La recherche s’accorde avec les besoins des filières à l’Afssa de Ploufragan-Brest - La Semaine Vétérinaire n° 1267 du 28/04/2007
La Semaine Vétérinaire n° 1267 du 28/04/2007

Filières avicole et cunicole

Formation continue

FILIÈRES

Auteur(s) : Catherine Bertin-Cavarait

Cinquante articles et vingt comptes rendus de travaux publiés, ainsi qu’une centaine de communications, tant au niveau national qu’international, attestent de la dynamique développée de 2004 à 2006.

L’activité relative aux virus influenza de l’unité “virologie, immunologie et parasitologie aviaires et cunicole” (Uvipac) de l’Afssa de Ploufragan-Brest(1) a été particulièrement dense au cours de la période 2004-2006. Elle a consisté en des enquêtes annuelles de surveillance sérologique, un transfert à neuf puis douze laboratoires départementaux d’analyses des tests de criblage pour la détection des anticorps H5/H7, une organisation des essais interlaboratoires nationaux, une participation – avec succès – aux essais interlaboratoires européens, des suivis renforcés de la production de canards, une surveillance de l’avifaune sauvage et des canards appelants, une étude de la vaccination contre l’influenza. A ce titre, l’efficacité de l’unité, largement soulignée par les acteurs de la filière avicole, constitue un exemple du rôle majeur joué par la recherche publique quant à la capacité d’anticipation des problèmes sanitaires d’un pays. Les outils diagnostiques actuellement mis en œuvre et transmis sont l’aboutissement d’activités engagées depuis quatre ans.

Ambitionnant une recherche en adéquation avec les besoins de la filière, le laboratoire d’études et de recherches avicoles, porcines et piscicoles (Lerapp) de l’Afssa de Ploufragan-Brest organise, tous les deux ans, la Journée avicole et cunicole d’information et d’échange (Jacie), selon un mode participatif. « Cela nous permet d’être en prise directe avec la réalité du terrain et, le cas échéant, de dépister de nouveaux problèmes », précise notre consœur Valérie Baduel, directrice générale adjointe de l’Afssa, particulièrement attachée à cette manifestation placée sous le signe du dialogue entre les scientifiques et les acteurs des filières. Le 15 mars dernier, outre la présentation des axes investis, des méthodes utilisées et des résultats des activités de recherche et de référence conduits depuis 2004, chacune des six unités impliquées a développé deux pistes de recherche.

La CE-SSCP caractérise l’écosystème microbien du tube digestif du poulet

Au sein du Lerapp, l’unité “alimentation animale” (UAA) coordonne le projet européen Poultryflorgut(2), dont le thème est le contrôle de l’écologie de la flore intestinale des volailles en vue d’assurer la sécurité des produits pour les consommateurs. Il réunit, pour une durée de trois ans, quinze partenaires de dix pays de l’Union européenne, soit soixante chercheurs, ingénieurs et techniciens. La mission relative à la diffusion des résultats et des connaissances revient également à cette unité, créée en juin 2004. Dans le cadre de ce projet, l’unité “hygiène et qualité des produits avicoles et porcins” (HQPAP) a étudié la prévalence et la diversité phénotypique de Listeria monocytogenes (Lm), ainsi que la caractérisation de l’écosystème microbien du contenu intestinal de poulet.

L’analyse des échantillons prélevés dans le cadre de l’étude européenne sur la prévalence des salmonelles a permis d’estimer à 15 % la prévalence des élevages de poules pondeuses en cage et au sol positifs vis-à-vis de Lm. En poulet de chair, cette prévalence est de 32 % (28 % des élevages standard positifs et 37 % des élevages avec parcours positifs). Le sérotype 1/2a est prédominant. Il représente en effet 84,4 % des 180 souches de Lm isolées chez les poules pondeuses et 48,8 % des 443 isolats issus des élevages de poulets de chair. En matière de sécurité sanitaire des aliments, la détermination de la part des produits avicoles dans les toxi-infections alimentaires collectives humaines est complexe. Par exemple, il est difficile de caractériser l’origine des contaminations des abattoirs, lesquelles peuvent être consécutives à un problème de nettoyage et de désinfection des locaux et/ou à la présence de Lm sur la viande.

L’unité HQPAP a démontré l’intérêt de la méthode moléculaire CE-SSCP(3) pour caractériser l’écosystème microbien du contenu intestinal de poulet. Cette PCR-SSCP capillaire de l’ADNr16S permet de différencier les profils de flore iléale, cæcale et cloacale, et a par ailleurs révélé une variabilité interindividuelle importante de ces profils. Cette variabilité est résolue par l’application de la méthode à des pools de six échantillons. Ainsi, les flores digestives et fécales de lots de poulets de chair issus de deux élevages expérimentaux différents ont pu être discriminées. En revanche, cette technique n’a pas permis la mise en évidence de l’effet d’un traitement antibiotique à l’avilamycine et d’un traitement probiotique à Pediococcus sur la flore. L’adaptation de la CE-SSCP au lapin pourrait ouvrir la voie à des avancées intéressantes en matière d’entérocolite.

