Des méthodes innovantes de diagnostic au menu des JRA

Deux synthèses et dix communications orales plus courtes ont agrémenté la session “pathologie et prévention” des 11^es journées de la recherche avicole et palmipèdes à foie gras (JRA), qui se sont tenues les 25 et 26 mars derniers à Tours (Indre-et-Loire).

Nadine Cariou (MSD Santé animale) a, pour sa part, travaillé sur le diagnostic de la bursite infectieuse (IBD ou maladie de Gumboro) par le séquençage des gènes VP1 et VP2, qui contribuent à la pathogénicité de cette virose. Onze souches terrain du virus ont été récoltées en France et au Maroc, en majorité sur des lots non vaccinés et présentant une suspicion d’IBD clinique (après examen histologique) ou subclinique (car présentant de mauvais résultats technico-économiques). L’analyse des séquences nucléotidiques des gènes codant pour VP1 et VP2 a permis de réaliser un arbre phylogénétique des virus et de les comparer à des souches vaccinales et à des souches terrain de virulence variable. Les résultats montrent une similitude de répartition des souches selon que l’on considère les séquences VP1 ou VP2, ce qui suggère peu ou pas de réassortiment au sein de ces segments. Le caractère virulent des souches de l’étude peut être suspecté de par leur proximité avec certaines souches de référence. La technique utilisée, permettant une caractérisation fine des souches virales de la maladie de Gumboro, pourrait également servir lors d’études épidémiologiques ou à orienter des programmes vaccinaux.

Influenza aviaire : un sujet de plus en plus préoccupant

Véronique Jestin (Agence nationale de sécurité sanitaire de Ploufragan) a, quant à elle, présenté la situation internationale concernant l’influenza aviaire (IA). Cette affection représentait plus d’un quart du total des maladies notifiées à l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) à la fin de l’année 2014 et environ 50 % depuis le début de l’année 2015. Elle se caractérise en outre par la persistance de la souche H5N1 hautement pathogène (HP) en Asie et en Égypte (avec une augmentation des cas humains), ainsi que par de nouvelles introductions (en Israël, dans les territoires palestiniens, en Bulgarie et au Nigéria, par exemple). À partir du H5N1 HP, des virus réassortants (H5N6, H5N8, H5N2 ou H5N3) sont également isolés. D’autre part, la souche H7N9 faiblement pathogène persiste en Chine avec de nouveaux cas humains. Quant à la souche H5N8 HP, elle n’est plus cantonnée à l’Asie du Sud-Est et se propage en Europe et en Amérique du Nord. Cette situation mondiale complexe, évolutive et intéressant la santé publique humaine et vétérinaire conduit à utiliser de nouvelles méthodes, notamment de biologie moléculaire, pour surveiller les virus influenza et leur évolution. Elles permettent en particulier de préciser la diversité génétique des souches ou d’étudier leur possibilité de franchir la barrière d’espèce.

PCR haut débit et pathologie respiratoire chez la dinde

Guillaume Croville (ENV de Toulouse) a, pour sa part, présenté un outil innovant de PCR quantitative en temps réel (RTqPCR), s’appuyant sur la technologie nanofluidique, appliquée pour la première fois à l’étude des pathogènes respiratoires de la dinde. Cette technologie permet de cribler jusqu’à 96 échantillons contre 96 couples d’amorces en une seule réaction de RTqPCR. En ciblant 22 agents (virus, bactéries, champignons), des écouvillonnages trachéaux de dindes, effectués en France et au Maroc, dans des élevages présentant des syndromes respiratoires ont été analysés. En plus d’une présence systématique d’Escherichia coli, des infections à métapneumovirus aviaire, Pasteurella multocida, Mycoplasma gallisepticum et Mycoplasma synoviae ont été mises en évidence. Cet outil de diagnostic vient en complément du séquençage à haut débit, utilisé pour la détection sans a priori de pathogènes non connus. Ses perspectives d’application semblent importantes, notamment pour décrire les co-infections respiratoires chez les volailles dans un objectif de surveillance épidémiologique. Ce travail a reçu le prix de la meilleure communication décerné par la branche française de l’Association mondiale vétérinaire d’aviculture.