L’apport des techniques de biologie moléculaire - La Semaine Vétérinaire n° 1515 du 09/11/2012
La Semaine Vétérinaire n° 1515 du 09/11/2012

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Dossier

Auteur(s) : AGNÈS FAESSEL

L’un des problèmes rencontrés au niveau mondial dans l’identification des espèces est le nombre déclinant des experts taxonomistes. La détermination des espèces repose historiquement sur un examen visuel et une reconnaissance d’après des particularités anatomiques. Dans la famille Culicoides, par exemple, les ailes sont scrutées sous un microscope afin de visualiser les menues différences qui existent entre chaque espèce répertoriée. Un travail de titan, chronophage, et qui ne permet pas toujours de conclure. D’où le recours à des techniques de biologie moléculaire fondées sur le génome ou le protéome, et qui sont complémentaires de l’identification morphologique.

Le barcoding ADN permet, par la détermination d’une zone de 648 paires de base sur le gène mitochondrial de la cytochrome c oxydase 1, de fournir une empreinte précise pour identifier les espèces de moustiques, de mouches ou de papillons, mais aussi d’oiseaux ou de poissons. Ce n’est que pour les plantes que ce gène se révèle insuffisant.

La Mosquito Barcoding Initiative (MBI) a été créée pour déterminer les codes-barres de 80 % des Culicidae mondiaux. Actuellement, la base de données Barcode of Life comporte les codes de 89 % des 3 523 espèces de Culicidae connues, et de 93 % des anophèles du monde. Grâce à cette technologie, l’équipe menée par Yvonne-Marie Linton (NHM, Londres) a pu identifier de nouvelles espèces d’anophèles, sachant que sur les 458 répertoriées dans le monde, 70 sont des vecteurs de la malaria.

Une autre technique en cours de mise au point fait appel à la spectrométrie de masse Maldi-toff (matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry). Fondée sur une analyse des protéines, ainsi que de quelques lipides polysaccharidiques, elle permettra une identification en quelques minutes, pour un coût faible (0,10 € par individu), dans un appareil de la taille d’une machine à expresso. L’objectif est de pouvoir identifier les espèces à partir des adultes, des larves et des nymphes, chaque stade ayant un profil différent. Des travaux sont actuellement menés en Suisse sur les Culicoides. Les résultats indiquent une exactitude de 97 % sur une population quelconque de Culicoides, avec 1 % d’individus non identifiés, le reste appartenant à une espèce non répertoriée.

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