L’intersection des compétences entre laboratoires dynamise la recherche

Parmi les différents observatoires et réseaux gérés par le Lerapp, celui de surveillance de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries pathogènes pour le porc et la volaille (Resapath) est animé par l’unité “mycoplasmalogie bactériologie” (UMB). Pour la filière des volailles, les antibiogrammes issus de prélèvements effectués chez des dindes (61 %) et des poulets (30 %) sont majoritaires. Ce réseau a permis de mettre en évidence des souches d’E. coli résistantes aux céphalosporines de 3e génération (voir tableau). Cette résistance plasmidique, identifiée aussi dans les espèces bovines et porcines, conduit à la production d’une bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) de type CTX-M(4) qui confère une résistance à toutes les bêta-lactamines ayant une autorisation de mise sur le marché pour les animaux de rente. Cette activité de surveillance est complétée, au sein de cette unité, par la pharmaco-épidémiologie, avec pour objectif de décrire les consommations d’antibiotiques, de valider les modes d’expression de ces consommations, de décrire les trajectoires thérapeutiques, et de relier les usages aux résistances aux antibiotiques. Cette discipline récente nécessite la mise au point de méthodes.

Laboratoire de référence de l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) pour la bursite infectieuse, l’Uvipac a étudié les bases moléculaires de la virulence du birnavirus impliqué dans cette affection. Des réassortiments entre le segment génomique A et le segment génomique B du virus se traduisent par une modification de son pouvoir pathogène. Combinant ses compétences de laboratoire de référence et de recherche, l’unité a développé une RT-PCR qui permet la quantification du génome viral, ainsi que des systèmes de génétique inverse qui autorisent l’étude des bases moléculaires de la virulence.

Cette complémentarité de compétences entre les unités du Lerapp existe également entre les sites de l’Afssa. Les limites maximales de résidus (LMR) de deux anticoccidiens et une méthode de contrôle des résidus anticoccidiens sont ainsi en cours d’établissement via la collaboration de l’UAA et de l’Afssa de Fougères. Pour sa part, l’unité “génétique virale et de biosécurité” (UGVB) met à profit les propriétés des virus afin de les utiliser en tant que vecteurs vaccinaux. A ce titre, les performances de l’adénovirus aviaire Celo, supérieures à celles des baculovirus, offrent des perspectives séduisantes. En outre, le virus Celo peut être employé comme producteur de molécules à forte valeur ajoutée, comme les virus like particule (VLPs) aux propriétés immunogènes.

Trois critères permettent d’évaluer le bien-être à partir des lésions à l’abattoir

Afin de construire un modèle explicatif du taux de saisies à partir des données d’élevage, l’unité “épidémiologie et bien-être en aviculture et cuniculture” (UEBEAC) a dressé l’état des lieux à grande échelle des saisies sanitaires des poulets de chair dans le grand Ouest pour l’année 2005. Le taux moyen de saisie sanitaire s’élève à 0,87 % (IC de 95 % [0,79-0,95]) et est comparable aux données européennes. La cachexie et la congestion représentent 65 % des motifs de saisie. En outre, une moyenne de quatre motifs sont enregistrée au sein d’un même lot.

L’étude du lien entre les lésions observées à l’abattoir et le bien-être en élevage de trente-six lots de poulets de chair montre la nécessaire évaluation multicritère du bien-être, pondérant ainsi le modèle suédois qui l’évalue uniquement àpartirdes lésions de podo-dermatites contrôlables en abattoir. Trois critèressont retenus : les pododermatites et les croûtes ou tarses brûlés, les griffures, les ampoules. La dégradation de la litière est associée à la sévérité des dermatites de contact localisées au niveau des pattes et des tarses, la densité des animaux à la présence de griffures ou d’ampoules. Le poids et l’âge d’abattage sont corrélés négativement à la présence de griffures. En revanche, l’âge d’abattage est lié positivement à la présence d’ampoules et de croûtes. Selon la souche, l’importance relative des ampoules et des podo-dermatites varie.

Le lapin est le grand absent des communications de cette journée. Les besoins de recherche, soulignés par les professionnels de la filière cunicole, concernent l’entérocolite, les affections respiratoires, particulièrement les pasteurelloses. Notre confrère Gilles Salvat, directeur du Lerapp, a réaffirmé la volonté de l’Afssa de continuer à travailler sur le lapin.

Notre confrère Philippe Vannier, directeur de la santé animale et du bien-être des animaux à l’Afssa, a conclu la rencontre en soulignant la nécessaire évaluation multifactorielle des impacts de chaque nouvelle réglementation. Il s’est en outre félicité de l’absence de fossé entre les acteurs de la filière et les scientifiques de l’agence, de l’approche globale intégrée de la recherche, combinant les compétences de l’ensemble des unités, alimentant ainsi une approche de l’expertise multidisciplinaire.

  • (1) Voir La Semaine Vétérinaire n° 1264-1265 des 7 et 14/4/2007 en page 34.

  • (2) http://www.poultryflorgut.org

  • (3) Capillary electrophoresis single strand conformation polymorphism.

  • (4) CTX-M, pour la famille des céfotaximases.

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