Le résultat d’une analyse bactériologique ne constitue pas à lui seul un diagnostic

Le résultat d’une analyse bactériologique, un outil d’aide à la prescription ou au contrôle sanitaire en aviculture, peut induire une erreur de diagnostic s’il est considéré seul. « L’expérience et l’observation du praticien, le choix des prélèvements et des milieux de culture, ainsi qu’un dialogue avec le laboratoire sont indispensables, car la méthode employée influe sur le résultat », a tenu à rappeler Dominique Balloy, lors des journées de la Société nationale des groupements techniques vétérinaires (SNGTV) à Lille en mai dernier.

« Dans un examen bactériologique, on ne trouve que ce que l’on cherche »

Selon le germe à rechercher, une discussion avec le laboratoire permet, en effet, de choisir le milieu de culture approprié. Ornithobacterium rhinotracheale, par exemple, est isolé sur un milieu spécifique enrichi en gentamycine, et incubé dans une atmosphère contenant du CO₂ pour éviter l’apparition d’autres germes à la croissance plus rapide. « Si on n’utilise pas ce milieu spécifique pour cette recherche, le laboratoire pourrait isoler Escherichia coli sur un milieu standard, et le diagnostic, erroné, peut être celui d’une colibacillose », prévient notre confrère. De même, des géloses additionnées d’acide nalidixique et de colistine permettent le développement préférentiel des staphylocoques et entérocoques. « Les chances d’isolement de la bactérie pathogène causale augmentent si le clinicien avertit et informe le laboratoire de sa suspicion sur la base des éléments cliniques, épidémiologiques et lésionnels qu’il a relevés. »

Le choix des prélèvements est également important. Par exemple, un colibacille isolé sur le foie d’une volaille après enrichissement ne permet de conclure au diagnostic de colibacillose que si des lésions de périhépatite fibrineuse sont associées, car l’animal peut avoir été sacrifié dans des conditions d’hygiène non optimales. En revanche, le germe isolé sur la moelle osseuse est en faveur d’une infection septicémique. Un antibiogramme rapide sans identification peut alors être obtenu en vingt-quatre heures, en ensemençant un prélèvement de moelle osseuse sur une gélose au sang, avec l’application de disques antibiotiques. Cette technique doit toutefois être utilisée parallèlement à l’isolement classique pour confirmation.

L’absence d’isolement ne signifie pas pour autant l’absence du germe pathogène

L’isolement d’un seul germe, de plusieurs, voire l’absence d’isolement, sont toujours à interpréter de façon raisonnée.

La fréquence d’isolement d’E.coli seul limite la signification pathologique. Sa présence dans le cæcum d’un poussin est normale. Sur son foie ou son vitellus, ce germe peut, en revanche, être pathogène, ou le témoin d’une contamination au moment du prélèvement (de même qu’un staphylocoque). Le vétérinaire doit donc se référer à tous les éléments en sa possession afin d’interpréter correctement le résultat.

Il est également indiqué de procéder ainsi lorsque plusieurs bactéries sont isolées. Par exemple, si Yersinia pseudotuberculosis et Staphylococcus aureus sont isolés chez un canard, une conjonctivite et des lésions congestives généralisées peuvent mener le praticien à privilégier l’antibiogramme pour le premier germe. De plus, la recherche d’une bactérie sur certains organes contaminés doit être anticipée (demander le bon milieu de culture pour Clostridium ou les salmonelles dans l’intestin, par exemple).

Lors d’absence d’isolement, il ne faut pas oublier que certaines bactéries sont difficiles à détecter. Par exemple, Ornithobacterium rhinotracheale peut ne pas être mis en évidence chez la dinde, mais sa présence peut être suspectée par l’observation d’arthrite. Le praticien doit, là encore, revenir aux symptômes cliniques.

Des erreurs d’identification bactériologique peuvent être observées faute de description du tableau clinique fournie au laboratoire. Par exemple, un lot de dindes prostrées, à la litière dégradée et à la mortalité importante, était atteint d’entérite et de lésions nodulaires sur l’intestin, de splénomégalie et d’une forte hépatomégalie, ainsi que de nodules sur le poumon et le cœur. Le laboratoire a mis en évidence Hafnia alvei, une bactérie non pathogène, car il n’a pas tenu compte du caractère immobile du germe causal, qui se révélera être en réalité Salmonella gallinarum pullorum. Le laboratoire a ainsi utilisé une galerie API 20 E comme pour une autre entérobactérie. Une recherche spécifique de salmonelle aurait dû être demandée par le vétérinaire et le laboratoire aurait dû disposer de personnel expérimenté dans la recherche de ce germe.

Par ailleurs, l’antibiogramme doit être réalisé dans un laboratoire qui assure une technicité, une assurance de qualité, et qui participe à des essais interlaboratoires pour rendre des résultats justes et interprétables pour le clinicien. Le vétérinaire peut apprendre à utiliser la polymerase chain reaction (PCR), qui fournit un résultat en une journée. Souvent employée pour mettre en évidence les mycoplasmes, elle est spécifique, sensible et rapide. Toutefois, la qualité de l’échantillon est essentielle, car une contamination de celui-ci peut entraîner des faux positifs.

En outre, afin d’optimiser le résultat, notre confrère conseille d’amener au laboratoire un échantillon de trois à quatre animaux morts, et autant de vivants malades, afin que les prélèvements soient réalisés sur des lésions récentes.