer la qualité et l’exploitabilité de cette information “au dire d’éleveurs”, avec, par exemple, une mention permettant d’estimer le degré de certitude si une cause de mort est proposée (notamment selon la participation ou non du vétérinaire).

Toutefois, d’après l’exemple récent du virus Schmallenberg, il apparaît que même des informations simples pourraient être d’un grand intérêt pour la surveillance épidémiologique si elles étaient collectées de manière systématique. En effet, il aurait été appréciable de pouvoir suivre en temps réel le nombre de veaux morts en raison d’une malformation de naissance pour confirmer ou infirmer l’impact de la maladie dans le cheptel bovin (photo).

Conclusion

Il existe peu de dispositifs qui collectent, compilent, analysent et interprètent en temps réel des données sur la mortalité. En France, par exemple, le système de notification électronique des décès humains est encore en cours de généralisation et seules 5 % des morts font l’objet d’une certification électronique (le reste se trouvant toujours sous format papier). À ce titre, le système ÉDI-SPAN représente un outil très prometteur.

La préétude qui a été menée montre que les conditions de mise en œuvre d’un dispositif de surveillance de la mortalité des animaux de rente sont à présent réunies. Ce procédé non spécifique constituerait un outil complémentaire des systèmes de surveillance traditionnels, qui ciblent des maladies prédéfinies et se fondent sur des tests de laboratoire. Il serait, en effet, susceptible de détecter de nouveaux troubles de santé pour lesquels il n’existe aucun système dédié. Si les performances de détection du dispositif restent à confirmer, en revanche, sa capacité à mesurer en temps quasi réel l’impact d’événements bien identifiés est déjà démontrée et semble justifier à elle seule l’implémentation du système.

Références

  • 1. Bonjour P, Gauffier A, Perrin J-B. Animal mortality: a multipurpose source of information. The French experience. Ed. Institute of Experimental and Clinical Veterinary Medicine-Interdepartmental subject scientific collection. International Scientific Conference on Modern Systems of Bio-safety and Bio-security in the Veterinary Medicine, Feodosia, Ukraine. 2010:386.
  • 2. Dorea FC, Sanchez J, Revie CW. Veterinary syndromic surveillance: Current initiatives and potential for development. Prev. Vet. Med. 2011;101:1-17.
  • 3. Perrin J-B, Ducrot C, Calavas D et coll. La surveillance syndromique. Une nouvelle approche pour la surveillance épidémiologique. Nouv. Prat. Vét. 2011;4:9-13.
  • 4. Perrin J-B, Ducrot C, Vinard J-L et coll. Assessment of the utility of routinely collected cattle census and disposal data for syndromic surveillance. Prev. Vet. Med. 2012. In Press.
  • 5. Perrin J-B, Ducrot C, Vinard J-L et coll. Analyse de la mortalité bovine en France de 2003 à 2009. Inra Prod. Anim. 2011;24:235-244. http://www6.inra.fr/productions-animales/2011-Volume-24/Numero-3-2011/Analyse-de-la-mortalite-bovine
  • 6. Perrin J-B, Ducrot C, Vinard J-L et coll. Modélisation de la mortalité bovine en vue d’estimer l’impact de l’épizootie de fièvre catarrhale ovine en France (2007-2009). Épidémiol. Santé Anim. 2010;57:69-80.
  • 7. Perrin J-B, Ducrot C, Vinard J-L et coll. Using the National Cattle Register to estimate the excess mortality during an epidemic: Application to an outbreak of Bluetongue serotype 8. Epidemics. 2010;2:207-214.

ENCADRÉ 1
Surveillance syndromique : principe

La surveillance syndromique est une approche consistant à suivre des indicateurs sanitaires non spécifiques en temps réel (le plus souvent à l’aide de systèmes d’acquisition automatique de données) afin de détecter une émergence avant même la confirmation des cas par le laboratoire, et ainsi de pouvoir mettre plus rapidement en œuvre des mesures de prévention. L’intérêt pour ces systèmes s’est développé après le 11 septembre 2001, initialement pour la détection d’attaques bioterroristes, mais leur utilisation s’est depuis étendue à la surveillance des maladies infectieuses.

La surveillance syndromique s’appuie sur des indicateurs de santé peu spécifiques (par exemple, la fréquence de certains signes ou syndromes cliniques, le taux de mortalité), voire indirects (par exemple, les ventes de médicaments, les demandes d’analyses aux laboratoires, les requêtes sur Internet), et souvent collectés à d’autres fins que l’épidémiosurveillance.

Le principe est de rechercher dans l’évolution récente de ces indicateurs des anomalies traduisant une altération de l’état sanitaire de la population, puis de mener des investigations pour en identifier la cause.

Contrairement aux systèmes de surveillance classiques, ces dispositifs ne ciblent pas une maladie particulière a priori, mais sont susceptibles de déceler un large éventail d’événements sanitaires. De plus, ils ne sont pas fondés sur des analyses de laboratoire systématiques, ce qui peut réduire leurs coûts de fonctionnement et améliorer la précocité de la détection.

ENCADRÉ 2
Les deux sources de données relatives à la mortalité des bovins en France

→ La Base de données nationale d’identification bovine

La Base de données nationale d’identification bovine (BDNI) centralise depuis 2003 l’ensemble des données d’identification bovine qui sont gérées localement par les établissements départementaux de l’élevage (EDE). Les propriétaires des bovins sont tenus de notifier dans les 7 jours tous les mouvements d’animaux vers ou à partir de leur exploitation (naissances, achats, abattages, ventes et morts).

→ L’ÉDI-SPAN

L’ÉDI-SPAN est moins connu des vétérinaires. C’est le système d’échange de données informatisées sur les sous-produits animaux. Il permet aux centres d’équarrissage de transmettre au ministère des données relatives à leur activité. Toutes les entreprises d’équarrissage participent à l’échange de données, initialement parce que celui-ci facilitait la facturation du service rendu. Actuellement, la transmission des informations est réglementaire. Les centres d’équarrissage collectent et communiquent les informations concernant :

– les appels téléphoniques (ou demandes en ligne) des éleveurs qui requièrent un enlèvement de cadavre (les données recueillies sont la date et l’heure de l’appel, les coordonnées de l’exploitation, ainsi que le nombre, la catégorie d’âge [0 à 21 jours, 21 jours à 6 mois, 6 à 9 mois, 9 à 12 mois, 12 à 18 mois, 18 à 24 mois ou plus de 24 mois], le sexe et le type de production des animaux concernés) ;

– les enlèvements des cadavres, avec, si nécessaire, une mise à jour des déclarations effectuées par l’éleveur lors de la demande et l’enregistrement de données supplémentaires, comme la qualité de l’identification du bovin ou le poids des carcasses.

Points forts

→ L’écart entre le nombre de morts notifiées par les éleveurs dans la Base de données nationale d’identification bovine et celui de cadavres de bovins collectés doit être étudié davantage.

→ Il est difficile de savoir si l’observatoire OMAR aurait permis de détecter plus rapidement l’introduction et le développement de la fièvre catarrhale ovine que les systèmes de notification dédiés.

→ Certains équarrisseurs envisagent de collecter des informations sur les circonstances et le tableau clinique associés à la mort, mais il convient d’évaluer la qualité des données recueillies.

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